计算化学公社

标题: 弛豫过后结构变形严重 [打印本页]

作者
Author: 宇宙无敌小熊 时间: yesterday 15:25
标题: 弛豫过后结构变形严重
我是构建了一个嵌套碳纳米管结构，管长都为17.22埃，嵌套深度6埃（图1），跟据我参考的文献描述来看：”首先首先对所有初始结构来实现能量最小化。然后在300 K和0 GP的条件下，500 ps的时间内，沿轴向进一步放宽结构，获得平衡态。“这篇文献应该是进行了500ps的npt弛豫。但是当我做的时候，结构没有办法维持原来的嵌套深度，而是内外管回缩，形成了一个双壁碳纳米管结构（如图2），我为了维持嵌套深度，还设置了弹簧组，也就是把内管原子设置为group1，外管原子为group2，然后利用fix spring把他们的质心试图维持在一个固定的值，以为这样就能达到维持嵌套深度。实际上试了很多次都是失败，还尝试过把端头的部分原子设置固定（利用fix setforce 0 0 0），但是在npt阶段显示控温控压失败，温度和压力爆炸了。换成nvt之后盒子尺寸倒是不变，但结构依旧回缩（图3）。
不知道该怎么修改代码了，求大神指教

我的部分代码：
#定义内外管原子组
group inner id 1:168 #内管原子组
group outer id 169:476 #外管原子组

#计算内外管原子组的质心算出来是11.202195
compute 1 inner com
compute 2 outer com

#把两组原子通过弹性连接的方式组合到一起 fix spring指令
fix 1 inner spring couple outer 2968500 0 0 11.202195 11.202195

作者
Author: 宇宙无敌小熊 时间: yesterday 15:26
困扰一周了，求老师们指点

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)