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标题: 高斯进行基于单晶结构的分子晶体3*3*3模型的oniom计算输入文件请教 [打印本页]

作者
Author: yzh 时间: 2026-3-10 16:07
标题: 高斯进行基于单晶结构的分子晶体3*3*3模型的oniom计算输入文件请教
请教一下各位老师：
   需要通过高斯进行oniom计算，具体过程如下：
   通过量子力学/分子力学QM/MM）方法，利用 ONIOM 模型，基于实验的单晶结构构建了 3×3×3 的双层模型。在分层处理中，将中心的单个分子作为 QM 层，采用与液相下相同的 PBE0-D3 方法来
进行计算，将周围对称的26个分子作为MM层，采用有效力场方法（Universal Force Field,UFF）。在 ONIOM 模型中进行几何结构优化时，只有中心的 QM 分子进行了结构弛豫，其余 MM 部分的结构被冻结处理。

   我通过vmd的molUP构建了相应的高斯输入文件cu5-oniom-2.gjf（附件）。
   请教一下老师：
1、中心单个分子采用pbe0-d3定义的cu的赝势基组在gjf的末尾输入形式是否正确？
2、其他26个分子采用UFF立场的输入定义是否正确？
3、计算关键词#p opt freq=(noraman,savenormalmodes,modelmodes) oniom(pbe1pbe/genecp/fit:uff/amber=softfirst) em=gd3bj的输入是否存在问题？
4、采用40GB内存，32核心的7V12的设定计算资源是否足够？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-11 07:17
建议直接用def2-SVP，省得写错的可能

noraman完全多余，下文说了
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

/fit完全多余，Gaussian根本不支持对杂化泛函用密度拟合

Universal Force Field,UFF 应当叫普适或通用力场

色散校正的设置应当写到pbe1pbe/genecp后头

我不知道你算这个的目的何在。你当前这么算明显不合理，连原子电荷都没考虑。若无必要非得用ONIOM的话，远不如直接用CP2K当周期性体系计算

作者
Author: yzh 时间: 2026-3-11 08:44

sobereva 发表于 2026-3-11 07:17
建议直接用def2-SVP，省得写错的可能

noraman完全多余，下文说了

谢谢老师，这个主要是计算固相（薄膜）状态下化合物的光学性质，推测一下薄膜状态下分子性质（UV和PL）等。我再试试，不行的话我考虑用CP2K试试。
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-12 07:07

yzh 发表于 2026-3-11 08:44
谢谢老师，这个主要是计算固相（薄膜）状态下化合物的光学性质，推测一下薄膜状态下分子性质（UV和PL）等 ...

直接用CP2K算就完了
使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和考察电子激发态
http://sobereva.com/634（http://bbs.keinsci.com/thread-28006-1-1.html）

作者
Author: yzh 时间: 2026-3-12 10:10
本帖最后由 yzh 于 2026-3-12 11:33 编辑

sobereva 发表于 2026-3-12 07:07
直接用CP2K算就完了
使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和考察电子激发态
http://soberev ...

感谢老师的指点，采用oniom是想重复文献的计算，文献通过溶液和固相进行计算对比。溶液中采用gaussian pbe0-d3/6-31g**,Cu原子采用Lanl2DZ；固相采用oniom也是一样的计算水平，用静电嵌入方法来处理层间耦合作用。因此，我想先重复一下oniom计算结果，后面和cp2k进行对比看看。
#p opt oniom(pbe1pbe/genecp em=gd3bj:uff=QEq)=EmbedCharge nosymm
谢谢！

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