公社群聊Q&A整理：2016.11.03 02 - 2016.11.08 03 Concate - 计算化学公社

2016.11.03 01:42:40
Q:
l914错误是什么错误呀
恩恩
[图片]
[图片]这是输入文件
A:
优化激发态的话尝试增大nstates，或者尝试减小步长上限
----------------------------------------------------
2016.11.03 01:51:37
Q:
Sob老师，好！
不好意思，下面几个概念我确实比较迷糊，麻烦给以指点，谢谢！
1，charge-separated state, charge-transfer state, spin-correlated radical pair?
2, spin-lattice relaxation and spin-polarized distribution?
谢谢！
A:
都得看语境
Q:
好的，谢谢！问题2, spin-lattice relaxation and spin-polarized distribution? 也看语境吗？
A:
spin-polarized distribution大抵是指看自旋密度分布之类，没语境也说不清楚到底表达什么。
前者没听说过。
----------------------------------------------------
2016.11.03 02:16:37
Q:
老师，我算一个自旋多重度为1的分子与含过渡金属的基底结合/吸附，发现整体的多重度为3时能量最低。那算吸附能时，要对基底单独优化算能量，这时基底的多重度直接设为3就行，还是也要摸索（即1、3、5......一直试到一个能量最低的多重度值呢）？
A:
先都算算，如果也是3最低就没含糊性了，其它情况再议
如果和实验比较，用最低的自旋多重度
Q:
就是说基底和整体都分别用各自的能量最低的自旋多重度，这样是更严谨吗？
A:
不算更严谨，但是这算是从最源头的状态作为参考来讨论能量变化
Q:
就是说，吸附作用会对过渡金属基底的自旋态产生扰动，按各自能最低的自旋态相减求吸附能，可以看成是已还没发生作用时做参考态；而以相同的自旋态相减，是以目标分子与基底已发生作用时作为参考，我的理解对吗？@Sobereva
A:
算是吧
----------------------------------------------------
2016.11.03 02:40:09
Q:
sob老师，我阅读了您关于dushin的文章，下载了linux版，我用的是 F-Secure SSH Client Tria，将相关文件上传上去后，执行时[图片]，要怎么解决？
A:
去掉空格
----------------------------------------------------
2016.11.03 02:47:22
Q:
老师您好，请问我计算溶剂化效应下的荧光，实验给出的是两个峰，我计算的结果是只有一个state振子强度不为0，另一个峰我应该从什么方面找？请老师指点@Sobereva
A:
可能从S2发射，也有可能从S1其它极小点发射
Q:
老师，做td的时候只有s1的振子强度不为0，s2的振子强度显示为0，如果从s1的其它极小点发射，我应该如何找到这个结构？
A:
看具体情况，比如做柔性扫描之类
----------------------------------------------------
2016.11.03 03:06:32
Q:
sob老师，溶剂模型是SMD，用默认的IEFPCM，请问关键词怎么写呢？scrf=(smd,solvent=water)?
A:
到底要用哪个？
Q:
[图片]
您这么说的意思是关键词怎么写呢
A:
去掉SMD就完了
Q:
不是说smd几乎是最好的么，去掉还是smd么？
A:
SMD可能由于数值问题导致收敛没IEFPCM容易
Q:
好的，谢谢老师
A:
几何优化目的SMD比IEFPCM没多大优势，优势体现在算能量上
----------------------------------------------------
2016.11.03 03:58:56
Q:
请问老师，用G4，W1BD这样的方法，后面不用加基组吗
A:
不加
----------------------------------------------------
2016.11.03 04:02:23
Q:
我想请教一个问题
在做NBO轨道图的时候，去哪儿看可以确定哪一个值是想要的
只能一个一个试吗？
[图片]就这里观看对应的等值面，有什么方法可以快速知道的吗？
A:
看输出文件里对NBO轨道的描述
----------------------------------------------------
2016.11.03 04:04:29
Q:
请问用Multiwfn分析fermi hole coulomb hole时，这个图里的纵坐标代表什么？
[图片]
A:
就是fermi hole coulomb hole的值啊，公式在手册里都有
Q:
谢谢，不是很明白，值越小概率越小吗？
A:
仔细阅读
电子的定域性与相关穴
http://sobereva.com/94
----------------------------------------------------
2016.11.03 04:35:41
Q:
老师，明年春天开基础班的时候是跟波函数分析一块儿的么？
A:
不好说，没定呢
不过不排除这种可能性
----------------------------------------------------
2016.11.03 04:35:50
Q:
老师，我有一个由稠环构成的体系，其中的一个碳原子被硼原子取代后体系缺了一个电子。做了静电势分析，发现硼原子附近静电势为负值。我现在想确定哪些位置与原来相比缺电子比较厉害。老师，请问我需要做哪些分析来确定这一件事，谢谢老师。
A:
算原子电荷
Q:
谢谢老师回复，请问老师，根据您的文章，我的基组中含有弥散函数，使用multiwfn计算ADCH电荷，或MK或RESP电荷吗？
A:
Multiwfn不支持RESP
Q:
好的，那我计算ADCH电荷。但您在原子电荷计算方法对比一文中提到该方法普适性和稳定性有待在更多的实际应用中进行检验，这会影响应用吗？
A:
至少有机体系完全没问题
Q:
我使用该方法研究硼掺杂的碳基模型吸附氢氧根离子，也应该没有问题，是这样吗？谢谢老师。
A:
应该没问题
Q:
老师，请问一下，计算原子电荷时，是电荷为较大正值的原子易与被吸附的分子中电荷值为较大负值的原子发生相互作用吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.03 04:35:50
Q:
sob老师，请教一下，gaussian做casscf后，如何得到各组态的权重？看eigenvector部分？怎么输出eigenvector部分？非常感谢！
A:
默认就输出，诸如
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.03 04:35:50
Q:
老师，我再继续请教，我这里能看到的文件是log文件，然后老师你说在输出文件里看对NBO的描述，是NBO轨道分析那个表吗，我还是理解不了具体在哪儿看
A:
pop=NBO之后输出文件里有对NBO的描述。看不懂的话就读读这里面的资料
NBO分析资料汇总
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
----------------------------------------------------
2016.11.03 04:35:50
Q:
那高斯给出来的是什么呢
如果说高斯给出来的轨道那显然是HF的轨道
加density就输出后HF了
A:
后HF没有轨道的概念
Q:
它的单电子最高占据轨道对应的就是通常说的somo吗
----------------------------------------------------
2016.11.03 04:35:50
Q:
还有mp2方法不是存在自旋污染吗看文献说romp2方法对此有校正但是对于2c-3e体系为什么都优化步成功
想问下各位老师我在用高斯算自由基的somo时如果是mp2方法的话必须用ROMP2吗
A:
把乱七八糟无关概念瞎搞在一起
Q:
哪些概念
A:
老老实实用B3LYP
自旋污染跟优化收不收敛能有毛关系
如同有些人算弱相互作用，听过个BSSE，还没搞明白就各种言必曰BSSE
----------------------------------------------------
2016.11.03 05:24:39
Q:
[图片]
sob老师，怎么才能同时显示第一帧和第二帧结构，
A:
就是填0:1
填完了回车
----------------------------------------------------
2016.11.03 05:38:54
Q:
请问，磷光发射能能这样计算吗？
1 使用低精度方法优化T1结构
2 取第一步优化结构，0 3下使用高精度计算，作为T1构型下的T1能量
3.取第一步优化结构，0 1下使用高精度计算，作为T1构型下的S0能量
4.将第2步的能量减去第3步的能量即是磷光发射能
这种思路是否可行？
看了，就是不知道我那种方案有没有可行性
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.03 05:54:02
Q:
[图片]
请问老师这样对吗
A:
不知道对不对就别搞得那么复杂、投机取巧
Q:
不能这样算吗
哦，学习不久，感觉一起写会简单点
A:
玩熟之前甭用nosave，各种read，--link1--，//这些
----------------------------------------------------
2016.11.03 06:01:09
Q:
能改变高斯程序图形界面窗口的大小吗？
A:
否
----------------------------------------------------
2016.11.03 06:34:57
Q:
[图片] 老师，我在win7下面装的VMware的虚拟机Ubuntu64位，在虚拟机下装了Gaussian09和GV，我用g09命令打开0.gjf这个文件的时候就出错了，这是怎么回事啊？
A:
换Gaussian版本
指令集不兼容
Q:
好的
sob老师，g09还有好多版本吗？
A:
[图片]
Q:
在win7 64位下虚拟Ubuntu64位，用g09计算的效率能达到直接装Linux系统的百分之多少啊？
A:
>95%
Q:
sob老师，我这个g09的版本是E.01啊，这怎么办呀？
A:
用老版本
诸如B01
Q:
好的，谢谢您！
请问我该怎么卸载现在这个呢？
A:
直接删了
----------------------------------------------------
2016.11.03 06:50:23
Q:
请问Multiwfn输出的数据怎样复制呢
[图片]
比如这些光谱数据
A:
手册5.4节
----------------------------------------------------
2016.11.03 08:29:46
Q:
老师，计算裸露金属离子水合自由能，不能用隐式溶剂下单点减去气相单点，因为离子势太大，必须用隐式溶剂下水合物单点-隐式溶剂下水簇单点-隐式溶剂下金属单点。但这样做还是得在隐式溶剂下算裸露金属离子单点呀，会不会不靠谱？
A:
减离子的气相单点
----------------------------------------------------
2016.11.03 08:29:46
Q:
[图片]请问如图中的vdw-DF和PBE是分开算的吗，那么vdw-DF用哪一种基组和方法呢，谢谢!
A:
是。
看文中说明
----------------------------------------------------
2016.11.03 10:17:52
Q:
最近帮别人简单算点TDDFT看紫外吸收，遇到个很基础的问题，那就是为什么算出来的能量最低的跃迁往往比 HOMO LUMO的能级差小，而这个吸收一般主要是HOMO 到 LUMO的跃迁....
也就是说紫外吸收和HOMO LUMO 能级是怎样的关系？麻烦各位老师帮忙解释一下
A:
[图片]
Q:
非常感谢！最后一句讨论TDDFT的关系，这里的前者和后者指的是什么呢？前者是指 HOMO- LUMOgap吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.03 17:27:41
Q:
[图片]
频率数据怎么导出啊？[图片]
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
绘图界面里用选项-1直接输出到屏幕上，按手册5.4节的说明从屏幕上一拷就完了
----------------------------------------------------
2016.11.03 18:31:57
Q:
请教sob老师，gaussian计算物质的拉曼活性转化为拉曼强度，通过multiwfn输入，激发光频率是那里得到的，是gaussian输出文件中得到吗？还是需要实验数据啊
是不是仪器的参数，根据入射光波长取倒数获得的比如激光二极管拉曼光谱，入射光是785nm，入射波数是12738.85 cm-1
A:
实验测定拉曼光谱的时候会说激发光源的
----------------------------------------------------
2016.11.03 18:41:34
Q:
老师，请问高斯09有PM6D3吗？为什么说明书搜索关键词没看见呢？
A:
有。你的手册版本太老
----------------------------------------------------
2016.11.03 19:14:40
Q:
请教sob老师，gaussian计算物质的VCD光谱，优化结果显示四个指标都收敛，但是输出最终结果前显示有一个指标不收敛，如何解决？计算结果可靠吗？
A:
和收敛限相差在两倍以内就没事
----------------------------------------------------
2016.11.03 21:57:27
Q:
在使用multiwfn进行AdNDP分析时有如下结果 # 16 Occ: 1.9500 Atom: 3B 5B 8B 10B 17Cr
# 15 Occ: 1.9500 Atom: 1B 3B 6B 12B 17Cr
# 14 Occ: 1.9500 Atom: 1B 3B 5B 10B 17Cr
# 13 Occ: 1.9500 Atom: 5B 8B 12B 14B 17Cr
# 12 Occ: 1.9500 Atom: 5B 8B 10B 14B 17Cr
# 11 Occ: 1.9500 Atom: 6B 8B 12B 14B 17Cr
# 10 Occ: 1.9500 Atom: 1B 3B 6B 10B 17Cr
# 9 Occ: 1.9500 Atom: 1B 6B 12B 14B 17Cr
# 8 Occ: 1.9500 Atom: 4B 9B 11B 15B 17Cr
# 7 Occ: 1.9500 Atom: 2B 7B 13B 16B 17Cr
# 6 Occ: 1.9500 Atom: 2B 7B 9B 15B 17Cr
# 5 Occ: 1.9500 Atom: 4B 11B 13B 16B 17Cr
# 4 Occ: 1.9500 Atom: 2B 4B 9B 15B 17Cr
# 3 Occ: 1.9500 Atom: 7B 11B 13B 16B 17Cr
# 2 Occ: 1.9500 Atom: 2B 7B 9B 13B 17Cr
# 1 Occ: 1.9500 Atom: 4B 11B 15B 16B 17Cr
想问一下如何操作可以一次性选择3，4，10，14这四条轨道？
0 Pick out some candidate orbitals and update occupations of others的选项好像只能选在连续数字的轨道
A:
没法一次性选择
Q:
但是AdNDP分析要保持对称性。只选连续的4个并不能保持较高的对称性，那么是不是说不应该5c-2e呢？在这个体系中，我想实现的目标是选取4个轨道，然后包含所有的16个B原子，而分析的结果显示在占据数相同的时候，序号相邻的轨道，总有重复的原子，有什么办法解决么？还是关闭multiwfn后再重新作分析？
A:
分多次取呗
Q:
分多次取后，占据数就变了
A:
变就变呗。如果变得太多，说明电子共享程度很大，一次取完还会高估占据数
----------------------------------------------------
2016.11.03 23:24:58
Q:
[图片]
sob老师，我用高斯计算出来的.log文件是这样的形式，这样正常吗？
A:
显然正常
Q:
恩恩，老师，那为什么没有出现Converged,那四个Yes或No?
是因为计算的时间还太短吗?
A:
这是SCF过程又不是几何优化判断收敛的部分
----------------------------------------------------
2016.11.03 23:42:14
Q:
自然轨道跟正则轨道有什么不同？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:17:15
Q:
给位老师
我用G4算一个C5F10O分子的生成焓用的CentOS7 的虚拟机系统
输出文件没算完，最后停在
[图片]
是内存不够了吗？
有个gau-5070.rwf有41.7GB。可以不生产这玩意吗
内存分的20G
A:
多就多，没事
rwf怎么可能想不产生就不产生
没有金刚钻就别揽瓷器活，降低级别
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:17:44
Q:
请问sob老师，我第一次接触RDG，好多问题不太懂，我这个做出的图不知道为什么这么多散点，比您给的例子多，这是什么原因呢？[图片]
A:
多就多，没事
Q:
请问您，密集的散点和这些不密集的散点有什么区别，不是太懂[表情]
A:
没区别，什么也说明不了
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:26:53
Q:
我也在做RDG等值面，但是当我进行这一步时[图片]将p（r）在【0,0.05】范围以外的值设为100后出现了散点图的截断图，但是当我再观看等值面的时候发现还是没有消掉封闭的等值面[图片]
散点图的spike对应的应该就是弱相互作用的类型
A:
确认settings.ini里的RDGmaxrho已经恢复为了默认值
settings.ini改完后重启multiwfn才会生效
Q:
老师，这个已经在刚开始的时候已经关闭了设为0.0了
A:
默认值是0.05
改完了重启再重新算就完了
Q:
哦谢谢老师！原来是这样重启后想要继续算的话，直接输入“o”就能继续了吗？
A:
in my mind 那不叫继续算，那是重新载入文件
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:32:22
Q:
sob老师，高斯计算遇到的错误提示： Consistency failure #1 in Separa.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l301.exe 自己试了很多种方法没解决，麻烦您了
A:
上传完整输入输出文件
Q:
谢谢老师
A:
换更新g09版本再试
Q:
我用的就是G09
A:
我说的是修订版
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:32:49
Q:
[图片]老师，我这样写不对，出现错误[图片]应该怎么写？
A:
写IRC里头去
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:35:41
Q:
请问老师，用oniom方法计算酶促反应历程中各步的能垒的时侯，先计算各个点的单点能，然后要不要做BSSE校正？
A:
不要
Q:
嗯，谢谢。
然后算这种能垒，各点的单点能，是取oniom完整分子的能量为好，还是只取ＱＭ区的能量为好呢？
A:
完整
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:39:38
Q:
老师我按您说的改了确实是因为我没有把RDGmaxrho改为默认值[图片]但是N3和H26应该有作用力呀？
A:
作用强度太大，0.05已经把作用区域给截掉了
设更高的值可保留
Q:
[图片]是因为作用力太大变成封闭的，结果被切掉了？
A:
不是什么封闭
是这里密度太大，大于0.05，显然会被截掉
Q:
如果我设成太大其他封闭的等值面可能也会存在
A:
显然会
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:46:00
Q:
Sob 老师请问我优化一个过渡态，始终不能收敛，能量一直在震荡？
[图片]
要怎么办
A:
calcall
或减小步长上限
Q:
恩恩谢谢啦
A:
并且看结构，如果跑邪乎了，重新设置初猜结构
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:52:23
Q:
请问大家有做过MECP的吗？我想问个细节问题，我按照说明做，为啥提交不了？
[图片]这一块应该怎么提交哦？
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
Q:
恩恩 sob 老师的这个MECP方法我也做过遇到了不收敛问题应该如何解决哦？
A:
具体问题具体分析
Q:
手动做出的MECP是不是不能用在文章里？
A:
手动怎么做
势能面扫描那种除非极为简单的情况，否则根本不可能找到MECP
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:53:16
Q:
请问老师，计算反应历程中各步的能垒时，要不要做零点能校正？
A:
看目的
理论研究不用考虑
想和实验现象联系起来需要考虑，而且应当用自由能而不是光考虑个ZPE
Q:
嗯，谢谢老师。
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
Q:
多步反应，目的是找出哪步能垒最大。如果不加零点能校正的话，会不会出现定性错误？
A:
电子能垒差异不大时可能
----------------------------------------------------
2016.11.04 00:59:22
Q:
请问，都知道
IP(N) = E(N-1) - E(N) ≈ -ε(HOMO)
EA(N) = E(N) - E(N+1) ≈ -ε(LUMO)
请问，后面那个HOMO,LUMO 是谁的？中性，负电荷，还是正电荷的？
OA:
中性
HOMO是N电子的，
第二个式子。。。一般用 HOMO（N+1）来做
[图片]
Q:
还有中说法，就是精确泛函时，IP(N)=HOMO(N),EA(N)=HOMO(N+1),那么这个HOMO(N+1)与ε(LUMO)的能量区别在哪里？
OA:
HOMO(N+1)与ε(LUMO)都不是一个体系的当然有区别
一个是N+1电子体系，一个是N电子体系
Q:
知道是不同体系，但是都可以作为EA(N)的近似，总有什么区别，为何适用HOMO(N+1)，而不是ε(LUMO)？
[图片]
OA:
我觉得 EA(N) = E(N) - E(N+1) ≈ -ε(LUMO) 这个式子是不对的
Q:
啥叫势能不存在连续性，指的是正电荷到中性是种斜率，中性到负电荷又是种斜率？
A:
看点正经的相关文章，比如
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.04 01:14:15
Q:
[图片]老师，我做的这个静电势图，为什么我显示不出来分子结构？
A:
把分子结构挡住了
把表面顶点尺寸设小点就能透出分子结构
或者自行把结构ps上去，博文里也说了
----------------------------------------------------
2016.11.04 01:16:20
Q:
[图片]sob老师这个色度条怎么做出来的
A:
到VMD截图弄来色彩刻度条，ppt里折腾一下就出来了
----------------------------------------------------
2016.11.04 01:20:45
Q:
请问优化带电态分子，比如带一个正电荷，+1电荷是不是在分子HOMO上？如果把+1电荷加到HOMO-1上怎么处理？谢谢！
A:
净电荷是对整体而言的，和轨道牵扯到一起是民科
Q:
-[图片]http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpcc.5b02713我看到有文章分别算了HOMO HOMO-1两种重整能，不知道如何理解？
[图片]HOMO HOMO-1 分别带+1 还优化了结构
A:
参考诸如Fragment charge difference method for estimating donor–acceptor electronic coupling-Application to DNA π-stacks、Performance for the Hole Transfer Parameters in DNA pi Stacks、Ecoupling Server: A Tool to Compute and Analyze Electronic Couplings等文章
----------------------------------------------------
2016.11.04 01:29:14
Q:
老师，ishowptESP=1与等于一的区别在哪里
A:
这是另一回事
什么意思？不就是1
Q:
与0的区别
A:
旁边的注释里写了啊
----------------------------------------------------
2016.11.04 02:16:21
Q:
[图片][图片]看到化学硬度有这两种公式，不知道应该是那种
A:
都对，不同文章用的习俗不同
----------------------------------------------------
2016.11.04 02:21:16
Q:
老板让我做循环的时候非要用do continue，一万个不愿意
我就想不明白，do end do哪里不好了
A:
77时代过来的人的坏毛病
Q:
嗯
还跟我说了一大堆goto和行号的好处
我也犟不过他
A:
与其用goto,continue来循环，宁可用C的{ }
----------------------------------------------------
2016.11.04 03:11:26
Q:
请问，用gromacs跑环己烷动力学，有哪些比较合适的全原子力场？
A:
oplsaa
Q:
谢谢sob老师，这个算是目前比较新的全原子力场了么？
A:
一点也不新，但普适性还比较强
Q:
嗯，有没有什么办法可以得到目前比较新的环己烷全原子力场？
A:
不要在意新旧
能解决问题就完了
Q:
oplsaa 部分过渡金属元素的力场参数，如Ti, 没有吧。
A:
恩
Q:
所以对金属氧化物体系，UFF 以及 dreiding 是比较靠谱的选择了？
A:
后者没前者好
Q:
谢谢，我以为UFF已经很粗糙了
A:
是粗糙，但后者更老更烂
Q:
体系合适与否的问题，谈不上粗糙吧
A:
UFF重在普适性而不重在精度
适合没有专门适用的力场的时候凑合用
----------------------------------------------------
2016.11.04 05:05:54
Q:
老师，请问一下，[图片]这个能量和[图片]，在给出分子能量时候，应该给哪一个[表情]？
A:
完全看目的
Q:
比较几个同分异构体的能量高低
是不是，我只要取一致的就可以。比如说，都取Free energy或者都取SCF done的能量？
A:
仍然看具体怎么比
诸如异构化过程的吸热/放热量，或者讨论热力学平衡下构型的分布比例之类
稀里糊涂部分场合的话，既然振动分析都已经做了，就比自由能
稀里糊涂不分场合的话，既然振动分析都已经做了，就比自由能
----------------------------------------------------
2016.11.04 05:43:00
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：一个催化循环的一条路径有一个决速步，它的位垒是30kcal/mol，另一条路径有两个决速步，每个都是28kcal/mol,那么这两条路径哪条更有利？如果把这两个28kcal的位垒合成一个有效位垒是多少？
OA:
两个决速步那条反应，要把这个反应路径的速率算出来，然后用阿伦尼乌斯公式拟合一个有效势垒，没有简单的关系@二牛
Q:
@【传说】卖萌君老师您好！能问一下：如何计算反应路径的速率？
有没有什么关键词？
OA:
不是关键字的事儿，你要用专门的速率计算软件
Q:
老师您好！请问什么软件可以算呢？
OA:
mesmer
Q:
感谢您的帮助
那些几十个微分方程的速率怎么算的？
你是说有几十条路径的反应？
A:
写过一个求解程序，不过数值稳定性不好，后来弃了
Q:
而且每条路径上还有好几步反应的那种复杂体系？
----------------------------------------------------
2016.11.04 05:45:05
Q:
[图片]请问VMD作图怎么才能让原子序号和元素显现出来
A:
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
----------------------------------------------------
2016.11.04 06:09:39
Q:
老师，我发现有研究者计算催化剂的lumo轨道能量，认为该能量越低，催化剂活性越好。在AFM中看到一篇文章，计算一个分子的homo轨道能量，认为该能量越低，电化学稳定性越好。请问这种分析方法合理吗?
A:
没前提光说这个没意义，也没必然性
Q:
老师，抱歉。文献中是在原体系中掺入了杂原子，发现前线轨道能量发生变化，认为与原体系相比活性发生变化。
老师，请问前提是指什么前提。
A:
具体体系、凭什么这样说等等
只能算是个假设罢了，没法当成严格结论
Q:
谢谢老师。感觉应该是我们热能领域很多人(包括我自己)没有太扎实的量子化学基础，也没有很高的计算水平来搜索过渡态，所以就想当然地走一些旁门左道来解释问题。
只能说你这个结论的普适性不是很好，可能适合某一类体系，但是不一定对所有体系都有效
分子里不太在乎homo lumo gap之类的..
固体里的人把带隙，能带奉为圣经..
A:
分子里也很在乎。HOMO-LUMO gap对应于概念密度泛函里的硬度，经常被拿来讨论分子反应活性
PS：这是个近似的对应关系。严格的定义是用fundamental gap
Q:
但是在组态相互作用方法里.。就没有这个概念了..
还有couple-cluster里，没人管轨道顺序，态是正确的就可以..
A:
fundamental gap则是严格的，对任何计算方法都能用，所以概念密度泛函也是形式严格的理论。
而前线轨道理论则是单电子近似下的产物
----------------------------------------------------
2016.11.04 06:23:54
Q:
各位大神，如果在计算方法里面使用了关键词 int=ultrafine ，在文章当中描述计算方法的时候，一般是怎么注明的啊？
A:
"int=ultrafine" keyword in Gaussian was used to employ high quality DFT integration grid
----------------------------------------------------
2016.11.04 06:36:06
Q:
我想调长程校正w，但是optDFTw这个要放进高斯源目录中吗？
A:
不用
Q:
老师我是在windows系统中在linux下调用高斯算的，但是在CRT中调用不可以，显示没有路径
或者没有发现optDFTw
A:
你先补补linux基础吧
----------------------------------------------------
2016.11.04 06:45:07
Q:
老师，计算logP时候的相应溶剂的单点能，是可以随便选择基组吗？还是用M05-2X/6-31G*+SMD 算？
A:
M05-2X/6-31G*+SMD
Q:
正辛醇在溶剂模型里面没有。直接写吗？老师
老师，有您培训班那张logP计算ppt的文献吗？
是j.phys.chem.a 114,13442(2010)吗？
我把那篇文献通读了，sp也看了没看到确切这么计算logP的方法
A:
看看不就知道了
这根本都用不着什么文献，原理上多容易理解
不要唯文献是从
Q:
怕投稿的时候审稿人挑刺
A:
这种文献随时一搜一大把
Q:
[图片]
[图片]
搜索了文献太少
A:
没文献就说不了话永远没有创新
----------------------------------------------------
2016.11.04 07:09:22
Q:
[图片]老师，算AlCl3催化苯乙烯与二甲苯发生烷基化的反应机理，先把Al原子连在图示位置，设置电荷为+3，多重度为1，结果铝原子在优化过程中和C断开，并且距离很远，请问是不是这里处理的有什么不对？@Sobereva
[图片]
A:
直接把三个氯画上，用中性来算
----------------------------------------------------
2016.11.04 07:17:34
Q:
我有个问题想请教一下大家，我想先几何优化，然后再计算能量，在输入文件里应该怎么写啊[图片]我这样写有错误
啊……我好蠢……我貌似第一下写错了后来一直复制到
我今天参考sob老师的一个帖子计算弱相互作用选择更合适的基组那这个基组对应那种方法更好呢？
A:
双杂化或CCSD(T)
即便如此也可以按月份基组来简化
----------------------------------------------------
2016.11.04 07:56:28
Q:
运行optDFTw的时候显示[图片]是因为我运行内存不够了吗？@Sobereva
A:
明摆着是找不到g09
先确保直接用g09命令能调用g09
----------------------------------------------------
2016.11.04 17:36:21
Q:
老师：请问匽示基组和 quasi-relativistic effective core potential ECP有区别吗？谢谢····
[表情]
老师：您好！对于RECP和ECP两种方法用于金属的处理，我们使用基组时是直接定义了吗？我通过EMSL查看了def2-TZVP的定义，发现它用的是ECP[图片]，所以文章中我们写def2-TZVP ,是否就表示直接用了ECP的近似，谢谢····
A:
def2对于第四周期后都是用了相对论有效核势(RECP)
RECP是特指考虑了相对论效应的有效核势(ECP)
----------------------------------------------------
2016.11.04 18:20:09
Q:
求一篇文献[表情]：Mohanty S, Kunzru D, Saraf D N. Hydrocracking: a review[J]. Fuel, 1990, 69(12): 1467-1473. 谢谢谢谢~
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
还有，字号不得超过12
----------------------------------------------------
2016.11.04 19:22:37
Q:
[图片] 计算出碳谱核磁的谱图中一条谱线信号是表示几个碳？这里计算的结果中 7号C 和28号C的强度就不一样
A:
明显是两个，当成简并的显示成一条线
----------------------------------------------------
2016.11.04 19:44:19
Q:
用GV编辑完输入文件提交后出现这种情况，怎么解决[图片]
第一次提交，就告我已经在运行……@卖萌君
A:
把当前开着的高斯关了
----------------------------------------------------
2016.11.04 20:55:31
Q:
各位老师，gaussian里面有办法算 hybrid hessian 吗？类似orca 的hybrid hessian, 只算部分原子的能量二阶导数，其他的用力场补齐？
A:
化工，量化那就相当于ONIOM了
----------------------------------------------------
2016.11.04 21:31:46
Q:
请教大家一个问题，我算了一个金属配合物的发光，发现它的HOMO-LUMO在S2态，这是不是有问题啊？
A:
无，不要乱怀疑
----------------------------------------------------
2016.11.04 22:43:39
Q:
求帮忙下载一本书http://as.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-3527665129.html
A:
字号不得超过12
----------------------------------------------------
2016.11.04 22:56:30
Q:
那老师能不能解释一下为啥S1态没HOMO-LUMO跃迁么
A:
不要在群和论坛里同时问同一个问题
论坛已经给你回了
没就没
都是民科观念
----------------------------------------------------
2016.11.04 22:57:54
Q:
老师，我有点困惑，到底是B3LYP算分子中含的“氢键的”能量不行，还是说计算含氢键的整体分子的能量不行，比如说算吸收，分子内含氢键，但我算的是整体的，老师能不能讲解一下。
A:
算能量起码加个D3
----------------------------------------------------
2016.11.04 22:58:57
Q:
想请教一下大家如果用LOL方法进行定域化分析是不是无法分析定域化程度比较高的区域的组成成分因为我用nbo分析两原子间不成键 LOL发现两者之间定域化程度很高
A:
可以分析啊
甭信NBO就完了
Q:
[表情]谢谢老师是先定义LOL 的等值区域再分析组分吗
A:
什么组分？指什么？
Q:
两个原子在定域化区域中认为可以成键区域的贡献
如果等值面为0.5可以认为是成键区域那这个范围内的原子贡献可以分析的了吗
A:
基于AIM划分计算对盆内布居数的贡献可以，看手册4.17.7节的例子。若想计算对等值面内布居数的贡献虽然利用multiwfn的灵活性也有办法，但步骤会比较啰嗦。
----------------------------------------------------
2016.11.04 22:59:43
Q:
就是说这个能量是整个体系的，而不是针对分子内的氢键能量，是吗？
A:
你算整体能量也会牵扯到内氢键啊
Q:
老师有没有相关方法与基组的搭配讲解，比如说M062X/6-311+G**和M062X/def2t2vp，而且我用的A.01版，不知道后者能不能用。
A:
什么搭配适合算弱相互作用这里写得很清楚了
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
----------------------------------------------------
2016.11.04 23:03:45
Q:
[图片] 您的意思是这里的两根谱线表示的是两个碳？但是这两个碳的信号强度为什么不一样呢？
A:
不要偷懒非得用//
右边那个对应两个碳，位移一样，当成简并的显示成两倍的高度
Q:
那么左边为什么会有一个信号呢？
A:
什么叫一个信号
没简并的当然就那么显示
----------------------------------------------------
2016.11.04 23:21:58
Q:
恩好的，谢谢老师，还有一个问题，请问怎样看我使用的基组和我的元素是否是符合基组约束近似呢？basis set confinement approach (BSC),我用基组是def2TZVP，元素是Au+Bi. ,谢谢~[表情]
A:
没听说过什么BSC
Q:
老师：[图片]，我的翻译是(这个基组用了价电子来描述共振态波函数，最低的赝示态被推向了更高的能量）.请问是什么意思，您怎么看？@Sobereva
A:
大抵是让基组的基函数指数比较大，收得比较紧，此时SCF后电子只能收敛到束缚态，刻意收敛不到真实的电子比较弥散的状态
Q:
老师：您的这个意思是说基组精度不够？所以导致有些电子没有被收敛，使得这些电子处于弥散状态？[表情]请问基组的基函数的指数指的是？例如def2-TZVP,
@Sobereva
A:
群共享-基组入门资料小合集
[图片]
Q:
恩，好的，谢谢老师 [表情]
老师：您好！谢谢，您刚刚给的资料，我已经下载了，可是发现其信息量好大，好大···，我是很想学，很想了解清楚的，可是最近时间真的太紧了，这篇文章的修改提交的日期近在眼前，所以对这个学习可能得以后慢慢来了，我现在急需的是想知道我使用的基组是否符合BSC（大抵是让基组的基函数指数比较大，收得比较紧，此时SCF后电子只能收敛到束缚态，刻意收敛不到真实的电子比较弥散的状态），我的基组是def2tzvp,研究元素是Au，Bi, 如果是我该怎样证明？，最近看的文献，关于基组的描述都介绍的比较简单，例如用的是什么基组，采用的是什么RECP/ECP.····最近有不妥之处还请各位老师海涵·······在此先谢谢了！
A:
一般的基组不算。具体看bsc文章里怎么搞的
Q:
那篇文章里其实就是说弥散函数对环的影响，有弥散函数会导致环扭曲，考察的基组是[图片]。然后筛选出到底哪个函数增加弥散后导致了环的扭曲，发现给碳增加弥散，都会导致环的扭曲，于是选择了只给氢增加弥散来对所研究的结构进行优化研究[图片]。
A:
简直歪理
----------------------------------------------------
2016.11.04 23:44:18
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：下图中有的颜色深有的颜色浅是怎么用gaussview做出来的？[图片]
A:
用CYLView
----------------------------------------------------
2016.11.04 23:48:00
Q:
请问社长大人，用高斯优化好的结构，放到molpro里计算能量，可以吗
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.04 23:57:49
Q:
请教各位，拉曼光谱计算出来，看那个峰对应那个键有什么便捷的方法没有
[表情] 没有可以输出的txt格式可以直接判断那个峰对应那个键吗
请教下 intmodes 是什么意思[表情]
A:
Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes
http://sobereva.com/106
Q:
老师，我想请问一下，高斯能算分子的近红外吸收吗，波长大约在1000nm左右，我跟小木虫上看说高斯不能算，想向您求证一下
A:
倍频、合频之类导致的那些近红外，高斯做谐振频率计算是可以算的
----------------------------------------------------
2016.11.05 00:21:04
Q:
请教一个关于multiwfn画静电势图的问题，我有一个分子涉及br原子，弄结构图的时候br原子跟其他原子的键断开了，请问我要怎么处理才能把键显示出来？
A:
看具体哪个界面，如果界面里有选项调节成键阈值的，调大就行了。其它界面的话，先在主功能0里面调大成键阈值，然后再照常操作。
Q:
之前他们教我修改PDB文件，在后面加入TER 3
CONECT 1 2
CONECT 2 1
我按照类似修改方法加入，还是不行
是不是我修改方法不对？
sob老师，之前单体的时候我采用在pdb文件里加入TER 3
CONECT 1 2
CONECT 2 1，就可以显示键，现在因为是画二聚体的，用相似方法就不行。
A:
先说明用的什么程序
Q:
在VMD main窗口里面只让分子结构显示出来这步的时候
发现键是断开的
A:
自己连上呗
mouse-add/remove bonds
----------------------------------------------------
2016.11.05 00:45:12
Q:
sober老师麻烦问一下 multiwfn手册里面提到CDC绘制用到的wfn文件是如何生成的然后是要计算单点能还是pop？@Sobereva
A:
单点
pop根本就不影响输出的wfn文件
Q:
就是说计算pop也可以吗？然后如何生成wfn文件呢？
A:
手册第四章开头说了怎么产生.wfn文件
----------------------------------------------------
2016.11.05 01:02:50
Q:
老师，我服务器打算扩容，加一个2TB 7200RPM SATA 企业级硬盘和一个4TB 7200RPM SATA，一共6600元，请问价格合理吗？
A:
虚报了数倍
Q:
那这个多少价格比较合理呢？我感觉最多2000吧
A:
到京东搜一下便知
----------------------------------------------------
2016.11.05 01:04:46
Q:
[图片]被老板逼得已经用上do continue了[表情]@墨家弟子
A:
中间插个新的循环又得改编号
----------------------------------------------------
2016.11.05 02:30:52
Q:
[图片]老师我刚刚学习genmer，这个我用Chemdraw 画好分子式保存成.xyz格式，但是那个genmer.ini是怎么生成的呢
A:
genmer.ini是自带的，在此基础上修改
Q:
[图片]
没看着呢
A:
别隐藏扩展名
Q:
老师该怎么操作呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.05 03:02:03
Q:
老师我画好2个H20和一个H2O的xyz 保存到examples中然后再修改genmer.ini[图片]，然后genmer再也打不开了
A:
怎么打不开？产生结果文件了没？
origin
Q:
打开之后提示没发现[图片]
A:
genmer又不需要traj.xyz来运行，怎么会提示没发现traj.xyz
Q:
我是[图片]在这修改的，然后打开[图片][图片][图片]
A:
第二个哪是genmer的提示
Q:
[图片]
A:
换级别、换机子、换高斯版本
Q:
genmer的
[图片]
A:
显然是genmer的，你根本完全没有正确描述你的问题
没找到traj.xyz显然是molclus的提示
traj.xyz不在molclus目录下当然找不到
Q:
不好意思老师初次学习好多都不懂
A:
弄清楚思路
提示得很清楚了
Q:
就是把genmer生成的traj.xyz，复制到molclus下吗
A:
显然啊
----------------------------------------------------
2016.11.05 03:38:30
Q:
大博士明显不给我们这些想看初音演唱会的人机会
A:
怪我咯
----------------------------------------------------
2016.11.05 03:54:20
Q:
[图片]这个应该怎么做呢？老师？
用散点图做不了，给点hint吧。
上个人问的我顺便问一下
A:
从multiwfn里导出散点数据，把所有体系的数据的txt文件都拉到origin里，一起做散点图就完了
----------------------------------------------------
2016.11.05 03:58:35
Q:
老师，您Muitiwfn的教程里[图片]
电子密度是用布局数算的吗？
还是由轨道乘以轨道算的？谢谢老师
A:
布居数怎么可能用来算电子密度
电子密度的计算表达式在2.6节一开始就写了啊
Q:
布居数应该是概率密度？
波函数不是也有组合系数之类的嘛
A:
好好了解点基础
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182
简直成了民科了
----------------------------------------------------
2016.11.05 04:10:41
Q:
老师我再厚着脸皮问您一下，molclus启动后提示[图片]我修改了settings.in[图片]里面的iprog= 1 // =1:，然后molclus还是打不开麻烦您了
A:
[图片]
[图片]
核对是否一致
以及确认是否MOPAC2016装在了那个目录
----------------------------------------------------
2016.11.05 04:13:18
Q:
[图片]老师我这个迭代第一步，运行第二步就报错了
是因为发现了Lumo的值了吗？
A:
看输出文件里的提示
Q:
[图片]
请问这个2070错误怎么处理？谢谢
A:
看输出文件里的提示
最讨厌问lxxx出错了
Q:
[图片]
A:
去掉垃圾关键词
写什么sptest，手册里根本没有
不懂什么意思的不许写
----------------------------------------------------
2016.11.05 04:19:41
Q:
[图片][图片]
输出文件停止在这里
因为我出猜的w值设的太大了吗？
A:
不好说。你先自行算单点，确认能正常算
水平不够就用现成的泛函，别用w tuning
----------------------------------------------------
2016.11.05 04:22:14
Q:
多谢老师可以了。那个我只做opt结束后怎么得到能量值呀？输出文件里没有
A:
不好说。你先自行算单点，确认能正常算
Q:
G09 A02这个版本使用起来没问题吧？
A:
怎么会有问题
最基本的任务还算不了高斯早倒闭了
----------------------------------------------------
2016.11.05 04:23:19
Q:
老师请问如何做结构的优化？
A:
这种最基础问题参加我12月讲的初级量化班就完了，关注www.keinsci.com
不可能在群里还把最基本问题一一讲解
----------------------------------------------------
2016.11.05 04:27:20
Q:
[图片][图片]各位老师高斯优化计算，出现错误l9999，之前看过http://sobereva.com/164的内容，但是具体该用哪种方法，不太确定。像这种情况该怎么处理？谢谢
A:
按博文末尾说的顺序试
没特殊情况不要写z-matrix
Q:
[图片]老师我这个没报错
A:
可能难收敛，用#P监控
Q:
老师我这个需要固定分子优化，所以用了z-matrix。多谢老师，我去试试
好的，老师我要加#P
要加#p吗？
A:
能不问的就不要问
Q:
感觉老师好有耐心好有爱啊
A:
回答一堆无聊问题我也很烦
90%的问题google、尝试、看手册、琢磨琢磨都能自行解决
----------------------------------------------------
2016.11.05 04:36:49
Q:
我可以在群里介绍一下我作为管理编辑的期刊吗？
A:
若是非商业性的，且内容不长，只介绍一次可以
----------------------------------------------------
2016.11.05 04:43:26
Q:
老师用高斯计算一个比较大的体系的红外，优化时不固定原子，算红外时固定一部分原子。这样可以吗？
A:
没意义
被审稿人问及更难以解释得通
----------------------------------------------------
2016.11.05 05:01:59
Q:
老师，O原子与H原子之间的氢键的距离大约是多少埃？
A:
2点几
----------------------------------------------------
2016.11.05 05:12:40
Q:
[表情]我也要进关了
白水黑山，看起来不错。
OA：
你能对高斯公司写信吗？
Q:
可以啊..
OA:
你有版权没？
没有就别写
Q:
写过很多了..
我没有版权
尽给他们出难题..
OA:
你怎么用高斯？
敢发表？
A:
高斯明明不卖给伊朗，但伊朗人民仍发表文章还光明正大地写着用的高斯
Q:
[表情]
你能问问高斯公司，oniom方法优化期间，ＱＭ区的各原子的部分电荷随着优化的进行是否随之调整。尽管群主已经回答过这个问题，但我还是想确认这一点。事关大家的福利，你不会拒绝吧？
赶紧弃用高斯，用ORCA吧
伊朗没法被高斯制裁啊。.
你问社长也是这个答案..
A:
是的
不过高斯貌似和一些期刊编辑打过招呼，编辑看见伊朗人用高斯投稿，直接因版权问题拒掉
JPOC就是
----------------------------------------------------
2016.11.05 05:16:33
Q:
sobereva老师,我用origin做出的图层就一个，怎么区分颜色[图片]
A:
增加图层，用不同颜色
origin基础使用问题网上多搜搜
----------------------------------------------------
2016.11.05 05:20:01
Q:
电子密度如何计算出来啊？有木有懂得朋友，想计算Fukui函数用
A:
看multiwfn手册4.5.4节
仔细follow例子，不用想别的
----------------------------------------------------
2016.11.05 05:42:31
Q:
有处理CHG的程序么？
A:
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.11.05 06:29:56
Q:
老师，用MP2算单点能时，校正能E2是怎么得到的？还有输出文件中E(PUHF)和E(PMP2) 分别是什么含义啊？
A:
看基础量化书，诸如levine的
不读书当然不懂
----------------------------------------------------
2016.11.05 07:48:09
Q:
还没听过要计算的原文件的
不过有些论文给出优化后原子坐标
要被计入黑名单了……？
A:
一般是出于自愿提供
如果编辑明确管你要才必须提供到补充材料里
----------------------------------------------------
2016.11.05 17:38:04
Q:
请教下：在做RDG的散点图[图片]时是否可以把该分子体系的基态和激发态同时显示出来，运用不用的颜色区别？
对的哈让基态和激发态的在同一个图里显示
A:
你用激发态的.wfn文件也做RDG分析。基态和激发态分析的时候都把散点数据导出来，放到origin里一起作图，设不同颜色就完了
----------------------------------------------------
2016.11.05 18:33:46
Q:
[图片]麻烦问一下，这样的提示是什么意思？
%mem=12GB
%NprocShared=12
%chk=ermaotie-spin3.chk
#P B3LYP/GENECP opt^M
^M
opted ghfhkyk^M
^M
0 3^M
Fe 13.74690000 17.58090000 13.75710000^M
C 12.04830000 18.56100000 14.34870000^M
C 12.00510000 17.21130000 14.82810000^M
C 12.11190000 16.34100000 13.69560000^M
C 12.18840000 17.15100000 12.51660000^M
C 12.15600000 18.52650000 12.91800000^M
C 15.45780000 17.25300000 14.88630000^M
C 15.31650000 18.62850000 14.49960000^M
C 15.30270000 18.68250000 13.06590000^M
C 15.39960000 17.33820000 12.57540000^M
C 15.48450000 16.45350000 13.69950000^M
C 15.07500000 13.88730000 16.67640000^M
C 15.32370000 12.54120000 16.42380000^M
C 16.53690000 12.15570000 15.85830000^M
C 17.48340000 13.12020000 15.51090000^M
C 17.23320000 14.46810000 15.76170000^M
C 16.02480000 14.84970000 16.34730000^M
C 10.16520000 14.67750000 15.50460000^M
C 9.59880000 13.40550000 15.49380000^M
C 9.93600000 12.48330000 16.48410000^M
C 10.84110000 12.83460000 17.48280000^M
C 11.41470000 14.10540000 17.48550000^M
C 11.08230000 15.02520000 16.49580000^M
C 9.26880000 18.00030000 16.02180000^M
C 8.04000000 18.53730000 16.40130000^M
C 7.76580000 18.77340000 17.74710000^M
C 8.73150000 18.49650000 18.71400000^M
C 9.96600000 17.97900000 18.33030000^M
C 10.21890000 17.69130000 16.99140000^M
C 17.83350000 18.44460000 16.61730000^M
C 18.98670000 18.98580000 17.18520000^M
C 19.54260000 18.41610000 18.32670000^M
C 18.94980000 17.29110000 18.89670000^M
C 17.79900000 16.75170000 18.33540000^M
C 17.23590000 17.32530000 17.19240000^M
H 11.98740000 19.44510000 14.97810000^M
H 12.12360000 15.25350000 13.74240000^M
H 12.29850000 16.78860000 11.49720000^M
H 12.21720000 19.38540000 12.25500000^M
H 15.22020000 19.46310000 15.18990000^M
H 15.20310000 19.57710000 12.45660000^M
H 15.38640000 17.04120000 11.52930000^M
H 15.55860000 15.36690000 13.68240000^M
H 14.12790000 14.23380000 17.11200000^M
H 14.57070000 11.78730000 16.67100000^M
H 16.74240000 11.09910000 15.66900000^M
H 18.44280000 12.81180000 15.08580000^M
H 17.98350000 15.23040000 15.52110000^M
H 9.88950000 15.41340000 14.74080000^M
H 8.87700000 13.14030000 14.71650000^M
H 9.48030000 11.48910000 16.48200000^M
H 11.09340000 12.11880000 18.27060000^M
H 12.10680000 14.41590000 18.27870000^M
H 9.49710000 17.82120000 14.96400000^M
H 7.28280000 18.75000000 15.64110000^M
H 6.79290000 19.17270000 18.04590000^M
H 8.51220000 18.66930000 19.77150000^M
H 10.73910000 17.73390000 19.07010000^M
H 17.42130000 18.87900000 15.70050000^M
H 19.45080000 19.86690000 16.73250000^M
H 20.44560000 18.84450000 18.76980000^M
H 19.38210000 16.83660000 19.79250000^M
H 17.32710000 15.86790000 18.78000000^M
P 11.80980000 16.75620000 16.61130000^M
P 15.57300000 16.63590000 16.64580000^M
Ni 13.68240000 16.93110000 17.50770000^M
^M
C,H,P^M
6-31G*^M
****^M
Fe,Ni^M
LanL2DZ^M
****^M
^M
Fe,Ni^M
LanL2DZ
已解决，多谢@LiYuanhe
A:
字号不要超过12，造成严重刷屏！长的输入文件传群共享，不要直接贴出来
----------------------------------------------------
2016.11.05 21:49:47
Q:
老师请问电子密度差是用三个原子来确定坐标我想看复合物全部的原子的净电荷的变化而不是单独的三个原子确定平面，是否是看等值面该如何操作呢？有具体的网址吗？
A:
看multiwfn手册啊
这里也有例子
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
手册4.5节全是绘制等值面图的例子
----------------------------------------------------
2016.11.05 22:10:17
Q:
我觉得中文能用word还是别用latex了…
麻烦的要死…
A:
y
Q:
感觉word用得好也不必latex
主要是方便写公式公式写的好看
A:
实际上把钻研latex的时间用在钻研word上，一般能令效率提升更高
Q:
所以数学物理计算机的爱用
感觉word自带的公式编辑器编辑左右矢不太方便啊
社长有啥好建议不
我买了mathtype[表情]
A:
没觉得有什么不方便
Q:
[图片]只有这两种啊
没有单独的ket和bra
A:
[图片]
word2003自带的
multiwfn手册通篇就是word搞的，没觉得哪里功能不够用
Q:
我去，2016反倒找不到这两个了
[表情]多一门手艺，多一口饭吃嘛
A:
微软的东西越做越傻
Q:
我记得这句话社长以前也说过
[表情]不过如果你的电脑是RHEL的话，微软就用不了了，可以搞一搞LATEX
A:
那我宁用openoffice
讨厌把简单问题搞复杂
----------------------------------------------------
2016.11.05 22:35:30
Q:
[图片][图片]sober老师绘制CDC的时候把wfn文件导入进去没有看到手册中说的这几个选项这是什么原因啊？@Sobereva
A:
按手册的步骤操作，选5啊
Q:
哦好的sober老师因为我看手册上面5是calculate grid data
A:
明显是一回事
----------------------------------------------------
2016.11.05 22:42:40
Q:
[图片]老师这个是不是指在高斯上运行个单点能呢
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.05 22:59:53
Q:
老师，，我想问一下我用高斯计算Ru团簇的相对论效应，cc-pctz-DK基组，标量采用的是b3lyp/gen，包含旋轨耦合的用的是gfh/gen，标量计算的结果文件能用gaussview查看HOMO,LUMO, 但是ghf的为啥不能查看HOMO,LUMO呢？
A:
大抵是复数计算的时候gv不支持查看
----------------------------------------------------
2016.11.05 23:48:17
Q:
对于不大的分子，mp2/aug-cc-pvtz与mp2/cc-pvtz 哪个用来计算aharmonic frequency准确点？
A:
原理上显然前者。但是不牵扯弱相互作用的时候用aug-完全没有丝毫意义，而耗时增加巨大
----------------------------------------------------
2016.11.06 00:09:59
Q:
请问VASP里INCAR指令GGA=PE表示什么意思
A:
字号不要超过12
这种问题自行看手册
----------------------------------------------------
2016.11.06 00:23:30
Q:
[图片]我这个版本的QQ看到的字体全是一样的
A:
不用气泡模式就不一样
----------------------------------------------------
2016.11.06 00:26:13
Q:
mp2/aug-cc-pvtz的aharmonic frequency与harmonic frequency校正因子差别大不大，能不能用成一样？
A:
意义不明
非谐振计算根本不用校正因子
----------------------------------------------------
2016.11.06 00:55:23
Q:
用orca计算得到分子气相和溶剂中单点能，要计算溶解自由能，gCP和D3校准能都不要加上吗？还是gCP可以加上？
A:
加不加都一样，不影响差值
所以加是多余的
Q:
对。结构是一样的。这些就消掉了。
另外，cosmo模型对基组有依赖吗？
A:
有
Q:
也是6-31g*参数化的？
A:
看原文
一般这个足矣
----------------------------------------------------
2016.11.06 01:10:31
Q:
博主老师，我想问一下在图形界面的时候分子结构是成键的，可是在VMD里作图没有成键，我应该在哪儿操作使它成键？
A:
mouse-add/remove bonds
----------------------------------------------------
2016.11.06 01:19:49
Q:
老师，能发一份g09的程序员手册么？
您之前给的链接网页无法打开
A:
哪个链接？
公社专用邮箱里头有
----------------------------------------------------
2016.11.06 01:59:11
Q:
老师，我想用分子的热力学能，可以直接用频率计算后的E值吗？有人告诉我误差很大，但我不知道能不能在可接受范围内
[图片]
A:
误差大
定性粗略比较还凑合
定量计算，就算不考虑频率校正因子，起码也应该把中等级别算的热力学校正量加到高级别算的单点上
Q:
老师，有没有相关能量计算的博文？
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
----------------------------------------------------
2016.11.06 03:38:45
Q:
计算一个化合物的紫外吸收光谱。获得两个吸收峰的归属分别如下
[图片]
审稿意见：作者应该说明为什么H-->L+1， H-->L+2和H-->L+3的吸收不行？
如何回应，这个问题我也一直没有搞明白，求大侠指导下！
[表情][表情][表情][表情]
一个小分子，刚好计算结果很符合实验值
审稿人提的问题我也一直很纳闷。不是理论化学出身，请多指教
第二个除了H-L+4应该还有别的贡献吧，你这个才70%
那个审稿人我估计是做实验的
是的。我不知道应该怎么去解释这个问题
你再看看高激发态的轨道跃迁，多半就能找到答案了
A:
基于轨道来预测该有什么激发、激发应该是什么样本来就完全不对
激发态计算的方法算的是电子态，算出来之后，非要通过轨道模型来生动地描述一下，才那么描述一下而已
诸如H->L+1这种组态，如果不是当前TDDFT哈密顿的本征函数，自然输出的结果里没有这种跃迁
----------------------------------------------------
2016.11.06 06:19:41
Q:
优化氢气分子怎么显示出错呢老师？
[图片]
A:
不用管，直接ok
----------------------------------------------------
2016.11.06 06:34:10
Q:
MP2方法和相应的基组，是可以用来计算aharmonic frequency，而DFT不能用来计算aharmonic frequency？
A:
anharmonic
当然可以计算
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.06 07:35:13
Q:
请问AMBER立场参数去哪里查
有专门的网站吗
A:
文献，或者自带amber力场参数的程序里的文件（如amber、gromacs）
Q:
可是有一些在.ff文件里面没有
诸如Lennard-Jones中的参数可以从文献中很容易查到
但是TORSION和vDW相关参数（Emin Rmin)很难查到
请问这些在哪里有数据呢
谢谢sob老师，我查了一天了也查不到
A:
力场文件里都有
诸如amber的parm99.dat
Q:
那个文件能给我发一份吗？
我这里只有一个amber95.ff
拜托老师了
不然明天又要差一天，而且估计还查不到
A:
公社论坛里有ambertools，里头就有
Q:
那是linux版的？
我这里打不开啊
力场文件应该包含在源码里
小弟真的没用过amber
下载一个ambertools就行[表情]
[图片]
OA:
下了么你就说打不开。。。
A:
我也想说这句
Q:
我电脑没有linux系统，下了也打不开
A:
[图片]
Q:
[表情]
[表情]下载了是压缩包 win也能解压
[图片]
哈哈表情收藏了
从微博截过来
专门打开微博截图
现在有个趋势，搞计算的比我们做实验的还小心，生怕做错什么电脑就炸了
A:
+1
----------------------------------------------------
2016.11.06 07:48:29
Q:
sob老师，我想问问闭壳层分子与开壳层分子，计算过程中有什么联系，我应该注意什么？我以开壳层分子作为研究对象是不是不太好？小白的我，不知道怎么处理了？[表情]
我一直用闭壳层方法opt，但是算性质的时候问题就出现了
A:
体系电子结构实际是闭壳层的时候，你用开壳层计算，和闭壳层计算结果一样，时间白费很多。
开壳层电子结构的体系必须用开壳层形式计算。
Q:
是所有方法前都加u，进行opt，算性质吗？
A:
除非计算双自由基这种单重态开壳层体系，否则不要没事自己加r或者u，纯属多余
Q:
比如我把优化结构导出，结构文件方法前出现了u，我视情况定别？
计算双自由基这种单重态开壳层体系:所有方法都加u，其余不加u，就正常算就可以吗？(这个说法很不全面)
A:
怎么会被你理解成这样
Sobereva(190258442) 23:53:17
除非计算双自由基这种单重态开壳层体系，否则不要没事自己加r或者u，纯属多余
----------------------------------------------------
2016.11.06 08:21:50
Q:
老师，请问计算电子局域密度（ELF）与赝势文件种类有关吗？必须用模守恒赝势吗@Sobereva
A:
模守恒下的结果应该更合理
那叫电子定域化函数
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
----------------------------------------------------
2016.11.06 16:21:40
Q:
各位老师好，我在gaussian结构优化时想把一个结构优化成我想要的结构，但每次优化该结构时总是偏离我想要结构很多，怎么才能固定住结构使其优化时可以达到我想要的结构呢？非常感谢
A:
优化时候使用冻结设定
----------------------------------------------------
2016.11.06 16:49:49
Q:
老师请问我要计算NMR的话在单点能中还用写上NMR这个关键词吗？能否像freq一样，直接在优化中写上NMR？
A:
单点时候用NMR，甭和其它的搀和
----------------------------------------------------
2016.11.06 18:43:00
Q:
aug-cc-pvqz 、6-31++G（d，p）和6-311++G（d,p）这几个基组哪个基组大谢谢老师
如果是 aug-cc-pvdz 6-31++G（d，p）和6-311++G（d,p）这几个基组哪个基组大@米豆豆
好的，谢谢 @兰州大学_共振拉曼
A:
aug-cc-pvdz比6-31++G（d，p）大，但和6-311++G（d,p）没有可比性。不同是同一zeta级别。
----------------------------------------------------
2016.11.06 19:48:26
Q:
老师请教问 NMR中的这个[图片]是什么，为什么只有HF 和B3LYP这几个啊，我是不是在算的时候也要对应这两个，能用别的命令吗？我用这个[图片]可以吗？怎么对TMS进行对比书写命令的时候怎么输入啊？
A:
自行看exploring第二版书里的例子
自行算出来TMS的参考值
----------------------------------------------------
2016.11.06 20:38:34
Q:
请问老师算一个HAT过程的BDE时用上边1式和2式算出来的不一样，应该用哪个公式呢？还是用两个公式计算都是可以的？
[图片]
A:
就算个RX-H的X-H键的BDE显然(1)就够了
----------------------------------------------------
2016.11.06 21:06:52
Q:
老师，基于配分函数算速率常数时，公式中的势垒是不是不能用吉布斯自由能垒
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.06 21:44:23
Q:
[图片] 老师IRC两边跑成一样的结构了怎么破？@LiYuanhe
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.07 01:15:35
Q:
请问老师，哪里出错了，提交超算后直接退出来了
A:
去掉geom=connectivity
=giao纯属多余，本来就默认的
----------------------------------------------------
2016.11.07 01:22:43
Q:
请问orca3.0.3的NBO功能可以代替高斯自带的NBO 3.1吗？
A:
只是个接口而已，不是自带NBO或能直接实现NBO功能
----------------------------------------------------
2016.11.07 01:38:20
Q:
老师是否推荐使用ADF软件？
A:
除非涉及到SOC，否则一般不怎么推荐
Q:
ADF号称速度很快..小体系是快.. 大体系数值不稳...
OPT的时候，上一步的SCF能量和下一步的能相差几十hartree
A:
求快用ORCA就完了
我对它的态度和dmol3有类似之处
Q:
ADF的优势，感觉是对称性，还有SOAP，
dmol3我一直不怎么信任
还有open-shell的激发态
Multiwfc能处理Quantum Espresso算出来的电荷密度吗？
A:
不能
Q:
这群是算分子的..
A:
对dmol3和ADF我用这个表情
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.07 04:55:47
Q:
[表情]
群里有人画过LOL图吗？
A:
又试探
Q:
我看到Sobereva在小木虫上说Multiwfc可以做ELF图，接下来又说到LOL图，这个LOL必须要用高斯算到的数据吗？
A:
multiwfn
能产生.wfn/.wfx/.fch/.molden文件的程序都能做，没有非限制高斯
Q:
cube格式的也可以吧
A:
gamess-us、ORCA、molpro等等一大把程序都行
不行
看到自己网名和小木虫同时出现浑身难受
Q:
而且还拼错了——Multiwfc
OA:
sorry
Q:
浑身难受喝大力
我已不上小木虫快两年了
OA:
我也是
Q:
但是我们一个老师还是坚持小木虫
计算化学论坛的大部分问答已经足够解答我日常的问题了
OA:
第一次接触计算化学公社是我问了一下高斯实例文件的列表，我记得好像是liyuanhe回答的
[表情]
A:
那边早已经根本没什么像样的讨论了，现在页面基本都是老的资源帖和一些悬在那里也没人正经回复的小白贴
Q:
还好我把我最烂的那一面放在了小木虫，量化板块就没法看了
A:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10729048&fpage=1&target=blank
这里beefly的回帖可搞笑了
之前在上面发的东西删还不让删，改还不让改，各种奇葩设定
页面一打开全是广告，根本没氛围
Q:
大博士还是截图看看吧，我都忘记密码了
A:
就俩字：药丸
Q:
唉，康熙爷慨叹，大清药丸……
A:
[图片]
Q:
小木虫是不是和韩国总统一样，被闺蜜给控制了？
许久听说要关上了一次，Ctrl+F了一下才找着在哪儿。。。
[表情]
A:
有计算化学公社这一个论坛就够了
Q:
[表情]计算化学这里算是大本营了
有个问题搞不懂，既然小木虫这么烂了，那些牛人怎么不赶紧起义或者来科音？
A:
没必要这么问
Q:
我对牛人还在小木虫上死缠烂打颇有不解
A:
我都不刻意大张旗鼓宣传计算化学公社，行家、专家自然而然就聚过来了
有很多人还不知道计算化学公社
Q:
Multiwfn能够流行，论坛公社总会有流行的那一天
凝聚态物理方面用VASP、siesta和QE软件的比较多，计算的多数是晶体
A:
发帖量应该早就超过木虫量化版了（不算木虫上成风的灌水帖）
公社一天发帖量破百也常有
Q:
[表情]
来几个凝聚态计算方向的，把固体也撑起来..
有
+1[表情]
是的，我就是做凝聚态计算的，想请教如何用这个软件计算固体
A:
卡开发发对公社论坛第一性原理版贡献很大，对很多问题很认真、给出有水平的回复
Q:
[表情]
还有jiewei
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.11.07 04:55:47
Q:
这两位大神在哪个群里？我在这个群里怎么搜不到啊？
ELF图和LOL图是不是在提取电荷密度的时候，都是不一样的？还是说Multiwfc处理的时候，用的方法不一样？
A:
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
不要总拼错multiwfn
ELF/LOL衡量的是定域性，和电荷密度没任何直接关系
计算公式不同，multiwfn手册2.6节有式子
----------------------------------------------------
2016.11.07 04:57:19
Q:
sob老师，算溶剂化自由能的时候，不同溶剂下的结构需要在不同溶剂下优化到最优结构吗？还是只是加上溶剂，算单点？
羧酸电离一个质子也不优化，直接叉掉H，然后算单点么》？
A:
羧酸根算溶解自由能也是同样在同一个结构（气相或隐式溶剂模型下优化皆可，差异不大）下计算带和不带隐式溶剂模型的单点然后求差
----------------------------------------------------
2016.11.07 06:26:36
Q:
二聚体T1优化，啥基组和泛函合适，主要是试算
A:
看具体体系
没前提的话M062X/6-31G*或6-311G*
----------------------------------------------------
2016.11.07 06:49:50
Q:
老师，我有一个问题想向您请教一下。我计算氢氧根离子与硼掺杂碳基模型之间的相互作用，在B3LYP-D3/6-311G（d，p）层次下进行几何构型优化，使用opt=tight关键词。结果迟迟不收敛且出现诡异结果（初始构型氢氧根离子对着氢原子），但逐渐氢氧根离子与碳原子竟产生很强的相互作用。我在博文上看到，若使用更紧的优化收敛标准时不搭配更精细的积分格点，结果可能更糟。那么我再结合int=ultrafine是否能改善这种情况？谢谢老师。
A:
没特殊必要甭用tight
Q:
抱歉，说的不清楚，是稠环结构[图片]
谢谢老师回复。
害怕在做频率分析时出现虚频或在频率分析最后判断收敛时出现no，因此在优化中加入了opt=tight，请问如果去掉opt=tight，是否会更容易出现虚频或出现no？
A:
虽然可能，但也没必要上来就tight
Q:
谢谢老师回复。老师，您的意思是这本来是一个有单电子的结构（虽然单电子不一定在那个位置上），氢氧根离子连接上去也不一定不合理？
但是，老师。我做静电势分析，发现氢原子附近静电势为正。静电势极大值点在氢原子附近，因此初步判断阴离子会与氢原子发生相互作用，因此认为氢氧根离子与碳发生强相互作用而不是与氢是不合理的。老师，请问这样分析合理吗？
A:
否。静电势只能正确预测反应早期的趋势，一般是非共价作用距离
如果作用较强，伴随着电荷极化、转移，用孤立体系得到的静电势就没用了
Q:
老师，我应做什么分析分析哪个部分会与氢氧根离子发生相互作用。
A:
你既然都能算得动，直接算算哪里作用势垒最低
Q:
老师，是要算过渡态吗？
A:
显然
Q:
但是如果各个碳原子，氢原子都算，这有些算不动。
A:
考虑到体系对称性，要算的也就数个碳而已。计算的基组完全可以降到6-31G*
而且算算福井函数、双描述符或者ALIE，可靠性比静电势一般更强
Q:
但老师，我还有其他硼掺杂模型，要算，而且体系不对称。
而且，老师，这属于化学吸附吗？
A:
显然算，都成键了
Q:
谢谢老师。麻烦您了，福井函数和双描述符是属于概念密度泛函，主要用于研究亲电亲核反应，可以研究这一过程吗？麻烦您了，谢谢。
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.11.07 08:01:50
Q:
老师，问个简单的问题，请问势垒是不是活化能呀？跟活化能什么关系呀？在g09中用什么关键词呀？
A:
过渡态能量减反应物/产物能量就是势垒
活化能具体看你的指代，诸如阿伦尼乌斯公式里的活化能是靠k~T的关系拟合出来的。对于基元反应，按照过渡态理论，这和自由能垒的物理意义比较对应
----------------------------------------------------
2016.11.07 17:40:12
Q:
想问一下频率和优化同时进行时，如果输入文件中没加fre关键词，会不会影响下面的优化
我想下面优化的link文件不是读取了上面的chk么
两天都没变过
我用了二阶解析导数，@卖萌君
我之前用二阶解析导数，忘了加freq这个关键字
后来我又加上了freq这个关键字，就凌天感觉没变过
A:
甭用qc
Q:
你们计算的时候用二阶的时候还加freq这个关键字么
知道啊
A:
明显不知道
Q:
好吧
那我把输入文件关键字给你看一下
A:
[图片]
一丁点原理不懂就是瞎算，算出各种废数据
Q:
[图片]
A:
好好看看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
初学者基本关键词还没用会就写一大堆乱七八糟的，能算出有意义的数据才怪
Q:
谢谢您
就是算过频率之后直接进行优化
A:
频率和优化的先后关系...[表情]
Q:
输入文件是这样的形式[图片][图片]
这是我的一个输入文件
之前我不小心忘加了freq这个关键字
因为想找过渡态
A:
# B3LYP/def2SVP opt(calcfc,ts,noeigen) freq
甭写一堆有的没的
----------------------------------------------------
2016.11.07 18:35:38
Q:
请问 low-lying excited electronica state 指的就是激发态上的极小值点（也就是局域稳定构型）吗
A:
否。这是与高阶激发态相对的
那些激发能比较低的激发态都叫low-lying
----------------------------------------------------
2016.11.07 18:45:33
Q:
[图片]
请教一下，Multiwfn生成的cub文件明明左上角是Cl（view中显示的也是Cl），可是到了VMD中却成了C，怎么改，没查到，其指教，谢谢
A:
coloring method用element
----------------------------------------------------
2016.11.07 18:59:03
Q:
请教各位，用VMD保存图片提高分辨率的方法除了把Depth cueing勾掉还有什么方法可以使保存的图片分辨率高一些。用了vmdscene感觉也是不是很清楚。
A:
看此文1.4节
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
----------------------------------------------------
2016.11.07 19:28:41
Q:
这种 ωB97X-D/cc-pVTZ level，可以计算anharmonic frequencies吗
A:
不要试图用meta系列泛函算非谐振，你用wb97xd还不如B3LYP结果好还耗时高得多。B3LYP是算非谐振当中性能拔尖的泛函
----------------------------------------------------
2016.11.07 23:31:08
Q:
大博士，NBO可以计算键级吗
A:
谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级
http://sobereva.com/74
还有NRT分析也能输出NRT键级
不过multiwfn里算键级的功能足够了
NBO还能算NLMO键级，不过不咋地
Q:
有人问NBO键级怎么看，我说Mayer键级就可以，他非要用NBO
A:
那人也是无知
----------------------------------------------------
2016.11.07 23:31:55
Q:
[图片]
我想问一下在加载dcd文件的过程中出现这种情况是怎样处理
[图片]
A:
也许是内存不够了。载入过程可监控资源管理器中的内存占用
----------------------------------------------------
2016.11.07 23:32:38
Q:
老师想得到一个反应的焓变势垒和自由能变势垒，已经在6-31g**下优化了反应物生成物及过渡态的结构并做了频率分析，下一步要得到高水平基组下计算的精确能量，是不是需要在高水平下重新优化各几何结构并做频率分析才能得到准确的焓变势垒和自由能变势垒？若只是高水平下的单点能计算的话是不是无法得到那些热力学性质？
A:
不要重新优化
算个单点就完了
----------------------------------------------------
2016.11.07 23:34:23
Q:
有这个说法吗？
A:
没有
----------------------------------------------------
2016.11.07 23:42:10
Q:
[图片] IRC中初始结构不是必须是过渡态吗，为什么此图中能用IRC跟踪反应路径
A:
S1的曲线看起来就是从S1的过渡态走的。把两个基元步骤拼一起
这种图也未必必须靠走IRC才能产生，也可以定义一个反应坐标，靠柔性扫描来凑合搞，文中或许没写清楚
----------------------------------------------------
2016.11.07 23:42:25
Q:
我想请问下用NBO6算芳香体系的NRT，怎么加关键词？我这样写的对吗[图片]
A:
NRTTHR写$NBO里头
just try
----------------------------------------------------
2016.11.07 23:45:45
Q:
sob老师您好上次我提问的lol定域化方法想求原子贡献您让我去看盆分析我研究了下但是由于我考察的正好是金属配位键研究布居数的贡献貌似意义不大轨道的贡献有办法考察吗？
A:
“轨道的贡献”具体指什么？
Q:
参与配位键的两原子在定域化轨道内的主要贡献轨道
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Q:
这个我看过但是由于这个是分子轨道成分
A:
定域化轨道也一样啊
fch/molden文件里存的是什么轨道就能分析什么轨道
NBO、NLMO、LMO、AdNDP什么的都一样
Q:
定域化轨道会有编号划分吗我尝试了一下好像没法指定我想考察的轨道
A:
当然有编号啊
Q:
[表情][表情]好的谢谢我再去查一查。。之前一直没有操作成功
可能是因为我不是用高斯计算的LOL 保存的轨道方式不对
A:
LOL是实空间函数，这跟轨道是两码事
Q:
我把他理解成一种划分方式？
A:
先弄清楚LOL的计算公式
----------------------------------------------------
2016.11.07 23:47:20
Q:
热力学校正量是中等水平下输出文件的以下数值吧 Thermal correction to Energy= 0.207222
Thermal correction to Enthalpy= 0.208166
Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.160531 把后两个直接加到高水平单点能下计算的 SCF Done: E(UB3LYP) = -843.118523854这个数值上得到高水平下的焓变和自由能变么？@卖萌君
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:08:40
Q:
[图片]
这个差的数值怎么读出来。
A:
意义不明
Q:
[图片]
文献报道fukui 函数得到了一些数值的。
A:
如果指把福井函数投影到分子电子密度表面，然后考察表面上某个点的福井函数，用multiwfn产生电子密度和福井函数格点数据，扔gview里作出这种图，然后鼠标移动到哪就能在状态栏显示哪个点的福井函数值
如果要得到某个指定坐标的福井函数值，用multiwfn主功能1计算相应位置的电子密度，两个状态一求差就完了
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:11:16
Q:
老师，请问，分子力场参数是否准确，有评估标准和办法吗？
A:
做模拟，和实验值比较
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:15:19
Q:
老师，如果要算一个激发态分子与基态分子的作用，如何处理呢？如果按TD（root=*）算是把整体都按照某一激发态优化了吧@Sobereva
A:
没法严格算那种状态
量化是按照整个体系算的
如果算整体的激发发现激发只是牵扯到某个分子，可以姑且那么说
Q:
就是所谓想象中的“一个基态分子与一个激发态分子反应”本身就不符合实际，是吧？@Sobereva
A:
也不算完全不符合实际，但一般量化程序里没法明确直接这么考虑
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:15:41
Q:
象amber这样的以蛋白为主的力场，其参数怎么评估？
比较哪些参数呢？晶体结构？
A:
晶体结构、NMR数据
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:19:52
Q:
[图片]请问一下这个培训怎么样啊？
A:
一对照便知
辨别虚假坑钱科研培训的关键九点
http://sobereva.com/339
有科音的gmx培训谁还去那个
Q:
什么时候啊？？？
A:
关注www.keinsci.com
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:22:13
Q:
跑一段时间的蛋白MD，统计各帧的能量和出现概率，如果符合波兹曼分布，就说明力场参数合理，反之亦反之。
这样可否？
A:
不会正好相同
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:24:03
Q:
请问sob老师，频率具体是通过什么获得的，以及如何从这个东西计算得到频率？
A:
先弄清楚什么叫Hessian矩阵，从Hessian矩阵怎么得到频率
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:27:19
Q:
请问各位高斯安装完成后显示下面的图是怎么回事？[图片]
哪里没弄好？
好的，谢谢老师
各位g09权限不够怎么修改？
A:
[图片]
Q:
哦哦，好的，谢谢
A:
新人都先去google补补linux使用基础
Q:
[图片]
再次求助！
A:
*前写空格啊
不会写就仔细按着幻灯片写
Q:
可是写完那个回车之后啥反应没有呀
A:
还能指望有什么反映？
Sobereva(190258442) 16:58:13
新人都先去google补补linux使用基础
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:34:35
Q:
scrf=check guess=tcheck这两个命令是什么意思呀？自己在高斯手册没有找到啊
A:
甭用
[图片]
Q:
[图片] 请问老师，请问我用GV生成的这个关键词行不行呀？
A:
[图片]
Q:
好的，谢谢sob老师！[表情][表情]
老师，是不是用GV生成的关键词很不靠谱啊？
A:
别依靠gv
必须自己弄清楚关键词怎么写，多余的一律不写
高斯关键词使用很简单，常用的不费太大劲就能掌握
Q:
好的！[表情][表情]谢谢老师！
A:
明显不对。仔细对照
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:57:48
Q:
[图片]
老师，我想固定周围分子，对中间两个分子优化，使用ONIOM方法好还是混合基组方法好，计算量要考虑
A:
ONIOM肯定能做到比混合基组便宜，但论省心省事保证精度明显是混合基组
Q:
恩，现在初始阶段是试算，那就使用ONIOM方法，谢谢sob老师
请问，我怎样设置oniom关键词
#p opt oniom(b3lyp/6-311g(d):pm6)
现在想将b3lyp换成b3lyp+D3，怎样设置？
A:
用M062X或者wb97xd
----------------------------------------------------
2016.11.08 00:58:55
Q:
老师，我用Multiwfn时，gaupath=后面写本地Gaussian路径吧，但还是提示说没找着路径。
[图片]
[图片]
A:
看手册附录1
----------------------------------------------------
2016.11.08 01:15:27
Q:
请问老师，这个默认参数不设置行不行啊？
[图片]
A:
看你机子啊
----------------------------------------------------
2016.11.08 01:19:05
Q:
“Gromacs培训班预计于2017年1月举办”，预计几天的课程？
A:
3或4，未定
Q:
恩
A:
可以有
Q:
0基础的可以报名吧
当然有其他动力学基础
A:
完全ok
Q:
[表情]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.08 01:24:41
Q:
sob老师，是不是只要默认参数指定好了内存和核数，每次的gjf文件就不用再指定了呀？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.08 01:53:13
Q:
大家好，我最近在算过渡态结构，我用QST3搜索过渡态时，出现如下错误，请问一下怎么解决？[图片]
A:
字号不要超过12
甭用QST3，用opt=ts再试
----------------------------------------------------
2016.11.08 01:54:22
Q:
老师，请教一个问题，算团簇基态掺杂一个杂原子，这个原子在上一个基态是在外部，下一个的时候，杂原子进入内部，再往下的时候杂原子是在外部。是不是中间这个基态没有找对。
A:
理解不能
检验是否收敛到基态波函数用stable关键词
----------------------------------------------------
2016.11.08 01:57:39
Q:
请教行家
做metadynamic MD时，我使用两个ＣＶ,　Ａ和Ｂ，Ａ和Ｂ的取值范围都是（１，２，３，４，……。１００）。那么请问，怎么样才算一个历史？　比如，是Ａ=１算一个历史，以后只要遇到Ａ=１的时侯，就加上一个偏向SIGMA，还是（Ａ=１,Ｂ=１）才算一个历史，以后要遇到（Ａ=１,Ｂ=１）的情况，才加一个偏向SIGMA？
A:
虽然也能，但不方便，还不如自己修改输入文件
----------------------------------------------------
2016.11.08 02:16:27
Q:
gv里面可设混合基组吗？
A:
没办法
----------------------------------------------------
2016.11.08 02:26:40
Q:
请问，算ＣＵ离子，用b3lyp/lanl2dz可以吗？
A:
可
----------------------------------------------------

复制代码