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标题: 求助VMD用water关键词识别不到水 [打印本页]

作者
Author: Corrosion 时间: 2026-3-11 22:31
标题: 求助VMD用water关键词识别不到水
VMD进行轨迹氢键统计时，使用脚本统计水之间氢键分布，发现定义的water关键词为0，请问怎么把所有水分子重新定义为water。（通过残基也识别了，都是0）

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作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-12 07:18
xyz文件里没有残基名信息，因此没法判断哪些是water。改用pdb、gro等包含残基名的格式

作者
Author: Corrosion 时间: 2026-3-12 15:36
本帖最后由 Corrosion 于 2026-3-12 15:57 编辑

sobereva 发表于 2026-3-12 07:18
xyz文件里没有残基名信息，因此没法判断哪些是water。改用pdb、gro等包含残基名的格式

谢谢卢老师的回复。

我把.xyz文件在VMD中另存为.pdb格式的轨迹文件，发现还是识别不到水分子。请问您还有其他方法解决吗？万分感谢

最初.xyz文件是用Multiwfn设置输出文件，然后跑AIMD后得到的轨迹文件。

pdb中的部分内容如下：
CRYST1 9.576 12.849 52.849  90.00  90.00  90.00 P 1          1
ATOM    1  Ir    X 1    9.576 3.212 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM    2  Ir    X 1    9.576 0.000 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM    3  Ir    X 1    9.532 3.236 8.886  0.00  0.00       IR
ATOM    4  Ir    X 1    9.551 0.081  12.147  0.00  0.00       IR
ATOM    5  Ir    X 1    1.596 0.000 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM    6  Ir    X 1    1.596 3.212 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM    7  Ir    X 1    1.602 0.033 8.900  0.00  0.00       IR
ATOM    8  Ir    X 1    1.500 3.307  12.041  0.00  0.00       IR
ATOM    9  O    X 1    1.596 4.442 2.482  0.00  0.00          O
ATOM    10  O    X 1    1.596 1.230 5.695  0.00  0.00          O
ATOM    11  O    X 1    1.581 4.451 8.832  0.00  0.00          O
ATOM    12  O    X 1    1.530 1.301  11.915  0.00  0.00          O
ATOM    13  O    X 1    1.596 1.982 2.482  0.00  0.00          O
ATOM    14  O    X 1    1.596 5.194 5.695  0.00  0.00          O
ATOM    15  O    X 1    1.630 2.007 8.836  0.00  0.00          O
ATOM    16  O    X 1    1.567 5.314  11.961  0.00  0.00          O
ATOM    17  O    X 1    9.576 3.212 0.500  0.00  0.00          O
ATOM    18  O    X 1    0.000 0.000 3.712  0.00  0.00          O
ATOM    19  O    X 1    9.576 3.212 6.924  0.00  0.00          O
ATOM    20  O    X 1    0.039  12.796  10.159  0.00  0.00          O
ATOM    21  O    X 1    9.513 3.297  13.245  0.00  0.00          O
ATOM    22  O    X 1    9.576 0.000 1.252  0.00  0.00          O
ATOM    23  O    X 1    9.576 3.212 4.464  0.00  0.00          O
ATOM    24  O    X 1    0.013 0.020 7.664  0.00  0.00          O
ATOM    25  O    X 1    9.525 3.308  10.795  0.00  0.00          O
ATOM    26  O    X 1    9.540 0.249  13.939  0.00  0.00          O
ATOM    27  Ir    X 1    3.192 3.212 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM    28  Ir    X 1    3.192 0.000 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM    29  Ir    X 1    3.181 3.221 8.866  0.00  0.00       IR
ATOM    30  Ir    X 1    3.165 0.087  12.131  0.00  0.00       IR
ATOM    31  Ir    X 1    4.788 0.000 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM    32  Ir    X 1    4.788 3.212 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM    33  Ir    X 1    4.750  12.820 8.894  0.00  0.00       IR
ATOM    34  Ir    X 1    4.726 3.272  12.019  0.00  0.00       IR
ATOM    35  O    X 1    4.788 4.442 2.482  0.00  0.00          O
ATOM    36  O    X 1    4.788 1.230 5.695  0.00  0.00          O
ATOM    37  O    X 1    4.779 4.459 8.855  0.00  0.00          O
ATOM    38  O    X 1    4.791 1.318  11.859  0.00  0.00          O
ATOM    39  O    X 1    4.788 1.982 2.482  0.00  0.00          O
ATOM    40  O    X 1    4.788 5.194 5.695  0.00  0.00          O
ATOM    41  O    X 1    4.772 1.969 8.891  0.00  0.00          O
ATOM    42  O    X 1    4.761 5.262  12.009  0.00  0.00          O
ATOM    43  O    X 1    3.192 3.212 0.500  0.00  0.00          O
ATOM    44  O    X 1    3.192 0.000 3.712  0.00  0.00          O
ATOM    45  O    X 1    3.192 3.212 6.924  0.00  0.00          O
ATOM    46  O    X 1    3.199 0.008  10.140  0.00  0.00          O
ATOM    47  O    X 1    3.125 3.297  13.208  0.00  0.00          O
ATOM    48  O    X 1    3.192 0.000 1.252  0.00  0.00          O
ATOM    49  O    X 1    3.192 3.212 4.464  0.00  0.00          O
ATOM    50  O    X 1    3.231  12.837 7.688  0.00  0.00          O
ATOM    51  O    X 1    3.151 3.332  10.828  0.00  0.00          O
ATOM    52  O    X 1    3.230 0.199  13.941  0.00  0.00          O
ATOM    53  Ir    X 1    6.384 3.212 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM    54  Ir    X 1    6.384 0.000 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM    55  Ir    X 1    6.383 3.252 8.837  0.00  0.00       IR
ATOM    56  Ir    X 1    6.387 0.078  12.071  0.00  0.00       IR
ATOM    57  Ir    X 1    7.980 0.000 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM    58  Ir    X 1    7.980 3.212 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM    59  Ir    X 1    8.008  12.846 8.891  0.00  0.00       IR
ATOM    60  Ir    X 1    7.974 3.295  12.030  0.00  0.00       IR
ATOM    61  O    X 1    7.980 4.442 2.482  0.00  0.00          O
ATOM    62  O    X 1    7.980 1.230 5.695  0.00  0.00          O
ATOM    63  O    X 1    7.941 4.483 8.859  0.00  0.00          O
ATOM    64  O    X 1    7.976 1.292  11.875  0.00  0.00          O
ATOM    65  O    X 1    7.980 1.982 2.482  0.00  0.00          O
ATOM    66  O    X 1    7.980 5.194 5.695  0.00  0.00          O
ATOM    67  O    X 1    7.957 2.012 8.830  0.00  0.00          O
ATOM    68  O    X 1    7.972 5.300  11.928  0.00  0.00          O
ATOM    69  O    X 1    6.384 3.212 0.500  0.00  0.00          O
ATOM    70  O    X 1    6.384 0.000 3.712  0.00  0.00          O
ATOM    71  O    X 1    6.384 3.212 6.924  0.00  0.00          O
ATOM    72  O    X 1    6.376  12.812  10.154  0.00  0.00          O
ATOM    73  O    X 1    6.362 3.236  13.168  0.00  0.00          O
ATOM    74  O    X 1    6.384 0.000 1.252  0.00  0.00          O
ATOM    75  O    X 1    6.384 3.212 4.464  0.00  0.00          O
ATOM    76  O    X 1    6.352 0.029 7.664  0.00  0.00          O
ATOM    77  O    X 1    6.324 3.285  10.802  0.00  0.00          O
ATOM    78  O    X 1    6.292 0.199  13.936  0.00  0.00          O
ATOM    79  Ir    X 1    0.000 9.637 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM    80  Ir    X 1    9.576 6.424 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM    81  Ir    X 1    0.003 9.671 8.916  0.00  0.00       IR
ATOM    82  Ir    X 1    9.569 6.528  12.109  0.00  0.00       IR
ATOM    83  Ir    X 1    1.596 6.424 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM    84  Ir    X 1    1.596 9.637 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM    85  Ir    X 1    1.582 6.451 8.868  0.00  0.00       IR
ATOM    86  Ir    X 1    1.603 9.749  12.028  0.00  0.00       IR
ATOM    87  O    X 1    1.596  10.867 2.482  0.00  0.00          O
ATOM    88  O    X 1    1.596 7.654 5.695  0.00  0.00          O
ATOM    89  O    X 1    1.609  10.852 8.907  0.00  0.00          O
ATOM    90  O    X 1    1.603 7.760  11.925  0.00  0.00          O
ATOM    91  O    X 1    1.596 8.407 2.482  0.00  0.00          O
ATOM    92  O    X 1    1.596  11.619 5.695  0.00  0.00          O
ATOM    93  O    X 1    1.573 8.423 8.851  0.00  0.00          O
ATOM    94  O    X 1    1.592  11.710  12.054  0.00  0.00          O
ATOM    95  O    X 1    0.000 9.637 0.500  0.00  0.00          O
ATOM    96  O    X 1    9.576 6.424 3.712  0.00  0.00          O
ATOM    97  O    X 1    9.576 9.637 6.924  0.00  0.00          O
ATOM    98  O    X 1    9.554 6.506  10.082  0.00  0.00          O
ATOM    99  O    X 1    9.558 9.651  13.199  0.00  0.00          O
ATOM 100  O    X 1    9.576 6.424 1.252  0.00  0.00          O
ATOM 101  O    X 1    9.576 9.637 4.464  0.00  0.00          O
ATOM 102  O    X 1    9.538 6.463 7.656  0.00  0.00          O
ATOM 103  O    X 1    9.570 9.699  10.829  0.00  0.00          O
ATOM 104  O    X 1    9.509 6.493  13.941  0.00  0.00          O
ATOM 105  Ir    X 1    3.192 9.637 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM 106  Ir    X 1    3.192 6.424 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM 107  Ir    X 1    3.161 9.614 8.842  0.00  0.00       IR
ATOM 108  Ir    X 1    3.190 6.524  12.077  0.00  0.00       IR
ATOM 109  Ir    X 1    4.788 6.424 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM 110  Ir    X 1    4.788 9.637 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM 111  Ir    X 1    4.830 6.459 8.857  0.00  0.00       IR
ATOM 112  Ir    X 1    4.775 9.696  12.071  0.00  0.00       IR
ATOM 113  O    X 1    4.788  10.867 2.482  0.00  0.00          O
ATOM 114  O    X 1    4.788 7.654 5.695  0.00  0.00          O
ATOM 115  O    X 1    4.743  10.860 8.884  0.00  0.00          O
ATOM 116  O    X 1    4.782 7.726  11.917  0.00  0.00          O
ATOM 117  O    X 1    4.788 8.407 2.482  0.00  0.00          O
ATOM 118  O    X 1    4.788  11.619 5.695  0.00  0.00          O
ATOM 119  O    X 1    4.764 8.433 8.925  0.00  0.00          O
ATOM 120  O    X 1    4.764  11.661  12.023  0.00  0.00          O
ATOM 121  O    X 1    3.192 9.637 0.500  0.00  0.00          O
ATOM 122  O    X 1    3.192 6.424 3.712  0.00  0.00          O
ATOM 123  O    X 1    3.192 9.637 6.924  0.00  0.00          O
ATOM 124  O    X 1    3.207 6.440  10.092  0.00  0.00          O
ATOM 125  O    X 1    3.194 9.703  13.225  0.00  0.00          O
ATOM 126  O    X 1    3.192 6.424 1.252  0.00  0.00          O
ATOM 127  O    X 1    3.192 9.637 4.464  0.00  0.00          O
ATOM 128  O    X 1    3.193 6.479 7.638  0.00  0.00          O
ATOM 129  O    X 1    3.192 9.711  10.804  0.00  0.00          O
ATOM 130  O    X 1    3.190 6.565  13.744  0.00  0.00          O
ATOM 131  Ir    X 1    6.384 9.637 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM 132  Ir    X 1    6.384 6.424 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM 133  Ir    X 1    6.363 9.691 8.875  0.00  0.00       IR
ATOM 134  Ir    X 1    6.379 6.520  12.079  0.00  0.00       IR
ATOM 135  Ir    X 1    7.980 6.424 2.482  0.00  0.00       IR
ATOM 136  Ir    X 1    7.980 9.637 5.695  0.00  0.00       IR
ATOM 137  Ir    X 1    7.944 6.455 8.850  0.00  0.00       IR
ATOM 138  Ir    X 1    7.966 9.701  12.033  0.00  0.00       IR
ATOM 139  O    X 1    7.980  10.867 2.482  0.00  0.00          O
ATOM 140  O    X 1    7.980 7.654 5.695  0.00  0.00          O
ATOM 141  O    X 1    7.974  10.916 8.853  0.00  0.00          O
ATOM 142  O    X 1    7.971 7.742  11.912  0.00  0.00          O
ATOM 143  O    X 1    7.980 8.407 2.482  0.00  0.00          O
ATOM 144  O    X 1    7.980  11.619 5.695  0.00  0.00          O
ATOM 145  O    X 1    7.934 8.456 8.924  0.00  0.00          O
ATOM 146  O    X 1    7.983  11.659  12.127  0.00  0.00          O
ATOM 147  O    X 1    6.384 9.637 0.500  0.00  0.00          O
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ATOM 258  H    X 1    3.131 8.593  25.352  0.00  0.00          H
ATOM 259  O    X 1    6.988  10.715  22.857  0.00  0.00          O
ATOM 260  H    X 1    7.937  10.822  23.139  0.00  0.00          H
ATOM 261  H    X 1    6.827 9.871  22.457  0.00  0.00          H
ATOM 262  O    X 1    7.056 7.110  24.969  0.00  0.00          O
ATOM 263  H    X 1    6.988 6.808  24.032  0.00  0.00          H
ATOM 264  H    X 1    7.978 7.525  25.080  0.00  0.00          H
ATOM 265  O    X 1    9.176  10.005  18.363  0.00  0.00          O
ATOM 266  H    X 1    8.545 9.537  17.753  0.00  0.00          H
ATOM 267  H    X 1    0.192  10.461  17.737  0.00  0.00          H
ATOM 268  O    X 1    2.572 4.648  23.549  0.00  0.00          O
ATOM 269  H    X 1    2.842 5.285  22.867  0.00  0.00          H
ATOM 270  H    X 1    2.872 5.191  24.323  0.00  0.00          H
ATOM 271  O    X 1    0.244 8.387  24.437  0.00  0.00          O
ATOM 272  H    X 1    1.201 8.078  24.543  0.00  0.00          H
ATOM 273  H    X 1    0.287 9.385  24.313  0.00  0.00          H
ATOM 274  O    X 1    0.325  10.872  23.758  0.00  0.00          O
ATOM 275  H    X 1    0.448  11.582  24.414  0.00  0.00          H
ATOM 276  H    X 1    0.846  11.112  22.944  0.00  0.00          H
ATOM 277  O    X 1    3.086  12.258  25.722  0.00  0.00          O
ATOM 278  H    X 1    3.197  11.295  26.061  0.00  0.00          H
ATOM 279  H    X 1    2.188  12.465  25.907  0.00  0.00          H
ATOM 280  O    X 1    1.170 2.789  17.381  0.00  0.00          O
ATOM 281  H    X 1    1.977 2.254  17.053  0.00  0.00          H
ATOM 282  H    X 1    0.398 2.204  17.410  0.00  0.00          H
ATOM 283  O    X 1    8.525  11.369  27.909  0.00  0.00          O
ATOM 284  H    X 1    8.630  10.432  28.066  0.00  0.00          H
ATOM 285  H    X 1    7.616  11.501  27.447  0.00  0.00          H
ATOM 286  O    X 1    1.742 5.165  17.967  0.00  0.00          O
ATOM 287  H    X 1    1.314 4.274  17.722  0.00  0.00          H
ATOM 288  H    X 1    2.730 5.108  17.946  0.00  0.00          H
ATOM 289  O    X 1    9.308 6.883  31.775  0.00  0.00          O
ATOM 290  H    X 1    0.169 7.563  31.252  0.00  0.00          H
ATOM 291  H    X 1    9.446 6.065  31.335  0.00  0.00          H
ATOM 292  O    X 1    0.297 9.043  30.408  0.00  0.00          O
ATOM 293  H    X 1    1.245 9.347  30.260  0.00  0.00          H
ATOM 294  H    X 1    9.403 9.893  30.554  0.00  0.00          H
ATOM 295  O    X 1    9.454 6.989  21.790  0.00  0.00          O
ATOM 296  H    X 1    0.302 6.076  21.718  0.00  0.00          H
ATOM 297  H    X 1    0.068 7.272  22.753  0.00  0.00          H
ATOM 298  O    X 1    2.965 9.178  30.331  0.00  0.00          O
ATOM 299  H    X 1    3.641 9.807  30.499  0.00  0.00          H
ATOM 300  H    X 1    3.198 8.387  30.792  0.00  0.00          H
ATOM 301  O    X 1    3.186  12.536  22.725  0.00  0.00          O
ATOM 302  H    X 1    3.198  12.405  23.686  0.00  0.00          H
ATOM 303  H    X 1    3.926  12.100  22.290  0.00  0.00          H
ATOM 304  O    X 1    0.113 0.175  16.572  0.00  0.00          O
ATOM 305  H    X 1    0.119 0.524  15.662  0.00  0.00          H
ATOM 306  H    X 1    8.747  12.796  16.732  0.00  0.00          H
ATOM 307  O    X 1    6.088  11.718  27.035  0.00  0.00          O
ATOM 308  H    X 1    5.916  10.981  26.398  0.00  0.00          H
ATOM 309  H    X 1    6.056  12.574  26.516  0.00  0.00          H
ATOM 310  O    X 1    8.043 0.977  31.365  0.00  0.00          O
ATOM 311  H    X 1    8.851 0.719  30.857  0.00  0.00          H
ATOM 312  H    X 1    8.228 1.681  32.050  0.00  0.00          H
ATOM 313  O    X 1    6.166 1.140  23.655  0.00  0.00          O
ATOM 314  H    X 1    5.303 1.334  23.242  0.00  0.00          H
ATOM 315  H    X 1    6.431 0.272  23.320  0.00  0.00          H
ATOM 316  O    X 1    4.163 1.832  27.044  0.00  0.00          O
ATOM 317  H    X 1    3.888 0.898  26.923  0.00  0.00          H
ATOM 318  H    X 1    3.413 2.411  27.235  0.00  0.00          H
ATOM 319  O    X 1    8.710 0.342  19.925  0.00  0.00          O
ATOM 320  H    X 1    8.241  12.761  19.183  0.00  0.00          H
ATOM 321  H    X 1    9.404  12.572  20.202  0.00  0.00          H
ATOM 322  O    X 1    1.993 3.648  27.570  0.00  0.00          O
ATOM 323  H    X 1    2.401 3.932  28.467  0.00  0.00          H
ATOM 324  H    X 1    1.019 3.438  27.715  0.00  0.00          H
ATOM 325  O    X 1    4.784  11.235  20.582  0.00  0.00          O
ATOM 326  H    X 1    5.701  11.009  20.854  0.00  0.00          H
ATOM 327  H    X 1    4.457  10.300  20.325  0.00  0.00          H
ATOM 328  O    X 1    8.113 2.983  19.722  0.00  0.00          O
ATOM 329  H    X 1    8.365 2.047  19.694  0.00  0.00          H
ATOM 330  H    X 1    8.882 3.563  19.798  0.00  0.00          H
ATOM 331  O    X 1    1.213 8.782  20.224  0.00  0.00          O
ATOM 332  H    X 1    0.549 8.853  19.461  0.00  0.00          H
ATOM 333  H    X 1    0.678 8.360  20.941  0.00  0.00          H
ATOM 334  O    X 1    7.543 3.688  22.514  0.00  0.00          O
ATOM 335  H    X 1    7.947 3.337  21.693  0.00  0.00          H
ATOM 336  H    X 1    7.180 2.870  22.950  0.00  0.00          H
ATOM 337  O    X 1    3.400 6.745  31.270  0.00  0.00          O
ATOM 338  H    X 1    4.386 6.733  31.244  0.00  0.00          H
ATOM 339  H    X 1    3.155 6.688  32.224  0.00  0.00          H
ATOM 340  O    X 1    3.399 1.658  16.705  0.00  0.00          O
ATOM 341  H    X 1    3.827 1.221  17.573  0.00  0.00          H
ATOM 342  H    X 1    4.208 1.499  16.136  0.00  0.00          H
ATOM 343  O    X 1    3.137 3.910  30.104  0.00  0.00          O
ATOM 344  H    X 1    3.546 4.675  30.556  0.00  0.00          H
ATOM 345  H    X 1    3.635 3.043  30.352  0.00  0.00          H
ATOM 346  O    X 1    8.747 8.645  27.293  0.00  0.00          O
ATOM 347  H    X 1    9.108 8.648  26.387  0.00  0.00          H
ATOM 348  H    X 1    9.287 7.955  27.606  0.00  0.00          H
ATOM 349  O    X 1    1.057 9.581  15.785  0.00  0.00          O
ATOM 350  H    X 1    0.557 9.556  14.937  0.00  0.00          H
ATOM 351  H    X 1    0.972 8.677  16.224  0.00  0.00          H
ATOM 352  O    X 1    4.328 4.490  17.841  0.00  0.00          O
ATOM 353  H    X 1    4.231 3.833  17.100  0.00  0.00          H
ATOM 354  H    X 1    4.728 3.943  18.573  0.00  0.00          H
END

作者
Author: Diotima 时间: 2026-3-12 16:31

Corrosion 发表于 2026-3-12 15:36
谢谢卢老师的回复。

我把.xyz文件在VMD中另存为.pdb格式的轨迹文件，发现还是识别不到水分子。请问您 ...

原始文件没有的信息，转换一下也不会有吧？

作者
Author: Corrosion 时间: 2026-3-12 17:16

Diotima 发表于 2026-3-12 16:31
原始文件没有的信息，转换一下也不会有吧？

我AIMD得到的结果文件里面是没有的。现在不知道该如何解决了。

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2026-3-12 21:30
把你的脚本发出来看一下啊，可能脚本有问题。

作者
Author: Corrosion 时间: 2026-3-12 22:33

嘤嘤嘤发表于 2026-3-12 21:30
把你的脚本发出来看一下啊，可能脚本有问题。

脚本已更新在最初的帖子中 .tcl，拿别的结构试过，脚本应该没问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-13 23:15
自己写脚本或者用awk，给pdb里添加残基名
如果嫌麻烦，直接在VMD里用serial按照原子序号范围选择水就完了，参考下文
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: Corrosion 时间: 2026-3-13 23:42

sobereva 发表于 2026-3-13 23:15
自己写脚本或者用awk，给pdb里添加残基名
如果嫌麻烦，直接在VMD里用serial按照原子序号范围选择水就完了 ...

好的，谢谢卢老师的解答。

作者
Author: Corrosion 时间: 2026-3-14 16:26

sobereva 发表于 2026-3-13 23:15
自己写脚本或者用awk，给pdb里添加残基名
如果嫌麻烦，直接在VMD里用serial按照原子序号范围选择水就完了 ...

卢老师，您好，目前又遇到个问题：在统计水密度分布、氢键密度分布或者其他密度时，Z方设置bins的尺寸时，多少埃合适。

作者
Author: Corrosion 时间: 2026-3-15 00:20

Corrosion 发表于 2026-3-14 16:26
卢老师，您好，目前又遇到个问题：在统计水密度分布、氢键密度分布或者其他密度时，Z方设置bins的尺寸时 ...

已解决：每0.5埃区间内的平均粒子数

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