计算化学公社

标题: 请教Gromacs中退火的正确流程 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-12 11:36
标题: 请教Gromacs中退火的正确流程
我的体系是蛋白-配体。想利用退火对体系进行构象搜索，方便后续的量子化学计算。
我之前学习的分子动力学操作是在完成能量最小化后，进行NVT 与 NPT 平衡（包括配体位置限制、创建索引组、100 psNVT 平衡、100 psNPT 平衡四步）
然后生成 md.tpr，再运行模拟
我想请教各位老师在进行退火操作时，还不不需要进行NVT 与 NPT 平衡（包括配体位置限制、创建索引组、100 psNVT 平衡、100 psNPT 平衡四步）
退火操作的正确流程时怎么样的呢？
附上我的退火模拟文件，请各位老师看看有没有什么问题 (, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-12 11:45
NVT 一般没必要，见

谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

普通MD一般是平衡相 - 产生相；平衡相同常分限制性动力学 - 用拿走限制跑一段。

抱歉手机看不了附件，但退火恰当设置很看体系和目的。

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-12 16:11

student0618 发表于 2026-3-12 11:45
NVT 一般没必要，见

谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综

谢谢老师您指路。我现在对NVT与NPT的关系有一定了解了。但是我还是对NPT与退火操作的关系比较晕。
我的目的是通过周期退火（0k-500k-0k）找到几个构象，用于后续的高精度计算。
退火mdp参数设定问题，体系为蛋白质在水中，想请教NVT，NPT和MD的温度和位置限制问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
我看这个帖子，是把退火操作放入NPT里，而我是单独做完NPT后进行模拟时放入退火。
我想请教老师哪个做法才是对的呢？

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-13 15:28
先了解清楚每一步骤的原因，以及跑MD的正确用词。

MD 是分子模拟，一个方法。
NVT 和 NPT 是系综，不是一个步骤，而是跑MD时用的“设定”
普通MD分的是平衡相和产生相

“退火操作放入NPT”是指平衡相？产生相？还是在退火时使用NPT系综？先了解清楚。

引用的帖子中Sob老师已经说了，一般蛋白没有必要退火，高温跑一般蛋白会denature的。
但楼主的目的如果不同，e.g. 采样短肽构象的话，就当退火前的平衡相是让溶剂平衡一下，退火来采样时用NPT系综是为了盒子可以relax

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-14 10:57

student0618 发表于 2026-3-13 15:28
先了解清楚每一步骤的原因，以及跑MD的正确用词。

MD 是分子模拟，一个方法。

谢谢您的解答。我是在文献中看到这个操作想学习一下。文章里面的操作为：系统从0K升到310K，然后在310K平衡1ns。平衡结束就开始模拟退火循环，从310K升到1200K，然后1200K保持12ps，再用40ps从1200K降低到0K。我想请教的问题是：当第一次循环在0K结束时，开始第二次循环时，还需不需要在310K平衡1ns呢？还是直接从0K升到1200K呢？

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-14 15:08

王涛发表于 2026-3-14 10:57
谢谢您的解答。我是在文献中看到这个操作想学习一下。文章里面的操作为：系统从0K升到310K，然后在310K平 ...

这要看体系，也应该了解每步的目的。

为什么一开始他用310K? 温度循环是为了什么？

不要盲信网上某人的给答案，作科研要了解自己为什么这样做。论文不能写“因为论坛上有人这么说”的。

高温采样是为了Overcome barrier，降温是找最低点。

还有小心温度是否必要这么高，会否令体系不稳定。

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 2026-3-15 00:19
有时候文献说的不一定对，很多也是以讹传讹。不必把文献当权威。退火没问题，但1200K这个看起来不合常理，令人怀疑，在实际中蛋白质很难有这种应用场景。
读文献需要考虑是什么档次，NCS顶刊的话可以进一步讨论这么做的原因（一般文章会写），普通一区甚至二三区期刊可能写的本身就不对。如果你的工作用这么高温发文章，有风险被审稿人质疑。如果就是练习操作随意试试，那没关系

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-16 21:30

student0618 发表于 2026-3-14 15:08
这要看体系，也应该了解每步的目的。

为什么一开始他用310K? 温度循环是为了什么？

谢谢老师您。在退火时水和离子保持恒温还是随着退火温度变化呢？恒温的话温度多少较为合适呢？我看论文里没有提到这一点

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-16 21:32

SharkYYX2025 发表于 2026-3-15 00:19
有时候文献说的不一定对，很多也是以讹传讹。不必把文献当权威。退火没问题，但1200K这个看起来不合常理， ...

好的好的，我就是在尝试摸索流程。我想请问在退火时水和离子保持恒温还是随着退火温度变化呢？恒温的话温度多少较为合适呢？我看论文里没有提到这一点

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-16 22:14

王涛发表于 2026-3-16 21:32
好的好的，我就是在尝试摸索流程。我想请问在退火时水和离子保持恒温还是随着退火温度变化呢？恒温的话温 ...

要理解一下MD的常识哦。

是要一样，不一样的话会出问题的。

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-17 10:40

student0618 发表于 2026-3-16 22:14
要理解一下MD的常识哦。

是要一样，不一样的话会出问题的。

谢谢老师您，我最近有在学习md

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