计算化学公社

标题: 请教Gromacs中退火的正确流程 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 6 hour ago
标题: 请教Gromacs中退火的正确流程
我的体系是蛋白-配体。想利用退火对体系进行构象搜索，方便后续的量子化学计算。
我之前学习的分子动力学操作是在完成能量最小化后，进行NVT 与 NPT 平衡（包括配体位置限制、创建索引组、100 psNVT 平衡、100 psNPT 平衡四步）
然后生成 md.tpr，再运行模拟
我想请教各位老师在进行退火操作时，还不不需要进行NVT 与 NPT 平衡（包括配体位置限制、创建索引组、100 psNVT 平衡、100 psNPT 平衡四步）
退火操作的正确流程时怎么样的呢？
附上我的退火模拟文件，请各位老师看看有没有什么问题 (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: student0618 时间: 6 hour ago
NVT 一般没必要，见

谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

普通MD一般是平衡相 - 产生相；平衡相同常分限制性动力学 - 用拿走限制跑一段。

抱歉手机看不了附件，但退火恰当设置很看体系和目的。

作者
Author: 王涛 时间: 1 hour ago

student0618 发表于 2026-3-12 11:45
NVT 一般没必要，见

谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综

谢谢老师您指路。我现在对NVT与NPT的关系有一定了解了。但是我还是对NPT与退火操作的关系比较晕。
我的目的是通过周期退火（0k-500k-0k）找到几个构象，用于后续的高精度计算。
退火mdp参数设定问题，体系为蛋白质在水中，想请教NVT，NPT和MD的温度和位置限制问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
我看这个帖子，是把退火操作放入NPT里，而我是单独做完NPT后进行模拟时放入退火。
我想请教老师哪个做法才是对的呢？

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