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标题: 使用Haddock进行核酸蛋白对接时无法进行三分子对接该怎么解决？ [打印本页]
作者Author: qiyachen 时间: 2026-3-12 17:40
标题: 使用Haddock进行核酸蛋白对接时无法进行三分子对接该怎么解决？
本帖最后由 qiyachen 于 2026-3-12 17:38 编辑
大家好，我是一名在读研究生，目前正在尝试使用Haddock对连接酶和双链DNA分子进行对接，以模拟连接酶连接DNA末端。但是因为初次接触分子对接，还在摸索阶段，很多相关操作还不是很了解,,所以想请教一下大家。
这个对接需要用到连接酶和两个双链DNA分子，但是当我在“Input data”界面上传完这三个PDB文件，并在“input parameter“界面填写好对接活性位点后，点击NEXT却无法进入”docking parameter“界面，而是再次返回了已经填写好的“input parameter“界面，也未见系统报错，导致这个对接项目一直无法提交（各界面如图所示）。而我在进行一蛋白一核酸两分子对接时完全可以进入docking parameter并提交对接项目。
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所以想请教一下大家：
- 以上这种情况是什么原因导致的？又该怎么解决呢？
- 有无Haddock对接蛋白和核酸的教程推荐？如果您会相关操作可以教一下我吗？
- 或者有其它对接蛋白和核酸的工具推荐吗？
感谢解答！
附：
在我的操作中input data界面如图：
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input parameter界面如图：蛋白质和DNA分子我都只在Molecule 1处填写了Active residues部分，其它保持默认
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作者Author: student0618 时间: 2026-3-12 17:47
Alphafold 3
作者Author: qiyachen 时间: 2026-3-15 15:01
谢谢你！但是我用Alphafold，分别输入DNA序列还有蛋白质序列提交以后，对接得到的结果很奇怪。两分子对接里面，蛋白和DNA离得很远，三分子对接里面，虽然蛋白和DNA对接在一起了，但是两条DNA链是重叠在一起的。请问你知道这种情况怎么解决吗？
作者Author: student0618 时间: 2026-3-15 21:12
https://alphafoldserver.com/welcome
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作者Author: qiyachen 时间: 2026-3-18 09:38
好的，非常感谢！我再尝试一下
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