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标题: GROMACS模拟离子液体从盐湖模拟液萃取金属离子遇到的问题 [打印本页]

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Author: downpuor 时间: yesterday 21:06
标题: GROMACS模拟离子液体从盐湖模拟液萃取金属离子遇到的问题
大家好，有个问题想请教各位。实验中能够从有机相中实现金属离子的萃取，因此我想观察离子液体混合TBP从金属离子模拟水溶液中，金属离子Li+水合配位数被破坏的现象，但最终生产相模拟40ns后，统计配位数时发现仍然为4，以及水相和离子液体相也不呈现完全分离，延长模拟为60ns，80ns后结果变化不大。建模是用PACKMOL在6*6*9nm盒子建立了10个Li+,50个离子液体（其中阴阳离子建模分开）和100个TBP 和5000个水分子的体相，用sobtop生成的拓扑文件GAFF力场，拟合RESP电荷，金属离子延用的是Mrez团队拟合的参数，先进行em，然后进行10ns npt平衡相模拟，md.mdp如下：
define =integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 40000000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 5000
nstvout = 5000
nstfout = 5000
nstlog  = 5000
nstenergy = 5000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.5
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds
1.我想看看是不是我的盒子建立以及模拟参数设置存在问题，比如有机溶剂个数太少了，需要放大实验的倍数或是我的模拟时间和参数值需要调整。2.还是说是因为Li+对水的亲和性过强，实际萃取过程中可能是因为和有机相形成了配位键，但这一键无法通过gromacs提供的力场描述。

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