计算化学公社

标题: 利用msi2lmp转换成lammps可识别的data文件时力场参数缺失怎么解决 [打印本页]

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2026-3-14 11:36
标题: 利用msi2lmp转换成lammps可识别的data文件时力场参数缺失怎么解决
我所构建的是沥青分子-集料双层界面模型，前期是用ms进行的建模，用的力场是compassIII，现在我想用lammps做拉伸模拟，模拟沥青从集料表面拉开，但是在用msi2lmp转换时遇到了问题。虽然lammps中有compass_published.frc，但是我看有人说“publish版本里缺的东西太多了，又不太好在文献中找到力场参数的具体信息”，总之就是不建议用compass力场做lammps模拟，我不知道应该怎么办了，是重新在ms用cvff立场建模再导出，还是说我能继续基于这个compass力场下的模型做导出，但是后续需要进行一些处理？处理的话是怎么处理呢

作者
Author: lyj714 时间: 2026-3-15 07:52
PCFF搞不定吗

作者
Author: 咚Tong咚咚 时间: 2026-3-18 14:08
compass是他们MS内部做的力场，参数不公开，还是用其他力场吧

作者
Author: 一个世界 时间: 2026-3-18 21:14
有个路线可以尝试，MS/packmol建模，VMD转化data文件，lammps计算。可以解决力场确实问题。

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2026-3-19 09:34

lyj714 发表于 2026-3-15 07:52
PCFF搞不定吗

之前一直用ms做的模拟，一般我是常用compass的，多数文献也是用这个力场的多，这次我这个模型在参考一些文献后发现还是用lammps好，所以才开始尝试用lammps,然后用的过程中发现了这个问题。pcff我在MS中不常用，所以一开始在建模时我没用这个力场建。现在看来我肯定是要换力场了，但是没想好是用cvff力场在ms里重新建模，还是先不在ms里换力场，先导出来data文件，力场信息我后面自己添加，就是不用ms的力场信息

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2026-3-19 09:36

咚Tong咚咚发表于 2026-3-18 14:08
compass是他们MS内部做的力场，参数不公开，还是用其他力场吧

好的谢谢解答，我是准备换力场了，但是没想好我是先就这样ms建模的data文件导出来，再后面更改力场参数，还是在ms里换一个pcff或者cvff力场建模导出来用

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2026-3-19 09:46

一个世界发表于 2026-3-18 21:14
有个路线可以尝试，MS/packmol建模，VMD转化data文件，lammps计算。可以解决力场确实问题。

谢谢解答。是因为用VMD转化出的data文件是可以保留坐标信息，没有力场信息的原因吗，那后面需要我重新赋予 LAMMPS 可用力场来跑这个模拟是吗

作者
Author: 一个世界 时间: 2026-3-19 15:48

璃陌51129 发表于 2026-3-19 09:46
谢谢解答。是因为用VMD转化出的data文件是可以保留坐标信息，没有力场信息的原因吗，那后面需要我重新赋 ...

是的，力场参数你要重新设置。可以参考lammps的官方文档。

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2026-3-20 10:30

一个世界发表于 2026-3-19 15:48
是的，力场参数你要重新设置。可以参考lammps的官方文档。

老师我想问一下，我这次是重新设置在ms中设置了cvff力场做导出的，用-i强制导出。但是导出后发现有很多参数缺失，这一般是怎么办呀

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2026-3-20 10:30

咚Tong咚咚发表于 2026-3-18 14:08
compass是他们MS内部做的力场，参数不公开，还是用其他力场吧

老师我重新换了cvff做导出，但是里面有参数缺失，下面应该怎么处理呀

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Author: 咚Tong咚咚 时间: 2026-3-20 18:24

璃陌51129 发表于 2026-3-20 10:30
老师我重新换了cvff做导出，但是里面有参数缺失，下面应该怎么处理呀

我不是老师，也是一个学生，之前我也是遇到了这样的问题，不太好处理。所以后续换成gromacs去做模拟，而且gromacs计算效率各方面会比lammps快很多

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