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标题: gmx hbond计算氢键出现边缘网格内存分配缺陷错误：415/905段错误 (核心已转储) [打印本页]

作者
Author: 小柳树 时间: 2026-3-16 17:30
标题: gmx hbond计算氢键出现边缘网格内存分配缺陷错误：415/905段错误 (核心已转储)
在CHARMM力场下进行gromacs常规分子动力学模拟100n后想计算蛋白组和配体组氢键数量随时间的变化，命令如下
1. 迹预处理
>echo "0" | gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -pbc whole -o traj_pbc.xtc
#将整个系统（System，组 0）的分子拼接为完整整体，消除 PBC 导致的原子不连续
>echo -e "1\n1\n0" | gmx trjconv -f traj_pbc.xtc -s md.tpr -center -fit rot+trans -o traj_processed.xtc
#以蛋白（组 1）为参考组居中并拟合平动 + 转动，聚焦分子内部构象变化
2. 计算氢键
>echo -e "1\n13" | gmx hbond -f traj_processed.xtc -s md.tpr -num hbond_total.xvg -g hbond_log.log -hbn hbond_pairs.index -dt 500
   #计算蛋白和配体所有氢键，log可以看出有哪些氢键
但运行 gmx hbond命令后出现了这样子错误：Merging hbonds with Acceptor and Donor swapped
415/905段错误 (核心已转储)整体内容如下Select a group: 1Selected 1: 'Protein'Select a group: 13Selected 13: 'UPG'Checking for overlap in atoms between Protein and UPGCalculating hydrogen bonds between Protein (9950 atoms) and UPG (58 atoms)Found 905 donors and 1805 acceptorsMaking hbmap structure...done.Reading frame    0 time 0.000Will do grid-search on 23x23x23 grid, rcut=0.34999999Frame loop parallelized with OpenMP using 1 threads.Last frame    1000 time 100000.000Found 53 different hydrogen bonds in trajectoryFound 116 different atom-pairs within hydrogen bonding distanceMerging hbonds with Acceptor and Donor swapped415/905段错误 (核心已转储)
想求助各位老师为什么会出现这个问题，如何解决这个问题

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-18 06:19
去掉-dt设置，以及尝试用-b和-e选中其中一小段轨迹进行分析再试看看情况

作者
Author: 小柳树 时间: 2026-3-18 15:39

sobereva 发表于 2026-3-18 06:19
去掉-dt设置，以及尝试用-b和-e选中其中一小段轨迹进行分析再试看看情况

您好，老师，我刚才尝试了一下，命令如下
gmx hbond -f traj_processed.xtc -s md.tpr -num hbond_total.xvg -g hbond_log.log -hbn hbond_pairs.index -b 20000 -e 50000
但还是提示：Merging hbonds with Acceptor and Donor swapped
415/905段错误 (核心已转储)
这样子的错误

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-19 07:48

小柳树发表于 2026-3-18 15:39
您好，老师，我刚才尝试了一下，命令如下
gmx hbond -f traj_processed.xtc -s md.tpr -num hbond_total ...

如果确保轨迹没问题，VMD里都能正常查看，换个gromacs大版本再试

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