计算化学公社

标题: 购机配置求推荐（主要用来算FEP等） [打印本页]

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Author: 邓仰福 时间: 2026-3-17 07:58
标题: 购机配置求推荐（主要用来算FEP等）
请教下各位老师，这个配置清单（单节点）是否合理呢，主要用来跑MD、FEP之类的任务。另外显卡5090D或者A100是不是一定比4090好呀，也可以考虑的

作者
Author: 牧生 时间: 2026-3-17 08:03
用于gmx的话，4090现在贵的离谱，反而性能更好一点的50090DV2的价格还算不错。

作者
Author: 邓仰福 时间: 2026-3-17 08:06

牧生发表于 2026-3-17 08:03
用于gmx的话，4090现在贵的离谱，反而性能更好一点的50090DV2的价格还算不错。

您好，我用的是NAMD，考虑GPU这个角度的话应该差不多哈

作者
Author: Huschein 时间: 2026-3-17 08:10
a100就算了还不如买个5090

作者
Author: 邓仰福 时间: 2026-3-17 08:15

Huschein 发表于 2026-3-17 08:10
a100就算了还不如买个5090

好嘞，谢谢您的建议

作者
Author: tonganlhy 时间: 2026-3-17 09:37
NAMD主要也用fp32，5090Dv2就很充分了

作者
Author: 科学计算 时间: 2026-3-17 09:38
4090 的PCIE版本低，比5090 低一倍，你上9004了建议用5090

作者
Author: zdb 时间: 2026-3-17 14:20
1.首先目前的大头内存你的需求量是多大，768G够不够，如果够了后续不用扩容建议换成32*24，把所有的内存通道开起来；钱都花了，性能不能跑起来，不是白花；
2.你的数据存储量有多大，可以适当的降低点，硬盘也是很贵的，把省下来的钱可以把处理器升级下比如9375F 等
3.看你的主板并不是超微单板直售的主板，是整机平台出售的，其他的配件搭配也并非标准准系统平台，建议可以考虑其他整套的平台，组装的换技嘉主板的应该还有的省；
4.主板原生只有两个PCIE 3.0的M.2 可以看连接https://www.supermicro.org.cn/en/products/motherboard/h13dsg-om；M.2配了三个应该要走pcie转接，990pro 一般来说一个就够你的数据缓存了，也可以考虑U.2的盘，两个除非你加支持raid的转接卡，不然用处不大，
5.数据存储盘这么大的容量用不到的话可以减掉的，一般课题组单台机器一块盘就够了，硬盘也不便宜

作者
Author: snljty2 时间: 2026-3-17 14:21
不要用EPYC带这类显卡，何况现在内存这么贵。看http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html http://bbs.keinsci.com/thread-35988-1-1.html

作者
Author: tonganlhy 时间: 2026-3-17 18:10

snljty2 发表于 2026-3-17 14:21
不要用EPYC带这类显卡，何况现在内存这么贵。看http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html http://bbs. ...

他这是9004还是带得动的。那两个帖子里是7002差老鼻子了。

作者
Author: zdb 时间: 2026-3-17 18:46
本帖最后由 zdb 于 2026-3-17 18:54 编辑

我去下午的没有发出来。
1.这个配置其实说白了还是组装，而且代价还是比较大的那种，看看这个型号超微主板：https://www.supermicro.org.cn/zh ... therboard/H13DSG-OM，这种板子基本不会单独销售的，一般是拆的；
2.内存现在内存是个天价，单根越大越贵，那么你的计算的算例体系需求的内存大小多少，超过768了吗？不会超过建议用32*24的，这样你的内存通道是全的，能提升计算效率，当然如果有扩容打算就另说；
3.nvme存储：从链接可以看到板子原生支持的M.2是pcie3.0的，用pcie4.0的盘速度会有下降，而且主板本生至于两个原生的M.2接口，那么你只能用pcie扩展卡在接接M.2
4.机械盘：这个存储量是不是刚需，硬盘也不便宜呀！可以省的话用来提升cpu吧，比如9375F之类的

5.既然是组装的用这个还不如选择用技嘉的来一套，能节省不少的
6.还有点主板原生芯片不支持raid，需要有阵列卡才可以的
7.这使用的是四张涡轮卡，处理器上的液冷，不伦不类了，这种要求噪音要么风扇卡（也是在60-70多分贝），最好是全液冷；不要求噪音一套机架式

作者
Author: Stardust0831 时间: 2026-3-17 21:21

tonganlhy 发表于 2026-3-17 09:37
NAMD主要也用fp32，5090Dv2就很充分了

5090Dv2锁多卡吧？

作者
Author: tonganlhy 时间: 2026-3-18 10:16

Stardust0831 发表于 2026-3-17 21:21
5090Dv2锁多卡吧？

没有nvlink的话都是通过cpu连的，不存在锁的问题。5090D刚出来的时候也在说锁多卡，其实是软件没跟上。不过NAMD要多卡需要nvlink，这点就要看lz需求了，是多任务还是大任务。

作者
Author: bjmqaq 时间: 2026-3-20 17:36
有用到CST的GPU计算，预算范围内尽可能选择双精度计算卡（如：A100,H100等）；CST GPU计算主要依赖于双精度 6000ada L40这种单精度计算卡，效率对比专业的双精度计算卡，效率会大幅降低

作者
Author: 邓仰福 时间: 2026-3-22 09:29

tonganlhy 发表于 2026-3-18 10:16
没有nvlink的话都是通过cpu连的，不存在锁的问题。5090D刚出来的时候也在说锁多卡，其实是软件没跟上。不 ...

谢谢您，主要还是用多个GPU分别跑各自的任务

作者
Author: 邓仰福 时间: 2026-3-22 09:33

bjmqaq 发表于 2026-3-20 17:36
有用到CST的GPU计算，预算范围内尽可能选择双精度计算卡（如：A100,H100等）；CST GPU计算主要依赖于双精度 ...

好嘞谢谢，主要用来跑MD和FEP这种任务，主要依赖单精度（FP32）计算，应该是不需要双精度的哈

作者
Author: tonganlhy 时间: 2026-3-23 09:41

邓仰福发表于 2026-3-22 09:29
谢谢您，主要还是用多个GPU分别跑各自的任务

在不超预算的前提下，尽量选择带F结尾的5代epyc，比如9375F之类的，主频可以上4，能更好地发挥显卡的性能

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