1）关于你说的“在文献中，有数据支持，针对临床上多突变位点的蛋白酶，表明新合成药效果比老药好。我该如何确定哪些突变是主要突变位点，哪些是次要的呢？”
你的意思是已经有文献证明突变后的蛋白酶，新合成药效果比老药好？那文献中应该有说具体突变了哪些残基。
2）如果你是想自己突变自己的蛋白去研究和药物结合强弱而不知道具体突变哪些的话，做完MD可以进行相互作用分析。根据相互作用强弱判断哪些残基有突变的潜力。如下图： (, 下载次数 Times of downloads: 0)
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可以明显看到THR287,LYS321,GLU102,PHE101与药物作用的氢键寿命很强，这些残基可以考虑突变。
注1：我不知道你的新药和老药的结构差多少，如果差的比较多，有可能新药结合的位点和老药不完全重合。你应该仔细对比二者在MD模拟中与蛋白相互作用残基的差异，再具体考虑。
注2：你做MD时最好使用RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB)中的结构，这样说服力比较强。如果采用对接结构，你作为新手有可能选择错误的对接构象，做MD后再分析也可能出问题（e.g. 分析出错误的关键作用残基）。
注3：具体如何分析MD轨迹中的蛋白配体相互作用，你可以根据你用的软件在本论坛中查找具体教程。
注4：上面老师提到的MM-PBSA方法是很好的，用 gmx_MMPBSA(Home - gmx_MMPBSA Documentation)可以做他提到的内容。