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标题: 请教gromacs退火温度设置报错 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-17 11:53
标题: 请教gromacs退火温度设置报错
给位老师好。我在用GROMACS学习蛋白-配体体系的退火操作，我在完成能量最小化的操作后，进行的操作为
1.创建索引组，合并蛋白和配体为一个温度耦合组
gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx
2.短时间的NPT 平衡（100 ps）
3.生成 md.tpr
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr
在这一步一直报错，我尝试了很多改动仍没有解决，去官网查看手册也没有解决，想请教老师们有什么解决办法
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我也附上我NPT 平衡的.mdp文件和退火的md.mdp文件，麻烦各位老师了

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-17 17:23
温度两组就两个annealing，例如periodic periodic
gmx 手册mdp options页面有示例和说明的。

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