计算化学公社

标题: 求助Gaussian大体系结构优化的方法选择，一直无法完成 [打印本页]

作者
Author: l540485449 时间: 2026-3-18 13:54
标题: 求助Gaussian大体系结构优化的方法选择，一直无法完成
在做gaussian结构优化时，

一直无法完成，一直再出现各种erro问题

刚开始问GPT，也是没能给一个合理的方法

请各位老师帮我看看，能不能解决这个问题

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作者
Author: l540485449 时间: 2026-3-18 13:57
这是OUT文件

请各位老师帮我看看！！

作者
Author: pal 时间: 2026-3-18 14:22
看图里的信息应该是初始结构不合理，原子间的距离太近了

作者
Author: Stardust0831 时间: 2026-3-18 14:37
本帖最后由 Stardust0831 于 2026-3-18 14:43 编辑

除非遇到了结构或者SCF的不收敛且其他常用方法无效，否则不应把calcfc和scf=xqc这种参数作为默认参数使用，会导致耗时暴涨，详见量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法和解决SCF不收敛问题的方法。
比较优雅的写法，删了你很多关键词的原因见Sob剃刀原理：

%nprocshared=【填CPU物理核数】
%mem=120GB
%chk=P0080-PFSI.chk
#p opt freq b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj

复制代码

这种比较大的体系也可以用半经验DFT先对结构做预优化，花很小的计算代价使结构接近一个合理的极小值点，减少DFT迭代步数与计算耗时。
这个是我用xTB的GFN2-xTB花了几十秒就优化得到的结构和对应的新的输入文件。
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作者
Author: 阮文升-河内国大 时间: 2026-3-18 14:40
这报错不是都写了吗，atom too close
仔细看：
Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=89463
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2026-3-18 14:42
本帖最后由 zjxitcc 于 2026-3-18 14:47 编辑

opt(maxcyc=500)是乱来。不要管报错信息Atoms too close，输出文件最后的报错信息对这个问题没用。
（1）基组、error不要乱拼写。
（2）用半经验量子化学方法GFN2-xTB或PM7先优化一遍，把优化好的结构拿来做DFT结构优化。
（3）基组不合理，要么把阳离子加回去，保证整个体系电中性；要么给阴离子使用弥散函数。
（4）B3LYP优化这种有机体系复合物没加色散校正，完全是浪费机时。

请仔细、反复阅读这几篇博文
谈谈量子化学中基组的选择http://sobereva.com/336
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210

作者
Author: Stardust0831 时间: 2026-3-18 15:47

zjxitcc 发表于 2026-3-18 14:42
opt(maxcyc=500)是乱来。不要管报错信息Atoms too close，输出文件最后的报错信息对这个问题没用。
（1） ...

谢谢邹神的详细答复，我对楼主的这个体系也有些困惑想请教。
1.sob老师在浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组中提到“几何优化和振动分析对基组敏感度低”，在谈谈弥散函数和“月份”基组中也提到优化阴离子体系或弱相互作用体系的结构、对其进行振动分析时加弥散对改进结果有益，计算条件允许可以加弥散。当前体系已经较大，加弥散后可能使计算量进一步加大（我没记错的话6-31+g*算苯环都能算出来弯的，如果继续pople系列的话或许还得加些zeta数和极化才好加弥散函数），此时出于计算条件有限的原因不加弥散函数是否是可以被接受的？
2.如果计算条件允许对部分原子加弥散函数、比如def-SVP的基础上给部分重元素用ma-的方法加弥散。是对这个阴离子里的每一个非H元素都加、还是对经验上负电荷可能比较集中的元素（比如氧元素）都加弥散？
3.def2系列基组通常被认为不像pople系列基组这样对外加的弥散函数极其依赖，王子宽老师在de2-TZVPD基组计算弱相互作用是否需要考虑BSSE中也提到“def2-TZVP已经比较弥散了，对于def2-TZVP水平的计算，一般负离子不一定要加弥散，尤其像羧酸根这种负电荷不是太集中的基团，不加弥散应该没有问题”，那假设楼主是计算相互作用能相关的计算目的，用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP//B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP且全程带gCP这种级别是否是可行的？
4.sob老师在驳网上流传的对CP2K缺点的不实描述中提到“CP2K相较于纯平面波程序的一个优点是还可以以非周期性（像量子化学程序一样）做计算”，sob老师在他的cp2k培训班里也提及CP2K和传统的量子化学程序的计算耗时是有交叉的，对于大且正方形的体系、cp2k可能能获得比量子化学程序更快的计算效率，对于小体系可能因为cp2k要描述真空层（尽管需要的真空层已经远小于vasp这种了）而计算耗时稍高。这个耗时的交叉点或许比设想中低许多，比如对某些体系可能300多原子甚至200多原子的体系就已经是cp2k明显要快了，且cp2k的MOLOPT效率基组本身就挺弥散的、也没啥BSSE问题，（甚至有了正当理由不做振动分析），那这种情况下靠CP2K的PBE-D3(BJ)/TZVP-MOLOPT-GTH//PBE-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH这种级别来算是否是一个合适的选择呀。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-18 18:38

l540485449 发表于 2026-3-18 13:57
这是OUT文件

请各位老师帮我看看！！

三条违规：

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

问计算化学问题的时候不要随便提及任何AI，认真看
计算新手不要用AI
http://bbs.keinsci.com/thread-52382-1-1.html
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）
"问了AI"已被纳入本论坛禁词
http://bbs.keinsci.com/thread-55679-1-1.html

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gaussian大体系结构优化的几组方法选择” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

以后这种过于初级的问题应发到简单量子化学问题答疑专帖里问

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-18 18:53

Stardust0831 发表于 2026-3-18 15:47
谢谢邹神的详细答复，我对楼主的这个体系也有些困惑想请教。
1.sob老师在浅谈为什么优化和振动分析不需 ...

6-31G/6-311G系列的弥散程度偏低，对于带明显负电荷的原子的能量、属性计算都应当加弥散，但对于opt freq目的必要性相对较低（但弱相互作用体系想要准确优化时可以加）。
对于一般情况，弥散函数始终都是只需要给位于感兴趣的区域的带明显负电荷的原子加。但（超）极化率、里德堡激发等问题通常应当所有原子都加弥散。
def2-TZVP比6-311G系列更为弥散，但很需要弥散函数的时候照样得加弥散函数。只不过对于6-311G系列加弥散函数稍有改进的情况，比如算一般情况的反应势垒，对于def2-TZVP没必要。
对于计算相互作用能、弱相互作用体系做opt freq目的，免费的gCP通常可以较好代替def2-SVP/TZVP加弥散的效果。但gCP无法在电子结构层面做改进，需要靠弥散函数改进对分布较弥散电子描述的情况还是得加弥散。
对于分子体系计算，CP2K在几何优化方面算法效率低（基于笛卡尔坐标而非内坐标），不支持解析Hessian，而且对柔性大体系在常规设置下比Gaussian更容易有虚频而需要折腾。因此不能光看单点计算耗时，本身单点耗时也比opt freq低得多。另外，两三百原子用Gaussian/ORCA算杂化泛函单点也完全能算得动。

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