计算化学公社

标题: 高斯优化激发态的时候出现的错误，谢谢指点。 [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-7 08:36
标题: 高斯优化激发态的时候出现的错误，谢谢指点。
我原来优化激发态都用的b3lyp，也是出错，换成m062x，出现下面的错误：不知道怎么解决，谢谢指点。
输入为
%chk=test.chk
%mem=2000MB
%nprocs=4
#p M062X/6-31g* opt td=(singlets,nstates=60,root=1,direct)
test
0 1
N                1.78614274 0.48187667 -1.47442972
C                1.16400356 -0.81301935 -1.87302868
C                2.08343363 -1.83777873 -1.78539244
C                -0.13433924 -1.03511127 -2.31246559
C                1.84239398 -3.08839510 -2.33398720
C                -0.40890641 -2.27847645 -2.91035452
H                -0.89261548 -0.28503606 -2.20611592
C                0.58937974 -3.29042884 -2.95520840
H                2.57423259 -3.86688062 -2.29159665
H                -1.37250395 -2.46040559 -3.33557321
H                0.38729480 -4.21186967 -3.45889446
C                2.95243005 0.00856179 -0.68947752
C                3.27847239 -1.29889958 -1.00295813
C                3.72217287 0.75229968 0.18725862
C                4.50784220 -1.89569854 -0.60750723
C                4.94157666 0.20726609 0.58584046
H                3.42117990 1.71639199 0.53723952
C                5.33100853 -1.09324241 0.25228231
H                4.78079793 -2.88615968 -0.92510507
H                5.61577179 0.78954743 1.17567891
N                6.59428256 -1.41851997 0.94437265
C                6.90394176 -2.84952368 1.13648173
C                6.01091057 -3.89056487 1.32958150
C                8.26597534 -3.04841514 1.15185640
C                6.53570953 -5.11475673 1.78607264
H                4.96233946 -3.76209082 1.15652920
C                8.82879700 -4.24782836 1.57152934
C                7.93989405 -5.28423231 1.93654540
H                5.87213582 -5.91837310 2.02656548
H                9.88954843 -4.37987647 1.62252899
H                8.32399299 -6.20255949 2.32658142
C                7.87660344 -0.89808984 0.36607969
C                8.90790981 -1.76023022 0.65526605
C                8.11020292 0.29833008 -0.32371590
C                10.24740156 -1.40290539 0.49284123
C                9.45661940 0.71365619 -0.47325477
H                7.30528172 0.89121120 -0.70670722
C                10.52028878 -0.12021952 -0.03366081
H                11.03986954 -2.06918645 0.76328701
H                9.67659233 1.66578214 -0.91400775
H                11.53233413 0.22546537 -0.10381043
N                -2.48946313 2.37495902 0.43643550
C                -3.42992716 3.51540049 0.05892124
C                -4.72186985 3.06859178 0.01241471
C                -3.14980388 4.86719465 -0.22289403
C                -5.82879202 3.91455096 -0.12202689
C                -4.24729295 5.76780217 -0.33903345
H                -2.14580942 5.21791769 -0.33602173
C                -5.58257353 5.29422315 -0.26099709
H                -6.82931367 3.52999619 -0.12494348
H                -4.06853641 6.81595190 -0.48217525
H                -6.40310937 5.98474760 -0.30862988
C                -3.34377935 1.18832105 0.22121457
C                -4.64940205 1.56503453 0.12023234
C                -2.95753787 -0.15032037 0.14535424
C                -5.65908176 0.66644008 0.11872024
C                -3.99602981 -1.13868498 0.17334468
H                -1.91772074 -0.41271069 0.08648442
C                -5.37110185 -0.68564123 0.13938836
H                -6.67577360 0.98462523 0.08722750
H                -3.73693646 -2.17793986 0.21769572
N                -6.65335116 -1.41040661 0.08430689
C                -7.26415668 -1.83763138 1.38509368
C                -7.21512019 -1.20528205 2.63235487
C                -7.99095169 -2.99239280 1.20586916
C                -8.11719373 -1.65249586 3.62907579
H                -6.53331077 -0.40321323 2.82644709
C                -8.87377853 -3.47852375 2.17041202
C                -8.96784030 -2.76477977 3.38539277
H                -8.16714588 -1.14370548 4.57068816
H                -9.46405488 -4.35419465 1.99655576
H                -9.67980667 -3.06444848 4.12842304
C                -6.70373793 -2.65356468 -0.70414916
C                -7.61921555 -3.52751375 -0.16974986
C                -6.00583290 -2.93939433 -1.86552063
C                -8.05121177 -4.65210602 -0.86310825
C                -6.43397069 -4.04926399 -2.61756672
H                -5.18615715 -2.32973216 -2.18582678
C                -7.47619918 -4.88705531 -2.13316971
H                -8.79294241 -5.30813820 -0.45755998
H                -5.97877742 -4.25545537 -3.56312970
H                -7.82374202 -5.70095203 -2.73300202
C                0.80214909 1.50282574 -0.95952682
N                1.49420740 2.49986227 -0.01527583
C                -1.20926687 2.40512580 -0.31164335
C                0.78867370 3.74948517 -0.33500366
N                -0.52521754 3.64738388 0.16887667
N                -0.36807092 1.15823016 -0.15662525
C                1.54313667 5.00029313 0.11582554
C                0.85189194 6.10488944 0.58166544
C                2.94391470 5.04005352 -0.03874499
C                1.52762756 7.31031683 0.80726100
H                -0.20427440 6.04939725 0.73699063
C                3.62420816 6.24985142 0.18065083
H                3.47827704 4.17714104 -0.36080029
C                2.91658034 7.38264766 0.60446551
H                0.98772869 8.17543910 1.12364123
H                4.68298948 6.30395678 0.00995933
H                3.43165067 8.30342666 0.76118382
H                0.43715116 1.91186887 -1.90865491
C                -1.09300919 0.00108483 -0.66996410
N                -1.70402029 -0.88507429 -1.02062265
H                -1.41426691 2.49361798 -1.34649480
C                -1.29931067 4.76139290 -0.41436804
N                -1.90192028 5.62863475 -0.86842055
H                0.68672309 3.86211259 -1.35362374
C                2.96801311 2.55652026 -0.19863667
N                4.12901406 2.54173742 -0.30964790

错误为：
Iteration    7 Dimension 960 NMult 960
Cannot handle 2e integral symmetry, ISym2E=1.
CISAX:  IP=  4 NPass= 7 NMax= 18.
CISAX will form 18 AO SS matrices at one time.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 12 NSing= 12.
Cannot handle 2e integral symmetry, ISym2E=1.
CISAX:  IP=  4 NPass= 7 NMax= 18.
CISAX will form 18 AO SS matrices at one time.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 18 NSing= 18.
NMat= 12 NSing= 12.
NIJ > Max2 in MMCore.
Error termination via Lnk1e in /home/software/g09/l914.exe at Tue Jan  6 12:14:26 2015.
Job cpu time:  5 days 23 hours 55 minutes 13.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  17097 Int=    0 D2E=    0 Chk= 1092 Scr=    1

作者
Author: chrinide 时间: 2015-1-7 09:46
本帖最后由 chrinide 于 2015-1-7 09:59 编辑

这么大的分子，基态的几何优化花了多长时间? (没做基态几何优化？)
还有我怎么都感觉 2000M的内存太小了啊

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-7 10:30

chrinide 发表于 2015-1-7 09:46
这么大的分子，基态的几何优化花了多长时间? (没做基态几何优化？)
还有我怎么都感觉 2000M的内存太小了 ...

几天优化做了，基态到是还行，一次就出结果，而且频率也没有虚频，Job cpu time: 4 days 22 hours 10 minutes 50.1 seconds.。大约5天吧。
就是这个激发态，我弄这个激发态的优化，2个月了，一直出错，一直调，一直不行，怪愁人的。哎，之前发过好多帖子问的。http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=369&extra=
谢谢您的回复。

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-1-7 10:37

小范范1989 发表于 2015-1-7 10:30
几天优化做了，基态到是还行，一次就出结果，而且频率也没有虚频，Job cpu time: 4 days 22 hours 10 mi ...

还是结构的问题，调整下键

作者
Author: chrinide 时间: 2015-1-7 11:11
这个分子柔性比较大最好做下构象搜索以便找到最可能的全局最优几何结构

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-7 11:47

chrinide 发表于 2015-1-7 11:11
这个分子柔性比较大最好做下构象搜索以便找到最可能的全局最优几何结构

嗯，谢谢您。:lol

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-7 11:47

blueyangliu 发表于 2015-1-7 10:37
还是结构的问题，调整下键

嗯，我在调整一下试试，我记得我调整过一次，也是没出来，感觉好麻烦....
谢谢你

作者
Author: chrinide 时间: 2015-1-7 14:20
本帖最后由 chrinide 于 2015-1-7 19:51 编辑

看了下你的初始结构（确定是优化好的基态结构？？？？)
图1三个标注的地方特别不合理，图3是全结构
最低的能量构型可能是像图2所示的多碳环堆叠结构

做了个简单的单点计算图2堆叠结构的能量要比图3 低大约1.5Hartree （PBE0 def2-svp TURBOMOLE M3 grid with RIJK)
非常怀疑你结构优化是否收敛到合理的阈值

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-7 17:07

chrinide 发表于 2015-1-7 14:20
看了下你的初始结构（确定是优化好的基态结构？？？？)
图1三个标注的地方特别不合理，图3是全结构
最低 ...

太感谢了，你能注意一下我的构型。我贴出来的这个不是优化好的构型，我在贴一个初始的和优化后的构型。
我又很迷惑的地方：
1：我初始的构型，通过高斯view画出来，然后，放到集群里面，没计算，再拿出来，然后有的构型就变了，比如说苯环是双键，而且，计算后，出来的文件，苯环了，还有键的长度和角度有的不一样了。不知道为啥，
2：附带的文件是我的初始和优化后的。
3：很高兴，我看到你用的是turbomole？我们用的是高斯，我学习了一个清华的momap程序，他需要tur算一个modes，coord。这些是通过tur算的是吧，高斯不能算是吧？不知道tur要钱不？运行麻烦不？
4：我计算基态还算快速，但是激发态，我都折腾了2个月了。一直出错。
5：很感谢你能注意我的问题，能这么仔细的指点，希望您再次不惜赐教。
very very thanks

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-7 17:22

chrinide 发表于 2015-1-7 14:20
看了下你的初始结构（确定是优化好的基态结构？？？？)
图1三个标注的地方特别不合理，图3是全结构
最低 ...

您好，再麻烦问您一个事，您的correct这个，是不是您通过tur计算的？tur计算这么快？我用高斯计算，有的时候需要排队都一个星期。
我打算用这几个分子，看看能不能发篇文章，就是看吸电子基团的影响，不知道可以不？谢谢您的指点。thanks

作者
Author: bomsaude 时间: 2015-1-7 18:21

小范范1989 发表于 2015-1-7 17:22
您好，再麻烦问您一个事，您的correct这个，是不是您通过tur计算的？tur计算这么快？我用高斯计算，有 ...

原先你贴在小木虫上的4个文件中的第一个，我帮你算了一下也没算出来，双核计算了4天以后log文件不知怎么搞的不更新了，又算了一天，我就把它cut掉了，CPU总共用了10天多的时间，判断了10多次是否收敛，4个收敛标准都在下降，但下降速度比较慢，有的非常接近收敛标准。由于接触高斯时间不长，没有经验，让我把进程给cut掉了，后来想了想可能有chk文件也能得到结果。

你这个结构我用gaussview打开后，苯环上的C的两侧好多都显示双键，是不是结构不合理？

作者
Author: chrinide 时间: 2015-1-7 18:51
本帖最后由 chrinide 于 2015-1-7 19:07 编辑

小范范1989 发表于 2015-1-7 17:22
您好，再麻烦问您一个事，您的correct这个，是不是您通过tur计算的？tur计算这么快？我用高斯计算，有 ...

那个correct只是分子动力学模拟出的一个可能的构象然后拿来算了个单点肯定不是真实的基态结构

看了下你的GAUSSIAN计算结果似乎都得到了收敛的结构但是为啥你的输入文件不是Gaussian最后优化得到结构啊？

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-7 19:35

chrinide 发表于 2015-1-7 18:51
那个correct只是分子动力学模拟出的一个可能的构象然后拿来算了个单点肯定不是真实的基态结构

看了 ...

因为使用了优化出来s0的结构去优化s1的结构，老是出错，所以我调节了一下结构，
但是调节了后，可能放到高斯里面后，就变形了。和我说的第一个情况是的，不知道为啥。
谢谢你的回复。thanks

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-7 19:36

bomsaude 发表于 2015-1-7 18:21
原先你贴在小木虫上的4个文件中的第一个，我帮你算了一下也没算出来，双核计算了4天以后log文件不知怎么 ...

谢谢您的上心，很感激您能计算试试，这就是我说的第一条原因，我在高斯view画的是偶，都是苯环什么的。单键双键很明确，但是放到高斯里面后，或者是计算后，就变了。不晓得为啥。
thank you very much

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