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标题: 寻找铜催化醋酸根拔掉底物质子的过渡态Maximum displacement不收敛 [打印本页]

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吃定彩虹    时间: 2026-3-18 16:44
标题: 寻找铜催化醋酸根拔掉底物质子的过渡态Maximum displacement不收敛
各位老师好,我在寻找铜催化醋酸根拔掉底物质子的过渡态时遇到Maximum displacement和RMS displacement不收敛的情况,参照http://sobereva.com/164中的方法进行了多次尝试未果(我的体系总共82个原子,带一个Cu,使用64核calcall算不动)
我使用的是:Gaussian 16版本,b3lyp/6-31g* 对Cu使用SDD基组,优化和过渡态未考虑溶剂。

先反应前的底物结构进行优化(优化收敛的四个标准均达到)再进行opt=modredundant限制性优化(优化收敛的四个标准均达到),得到一个合适的虚频再放开找过渡态一直不成功。奇怪的是Cu用lanl2dz基组一下就找到了(收敛的四个标准均达到)这是整个反应唯一没找到的过渡态,反应路径很长,这个时候换基组又显得不合适。
在我的体系中,底物有一个六元环,环上的一个C原子上连接了两个基团,基团可处于直立键或平伏键(相差0.2kcal/mol),大基团处于平伏键的过渡态就是上面说找不到过渡态的情况,而大基团处于直立键的过渡态找到了(已用IRC验证),但是Maximum displacement=0.006785。我现在想比较大基团分别处于直立键和平伏键的反应路径,但是过渡态一直找不到,反应结构的能量是我找到的最低能量构象,请各位老师帮忙看看结构是否错误?大基团在六元环上处于直立键或平伏键是否要考虑两条反应路径?
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BinWang    时间: 2026-3-20 09:11
看看自旋多重度有没有问题。如果没错的话,羧基的另一端不要靠在铜原子上,成功的概率应该会高一些
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吃定彩虹    时间: 2026-3-20 10:41
BinWang 发表于 2026-3-20 09:11
看看自旋多重度有没有问题。如果没错的话,羧基的另一端不要靠在铜原子上,成功的概率应该会高一些

体系中的Cu是二价,整体是中性,反应过程铜的价态不变,自旋多重度是2应该没问题。您说的:羧基的另一端不要靠在铜原子上,是指羧基的另一端不需要与Cu进行配位吗?
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妙角不脆    时间: 2026-3-21 20:57
我这在ORCA里面用B97-3c也把这个过渡态找到了,才花了16步。换个计算级别没什么了不起的,只要你能把结果做出来。
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吃定彩虹    时间: 2026-3-22 22:21
妙角不脆 发表于 2026-3-21 20:57
我这在ORCA里面用B97-3c也把这个过渡态找到了,才花了16步。换个计算级别没什么了不起的,只要你能把结果做 ...

我好好斟酌一下,非常感谢




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