计算化学公社

标题: 请教用gromacs结果进行xtb计算时需要带溶剂吗 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-18 16:44
标题: 请教用gromacs结果进行xtb计算时需要带溶剂吗
本帖最后由王涛于 2026-3-19 10:06 编辑

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 16255&fromuid=84268

(出处: 计算化学公社)

我在学习社长这个构型搜索步骤
我的体系为短肽-配体，目的是计算体系的结合能
社长的第一步是用xtb在GFN0-xTB下做动力学模拟取帧
我改成了用gromacs动力学模拟后取帧，我现在做完gromacs动力学模拟打算生成traj.xyz文件用于下一步的用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化
我想请教我在取帧的时候，是只取蛋白+配体、不取溶剂吗？还是溶剂也得取呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-19 07:59
先把前提交代清楚，你算的是什么体系、要对哪个部分做构型或者构象搜索

仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-19 10:05
本帖最后由王涛于 2026-3-19 10:06 编辑

sobereva 发表于 2026-3-19 07:59
先把前提交代清楚，你算的是什么体系、要对哪个部分做构型或者构象搜索

仔细看

好的老师，我进行了修改

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-19 16:29
短肽-配体这种结合能光拿出一个搜索出的结构进行计算很可能考虑不充分，一般建议用MMPBSA或FEP等方法计算，除非短肽和配体都很刚性、结合方式非常固定（可以通过MD轨迹考察）

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-19 21:13

sobereva 发表于 2026-3-19 16:29
短肽-配体这种结合能光拿出一个搜索出的结构进行计算很可能考虑不充分，一般建议用MMPBSA或FEP等方法计算， ...

社长您好，我的体系为六肽-氨气。您的意思是我参照您帖子进行构象搜索，以搜索到的能量最低的结果拿去计算结合能，计算出来的结果也不准确吗？如果我想学习MMPBSA和FEP方法是否有培训班的主题契合呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-20 00:03

王涛发表于 2026-3-19 21:13
社长您好，我的体系为六肽-氨气。您的意思是我参照您帖子进行构象搜索，以搜索到的能量最低的结果拿去计 ...

取决于动力学过程中结合的状态和分子构象，是在不断变化，还是有很刚性的二聚体结构、始终是一种结合方式。后者情况才能用一个结构算结合自由能

MMPBSA、FEP是未来北京科音分子动力学高级班的内容，必须先具有北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的基础

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