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标题: cp2k计算COF吸附小分子的步骤流程请教 [打印本页]

作者
Author: xcgotk 时间: 2026-3-18 21:43
标题: cp2k计算COF吸附小分子的步骤流程请教
本帖最后由 xcgotk 于 2026-3-19 09:15 编辑

本人cp2k新手，现在想要做一个COF吸附小分子的相关计算，以下列出步骤想请教一下大家是否合理，另外还有几个问题
步骤
1、先将最小晶胞优化（原子坐标和晶胞都优化，使用k点3，3，1，晶胞尺寸26，26，4）
2、扩胞平移，得到包含至少一个孔道的结构，目前是2*2*1的超胞，添加15埃真空层后再次优化，原子坐标+晶胞，使用G点，OT。350原子，尺寸52，52，20
3、优化小分子，加真空层，使用Gamma点,OT（目前正在跑）
4、将优化完的小分子放到cof上，（保持第2步的晶胞，使用Gamma点,OT）
5、对2、3、4的结构提高基组，4加bsse校正，使用G点，对角化，要求产生moden文件，记录HOMO和LUMO信息，要求产生用于绘制ESP的cub文件

除了M$是否有其他好用的建模软件呢
第一步优化完晶胞发生形变，我们习惯于90，90，xx度的晶胞，能否实现锁住αβ角，是否会有影响
第二步使用社长同款7R32一步15s左右是否正常
第三步分子尺寸10埃左右，晶胞设置为20，20，20是否合理呢

作者
Author: UW_0728. 时间: 2026-3-18 23:29
VESTA是很好且免费的晶体建模可视化软件，可以执行扩胞等操作
GaussView也可以用来晶体建模，功能多一点，比如切晶面

方法、参数都没问题的前提下，优化出来是啥就是啥，不建议加刻意限制（除非有明确且说服力强的理由）

尺寸单位都是埃吗？如果是，这么大的胞跑得慢也正常；k点怎么取的，尺寸很大的方向有多k点、很小的却只有1？

作者
Author: 喝酸奶的巧乐兹 时间: 2026-3-18 23:40
c方向的尺寸太小，k点要取大点
这样建模是一层cof吧，这样是算cof的孔道吸附还是层间吸附呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-19 08:04
GaussView建模（包括周期性体系）好用极了，下文说了
使用CP2K过程中常用的可视化工具
http://sobereva.com/739（http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html）

如果非要固定角度，用&MOTION / &CELL_OPT / KEEP_ANGLES

不宜用“G点”这个词，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

第一性原理计算的k=(0,0,0)点要写成“Gamma点”或者“Γ点”，不可图省事写成会引起人奇怪联想的“G点”！

作者
Author: xcgotk 时间: 2026-3-19 09:16

UW_0728. 发表于 2026-3-18 23:29
VESTA是很好且免费的晶体建模可视化软件，可以执行扩胞等操作
GaussView也可以用来晶体建模，功能多一点， ...

好的，感谢您的回复，k点是的，大尺寸取得多，原胞的z方向只有4埃左右，取了1

作者
Author: xcgotk 时间: 2026-3-19 09:17

喝酸奶的巧乐兹发表于 2026-3-18 23:40
c方向的尺寸太小，k点要取大点
这样建模是一层cof吧，这样是算cof的孔道吸附还是层间吸附呢？

好的，我再学习一下k点取法，
是的，一层COF，我们常规习惯使用一层COF做单分子吸附，关于孔道的作用用gromacs

作者
Author: xcgotk 时间: 2026-3-19 09:18

sobereva 发表于 2026-3-19 08:04
GaussView建模（包括周期性体系）好用极了，下文说了
使用CP2K过程中常用的可视化工具
http://sobereva.c ...

感谢社长，问题已修改，以后一定注意

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