计算化学公社

标题: 蛋白质和小分子复合物在高浓度氯化钠模拟中力场选择问题 [打印本页]

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作者
Author: vlin    时间: 2026-3-19 12:59
标题: 蛋白质和小分子复合物在高浓度氯化钠模拟中力场选择问题
我使用的是GROMACS模拟蛋白质和小分子复合物，跑生理盐浓度一般用Amber14SB和GAFF力场，现在我想看高浓度氯化钠（5M）对蛋白质和小分子复合物的影响，查阅资料发现高盐下推荐用KBFF，想请教下各位对于我这个蛋白质+小分子+高盐体系，Amber14SB、GAFF和KBFF力场能否同时用，如果不能的话有推荐的合适力场组合？

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作者
Author: sobereva    时间: 2026-3-19 16:48
很适合同时使用

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作者
Author: vlin    时间: 2026-3-19 19:17

sobereva 发表于 2026-3-19 16:48
很适合同时使用

好的sob老师，KBFF力场原文参数为图1，目前我的修改思路如下：
1、将Amber力场下ffnonbonded.itp中的Na、Cl的sigma和epsilon值进行相应修改（图2）
2、ffnonbonded.itp中添加nonbond_params字段并添加ε_Na-O = 0.342 确保“A scaling factor of 0.75 was applied to the  ́ij between sodium and water oxygen”（图3）
3、但是Amber中comb-rule为2（sigma是算数平均），而KBFF里面sigma和epsilon都是几何平均，请教sob老师我该怎么协调组合规则的不同？

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