计算化学公社

标题: 求助gromacs分子动力学模拟中Sb3+离子的相关参数 [打印本页]

作者
Author: kttk 时间: 2026-3-20 15:48
标题: 求助gromacs分子动力学模拟中Sb3+离子的相关参数
本人目前在做有机物在铁上的吸附模拟，因为目前实验中将有机物和一种无机增效剂混合使用，该增效剂在我的水相环境中以Sb3+的离子形式存在，想结合模拟说明该离子加量对有机物吸附行为的影响，但是找不到OPLS/GAFF力场中可用的Sb3+参数，请问各位老师是否有看过相关文献或参数能够分享。（一位师兄向我分享过UFF力场中的Sb3+的参数，但我之前的模拟都用的OPLS/GAFF力场所以先向各位老师求助）

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-20 19:44
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: kttk 时间: 2026-3-20 19:48

sobereva 发表于 2026-3-20 19:44
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。 ...

好的卢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-20 19:58
注意Sb3+在水中的形态，依赖于pH。比如中性环境下Sb(OH)3为主，可以用sobtop创建拓扑文件，OH用GAFF的参数，Sb3+用UFF参数。这样得到的拓扑文件完全兼容主流水模型以及GAFF描述的其它分子

作者
Author: kttk 时间: 2026-3-20 21:44

sobereva 发表于 2026-3-20 19:58
注意Sb3+在水中的形态，依赖于pH。比如中性环境下Sb(OH)3为主，可以用sobtop创建拓扑文件，OH用GAFF的参数 ...

谢谢卢老师，那我的溶液环境属于强酸性溶液是否直接使用Sb3+的UFF的参数即可。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-21 06:18

kttk 发表于 2026-3-20 21:44
谢谢卢老师，那我的溶液环境属于强酸性溶液是否直接使用Sb3+的UFF的参数即可。

强酸下的形式是Sb(OH)₂⁺

作者
Author: kttk 时间: 2026-3-21 10:40

sobereva 发表于 2026-3-21 06:18
强酸下的形式是Sb(OH)₂⁺

明白卢老师，谢谢您

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