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标题: ORCA做一个大体系水球的opt计算时RMS报错 [打印本页]

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Author: chy914681393 时间: 2026-3-21 10:34
标题: ORCA做一个大体系水球的opt计算时RMS报错
我目前正在用ORCA6.0做一个大体系水球的opt计算，初始结构是GROMACS计算后提取出来的，原子数量较多（500多个原子），inp文件已提供，在运行过程中出现如下报错：

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Author: 妙角不脆 时间: 2026-3-21 12:27
本帖最后由妙角不脆于 2026-3-21 12:29 编辑

你这体系我16核用GFN-xTB2跑一步优化都要100秒左右，你给上def2-TZVP这么大的基组还是B3LYP杂化泛函得算到猴年马月。而且溶剂模型你还上的SMD模型，让本身就不容易的几何优化雪上加霜。你不如说算出来这个要干嘛，这样可能还能找到合理的方法。

作者
Author: chy914681393 时间: 2026-3-21 16:40

妙角不脆发表于 2026-3-21 12:27
你这体系我16核用GFN-xTB2跑一步优化都要100秒左右，你给上def2-TZVP这么大的基组还是B3LYP杂化泛函得算到 ...

好的老师，其实我这个要算的挺简单，我是想计算单一水分子和单一DMSO分子在水盒子里面的氢键情况，想证明DMSO的-CH3可以有效疏散周边的水分子，进而打破原有刚性氢键网络，我之前的做法是：先用GROMACS跑，随后取出想要的分子+一层水壳放到ORCA中进行opt计算，然后进行IGMH计算，但是在计算过程中发现即便加了SMD模型，原有壳结构还是收缩的很厉害，当时想了很多办法，觉得做这种大一点的水球然后再加SMD更加合理一点。老师您看我的计算思路是否存在问题？劳请赐教！

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Author: 妙角不脆 时间: 2026-3-21 19:39

chy914681393 发表于 2026-3-21 16:40
好的老师，其实我这个要算的挺简单，我是想计算单一水分子和单一DMSO分子在水盒子里面的氢键情况，想证明 ...

听起来你只要把对应比例的DMSO和水分子建模拿去跑动力学模拟然后统计氢键数就挺好

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Author: sobereva 时间: 2026-3-21 21:58

chy914681393 发表于 2026-3-21 16:40
好的老师，其实我这个要算的挺简单，我是想计算单一水分子和单一DMSO分子在水盒子里面的氢键情况，想证明 ...

本来MD过程中由于热运动，分子的排列就不可能是最紧实的（而且温度越高越松散，宏观上也一定程度体现在液体随着温度增加而膨胀），抠出成为簇优化后自然会一定程度收缩。另外，本身你用的力场和量子化学方法描述的势能面也有差异，即便你拿力场优化的极小点结构再用量子化学优化，结构也会有不可忽视的改变，包括可能收缩。要从原理上理解，不要把本来正常的情况当成有问题来看待。

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Author: chy914681393 时间: 2026-3-22 13:45

妙角不脆发表于 2026-3-21 19:39
听起来你只要把对应比例的DMSO和水分子建模拿去跑动力学模拟然后统计氢键数就挺好

谢谢老师，我做了氢键统计，但我发现DMSO含量变化与氢键数量呈现非线性变化，所以才想尝试去做一下这个工作。

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Author: chy914681393 时间: 2026-3-22 14:08

sobereva 发表于 2026-3-21 21:58
本来MD过程中由于热运动，分子的排列就不可能是最紧实的（而且温度越高越松散，宏观上也一定程度体现在液 ...

好的，谢谢卢老师，我在做之前能预测到结构肯定会收缩，只是没想到会收缩的这么明显

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