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标题: π （pi）面氢键 [打印本页]

作者
Author: wweng 时间: 2017-5-16 08:42
标题: π （pi）面氢键

请问老师，π （pi）面氢键应该怎样来验证？可以通过做哪些分析得到？
还有，C24能与其周围的-COOH 和 -NH2基团形成 π 面氢键氢键吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-5-16 13:53
参考《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》http://sobereva.com/252

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-16 15:33
最简单的就是用RDG方法考察，
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

2L链接里其它方法很多也可以用

作者
Author: wweng 时间: 2017-5-16 18:36

sobereva 发表于 2017-5-16 15:33
最简单的就是用RDG方法考察，
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

老师，这是C24 分子放入由氨基酸构成的笼状结构中，已经做了图形化分析，两者之间大部分是绿色小部分为棕色，怎么判断是否为π 面氢键呢？
还有就是放入C24以后，构成笼子骨架的 –C=O…HOOC–和–HN…HOOC– 氢键变短了，这会是两者间形成了π 面氢键引起的吗？还是其他什么原因？审稿人提出了这个问题，现在百思不得其解，望老师指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-17 01:52

wweng 发表于 2017-5-16 18:36
老师，这是C24 分子放入由氨基酸构成的笼状结构中，已经做了图形化分析，两者之间大部分是绿色小部分为棕 ...

没具体图像说不清楚
是不是pi氢键，只要原子位置上符合pi氢键，而且pi平面和氢原子之间有大面积绿色或淡蓝色RDG等值面，就可以说明形成了pi氢键

作者
Author: wweng 时间: 2017-5-17 08:40
本帖最后由 wweng 于 2017-5-19 21:42 编辑

sobereva 发表于 2017-5-17 01:52
没具体图像说不清楚
是不是pi氢键，只要原子位置上符合pi氢键，而且pi平面和氢原子之间有大面积绿色或淡 ...

老师，这是图像，H原子与C24中C与原子的距离约为3.5Å，这样的可以说明H与C24 形成了pi氢键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-17 11:25

wweng 发表于 2017-5-17 08:40
老师，这是图像，H原子与C24中C与原子的距离约为3.5Å，这样的可以说明H与C24 形成了pi氢键吗？

只要氢冲着碳环的方向有一片等值面就算

作者
Author: wweng 时间: 2017-5-17 12:06

sobereva 发表于 2017-5-17 11:25
只要氢冲着碳环的方向有一片等值面就算

老师，那就是说不用管H原子与C24之间的距离，只要两者间有一片等值面就算，是怎样吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-17 21:49

wweng 发表于 2017-5-17 12:06
老师，那就是说不用管H原子与C24之间的距离，只要两者间有一片等值面就算，是怎样吗？

是

作者
Author: wweng 时间: 2017-5-19 08:32
本帖最后由 wweng 于 2017-5-19 08:51 编辑

sobereva 发表于 2017-5-17 21:49
是

老师，您说“只要原子位置上符合pi氢键” ，典型的pi 面氢键，通常的H原子指向pi 体系的中心，那我的这种结构虽然有RDG面，但位置好像不太合适，可以符合形成pi 键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-19 16:01

wweng 发表于 2017-5-19 08:32
老师，您说“只要原子位置上符合pi氢键” ，典型的pi 面氢键，通常的H原子指向pi 体系的中心，那我的这 ...

光从两张图我看不清楚位置。反正至少在垂直于X-H键的方向上得能穿过RDG等值面，否则肯定说不通存在pi氢键

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