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标题: 请教GROMACS取帧结果用VMD看不了 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-21 20:37
标题: 请教GROMACS取帧结果用VMD看不了
我使用GROMACS对体系体系进行了退火操作
md.mdp文件的一些关键词为

nsteps    = 6000000       ;
dt       = 0.001          ;
Output
nstxout          = 0
nstvout          = 0
nstenergy          = 5000
nstlog             = 5000
nstxout-compressed  = 5000
compressed-x-grps = System
; Annealing (periodic)
annealing          = periodic periodic
annealing_npoints = 4 4                ; 两个组，每组 4 个时间点
annealing_time    = 0 8 20 60 0 8 20 60 ; 对应每个组的时间点(ps)
annealing_temp    = 310 1200 1200 0 310 1200 1200 0 ; 对应每个组的温度(K)

对MD的结果进行了取帧，在每60ps温度为0K时取帧，取出来的帧放在traj.xyz里

但是用VMD打开traj.xyz发现只能看到第一帧的结构，后面的都是没有
请问这个应该如何解决呢？
附上我的取帧脚本extract.sh与traj.xyz，麻烦老师指点一下如何改

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-21 22:10
何故把简单问题搞那么复杂，直接trjconv结合-dt 60得到新轨迹就完了，一条命令的事

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