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标题: 请教slab模拟热分解的AIMD是否需要用偶极校正呢？ [打印本页]

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Author: 白菜 时间: 2026-3-23 09:19
标题: 请教slab模拟热分解的AIMD是否需要用偶极校正呢？
本帖最后由白菜于 2026-3-23 09:23 编辑

老们好~~想请教老师们关于slab体系的AIMD的一些问题：
我在做一个铵盐离子晶体A的AIMD，想得到它的热分解机理（文献报道的后期涉及自由基）。下面是目前的计算考量：
1. 建立了某个晶面的slab模型，以及这个slab上吸附分子B的模型，如图。想对比二者热分解机理。
2. 用的是PERIODIC结合三维周期性，加了z轴的偶极校正。
3. 对纯A体系做高温（2000K）的NVT；对A+B分子体系做4ps的常温NVT找吸附构型，用过最后一帧跑高温NVT。

遇到的问题是：
现在对“对纯A体系做高温（2000K）的NVT”在1.9ps时报错“Dipole correction needs more vacuum space above the surface”。考虑到随着分解的进行，最后还是会填充真空层：
1. 可以保持PERIODIC结合三维周期性，不用偶极校正吗？
2. 若1可以的话，可以的话将.restart文件里的偶极校正去掉，再用.restart文件续算吗？还是得从一开始就不加偶极校正，得从头跑呢？
3. 若1和2都不可以，以及之后跑别的类似体系，更建议真空层扩大到40埃，用MT结合二维周期性吗？还有一个疑惑：MT要求的Z方向尺寸大于电子跨度的2倍，是随着热分解的进行，片段还是会充满真空层，那此时就不满足”大于电子跨度的2倍“了呀，难道只管初始结构的电子跨度吗？

附件是两个体系的图片，谢谢老师们~~~

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作者
Author: Stardust0831 时间: 2026-3-23 11:37
你昨天下午在思想家公社群里问过一样的问题了。
偶极矫正上不了是因为这个时候你原子已经快飞到这个slab的另一端了，这种时候就算没有偶极矫正，也会出现分子和另一端的被冻结的原子的不物理的相互作用。
稍微多留点真空层，然后上限制势不让原子飞太高，留出一部分真空层避免原子和slab另一端过近。
限制势具体设定可以用https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... #external-potential或者https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... AVAR/WALL.html#wall

作者
Author: 丁越 时间: 2026-3-23 13:09
1. 可以直接做三维周期性模拟，而且真空层的厚度也可以顺便减小，15 Angstrom 足够了。
2. 现在也没跑多少ps，所以把真空层减小重新算，这样模拟速度还能快一些。

作者
Author: 白菜 时间: 2026-3-23 13:28
本帖最后由白菜于 2026-3-23 14:05 编辑

丁越发表于 2026-3-23 13:09
1. 可以直接做三维周期性模拟，而且真空层的厚度也可以顺便减小，15 Angstrom 足够了。
2. 现在也没跑多少 ...

嗯嗯好哒，谢谢丁越老师~~太感谢啦 (´• ω •`)ﾉ
丁老师，还想请教您：会减小真空层的话，二楼Stardust0831老师说的“分子和另一端的被冻结的原子的不物理的相互作用”的问题会不会更严重呢？那还需要设置一个wall挡着吗？还是对于我关心的热分解机理，这个问题可以忽略呢？
谢谢老师~~

作者
Author: 丁越 时间: 2026-3-23 14:10

白菜发表于 2026-3-23 13:28
嗯嗯好哒，谢谢丁越老师~~太感谢啦 (´• ω •`)ﾉ
丁老师，还想请教您：会减小 ...

你做的是热分解问题，slab两端的原子都会在高温下发生解离，所以不用考虑为二维周期性。

作者
Author: 白菜 时间: 2026-3-23 14:34
本帖最后由白菜于 2026-3-23 14:46 编辑

Stardust0831 发表于 2026-3-23 11:37
你昨天下午在思想家公社群里问过一样的问题了。
偶极矫正上不了是因为这个时候你原子已经快飞到这个slab的 ...

非常感谢老师您一直耐心回复~~~我看您回“或许可以上个限制势不让飞起来的原子跑太高碰到另一边？”，俺以为让您是俺自己考虑一下，搜了论坛没有定论，所以就冒昧又发帖请教了。没有计算经验，所以不相信自己。谢谢您又在论坛上回复我。俺把真空层增大到40埃，再设置限制wall试试。

不过想再请教一下老师：我这个体系主要是想观察热分解过程中碎片的飞散和自由基的生成，加了Wall势会不会对这部分的观察产生影响呢？谢谢老师~~~

作者
Author: 白菜 时间: 2026-3-23 14:45
本帖最后由白菜于 2026-3-23 14:49 编辑

丁越发表于 2026-3-23 14:10
你做的是热分解问题，slab两端的原子都会在高温下发生解离，所以不用考虑为二维周期性。

谢谢丁老师~~忘记说明了，我冻结了底部的2层原子。当时纠结到：①冻结底层原子，模拟体相环境，分析的时候只关注放开的原子。②NVT的温度2000K，物质A和B的分解温度在500K以内，这个温度A和B应该都分解了，所以不冻结原子。
最后选择了①冻结底部原子。
您提及“slab两端的原子都会在高温下发生解离”，那是不是不冻结原子，全放开更合理呢？谢谢老师~~~

作者
Author: Stardust0831 时间: 2026-3-23 15:08
如果你要做二维周期性，那是有必要采取措施防止计算违背建模初衷。我教你的那个加限制势就可以避免一些违背二维周期性的接触以及摆脱偶极矫正那个报错的方法。
我不反对你把两边都放开直接做分解，但实际的材料应该不会这么薄，用这么薄的slab降解过程或许会不够可靠。当然，如果你只关心降解产物，直接放开或许也没事。
对了，有必要注意的一点，这种有机无机杂化的材料在高温下热膨胀应该不轻了，可能是热膨胀的应力本身就带来了材料的断裂。因此，如果是我，可能会直接做个带晶界的3维周期性模型，跑NPT，外加的分子放晶界上。

怎么建模本身就是你的科学问题，这取决于你的计算目的。

作者
Author: 白菜 时间: 2026-3-23 15:19

Stardust0831 发表于 2026-3-23 15:08
如果你要做二维周期性，那是有必要采取措施防止计算违背建模初衷。我教你的那个加限制势就可以避免一些违背 ...

嗯嗯好哒~谢谢老师~~~

作者
Author: 丁越 时间: 2026-3-23 15:31

白菜发表于 2026-3-23 14:45
谢谢丁老师~~忘记说明了，我冻结了底部的2层原子。当时纠结到：①冻结底层原子，模拟体相环境，分析的时 ...

既然考虑slab两端的原子要分解就不要用冻结了，然后在算力允许的情况下可以适当把slab弄厚一点。

作者
Author: 白菜 时间: 2026-3-23 15:33

丁越发表于 2026-3-23 15:31
既然考虑slab两端的原子要分解就不要用冻结了，然后在算力允许的情况下可以适当把slab弄厚一点。

嗯嗯好哒，谢谢丁老师~一下就有了方向，豁然开朗~~太感谢您啦！

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