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标题: 计算Fe3+和乙二醇配位结合能，请问初始构型和结果是否合理 [打印本页]

作者
Author: xzz111 时间: 2026-3-23 13:41
标题: 计算Fe3+和乙二醇配位结合能，请问初始构型和结果是否合理
各位老师好，学生想计算Fe3+和乙二醇的配位情况，这是我的输入文件，经过chem3D跑过最小能量 (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 0)
Fe-EG3

3 6
C                -1.67620000 1.98580000 -0.49170000
C                -1.22730000 1.64580000 -1.89860000
H                -1.52740000 3.06060000 -0.24680000
H                -2.73470000 1.70120000 -0.29890000
H                -2.06790000 1.33940000 -2.55950000
H                -0.66050000 2.47950000 -2.37020000
O                -0.28600000 0.50040000 -1.77910000
H                0.25570000 1.05270000 -1.11920000
O                -0.81520000 1.19590000 0.43280000
H                -0.71050000 1.69910000 1.33090000
Fe             -0.21780000 -0.42080000 -0.19560000
C                -2.14990000 -2.10850000 0.49720000
H                -3.25090000 -2.25520000 0.56910000
H                -1.67500000 -3.06060000 0.17460000
C                -1.58090000 -1.58700000 1.79480000
H                -1.50000000 -2.39100000 2.55950000
H                -2.17290000 -0.73870000 2.20470000
O                -1.89050000 -1.09390000 -0.54910000
H                -1.21440000 -1.45340000 -1.20660000
O                -0.21950000 -1.08640000 1.51200000
H                0.22930000 -1.29890000 2.42610000
C                1.85860000 -2.25500000 -0.42330000
H                2.37760000 -2.91740000 -1.15070000
H                1.68900000 -2.81130000 0.52450000
C                2.59880000 -0.95370000 -0.21340000
H                3.25090000 -0.69380000 -1.07730000
H                3.18760000 -0.93290000 0.72980000
O                0.52980000 -1.90190000 -0.98410000
H                0.45160000 -2.67230000 -1.67700000
O                1.54200000 0.09060000 -0.14060000
H                1.30290000 -0.14340000 -1.10190000

C H O 0
6-31g(d,p)
****
Fe 0
SDD
****

Fe 0
SDD
****

但是结构频率优化后却变成了这个样子，请问初始构型和结果是否合理，补充一下：当时没经过chem3D跑最小能量的时候初始构型H是连接在氧上的，后面优化完H也是跑的很远，铁氧键也全部断裂。

作者
Author: 李唯一 时间: 2026-3-23 14:13
你这输入文件最后多加了4个****

作者
Author: xzz111 时间: 2026-3-23 14:20

李唯一发表于 2026-3-23 14:13
你这输入文件最后多加了4个****

谢谢这个对结果会有影响吗，

作者
Author: wzkchem5 时间: 2026-3-23 15:27
用xtb预优化，最次也得用高斯的PM6预优化。chem3d预优化对于过渡金属配合物非常不靠谱。
具体而言，Fe-O(H)R结构里，O要么是平面三角构型，要么是突出程度不大的三角锥。你的结构里有的氧的周边原子结构太扭曲了

作者
Author: xzz111 时间: 2026-3-23 17:02
谢谢老师，我用PM6预优化后，O-Fe键全部断裂了，这种正常吗

作者
Author: xzz111 时间: 2026-3-23 17:31

wzkchem5 发表于 2026-3-23 15:27
用xtb预优化，最次也得用高斯的PM6预优化。chem3d预优化对于过渡金属配合物非常不靠谱。
具体而言，Fe-O(H ...

您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

作者
Author: 阮文升-河内国大 时间: 2026-3-23 18:53

xzz111 发表于 2026-3-23 17:31
您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

要是距离没有明显异常就不用管。原因见：
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

作者
Author: Stardust0831 时间: 2026-3-24 03:07

xzz111 发表于 2026-3-23 17:31
您好老师，为什么我用PM6优化后，Fe-O键都断裂了

当前结构没问题。不必纠结你在gview里看到的所谓的成键，这个键显示与否不会影响DFT计算本身。

作者
Author: xzz111 时间: 2026-3-24 10:15

阮文升-河内国大发表于 2026-3-23 18:53
要是距离没有明显异常就不用管。原因见：
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

谢谢

作者
Author: xzz111 时间: 2026-3-24 10:16

Stardust0831 发表于 2026-3-24 03:07
当前结构没问题。不必纠结你在gview里看到的所谓的成键，这个键显示与否不会影响DFT计算本身。

好的谢谢

作者
Author: sxx123 时间: 2026-3-24 13:44
您好，我想问一下，如果用ORCA优化上述体系，opt TPSSh def2/J D4 def2-TZVP这样设置可以嘛

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