计算化学公社

标题: 请教GROMACS的xtc文件转为xyz文件 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-24 16:24
标题: 请教GROMACS的xtc文件转为xyz文件
我的体系为短肽-配体。想通过GROMACS进行退火操作（每60ps一个周期)，然后取帧用于后续的xtb计算优化
我看老师的帖子
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)

里面用到的输入文件为xyz格式，所以想着把得到的xtc文件转为xyz格式
我用到的命令为：
gmx_mpi trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o traj.pdb -n index.ndx -center -pbc mol -dt 60（取帧+处理PBC）
obabel traj.pdb -O traj.xyz（格式转换）
运行obabel traj.pdb -O traj.xyz时会出现图中的提示
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
我想问：
1.图中的提示影不影响结果呢？
2.有没有更好的方法进行格式转换呢？最好是基于命令行的操作，因为有批量处理的需求

作者
Author: NGC626 时间: 2026-3-24 16:48
把xtc和gro文件同时拖到vmd里，然后选择另存为xyz就可以了

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-24 18:27
单个轨迹用vnd转换完整教程见：
http://bbs.keinsci.com/thread-41215-1-1.html

批量用Python转换可试试以前我让LLM 帮忙写的脚本：
http://bbs.keinsci.com/thread-56436-1-1.html

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-24 19:55

NGC626 发表于 2026-3-24 16:48
把xtc和gro文件同时拖到vmd里，然后选择另存为xyz就可以了

好的好的，谢谢

作者
Author: 王涛 时间: 2026-3-24 19:55

student0618 发表于 2026-3-24 18:27
单个轨迹用vnd转换完整教程见：
http://bbs.keinsci.com/thread-41215-1-1.html

感谢大佬的分享！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)