计算化学公社

标题: chemsh-py-和 cp2k-2026.1 不用单独安装依赖库嘛 [打印本页]
作者
Author: naxiangzi    时间: 2026-3-24 17:35
标题: chemsh-py-和 cp2k-2026.1 不用单独安装依赖库嘛
无意发现 chemsy-py 和cp2k-2026.1 会自动安装相关基础库，如 nwchem,gulp,amber,hdf5，scalapack,fftw,openmpi 等等，只要安装 chemsh 就可以自动安装化学软件了.

在正式环境群集中是不是只要安装一个 slurm 或 lsf ,再加一个 chemsy-py 就能自动跑了，不必搞一堆编译。。。。
作者
Author: Stardust0831    时间: 2026-3-24 19:43
slurm只负责任务调度，环境管理需要module environment或者lmod。
不同的量子化学程序需要的openmpi等等依赖库会不一样，比较为人熟知的就是Intel® MPI Library和OpenMPI同时安装且同时加载在环境变量里的时候会有冲突。
同一个软件的不同版本也会有功能的差异，比如gmx越新的版本效率通常会越高、但开发者会砍掉一部分缺人维护的功能，需要装同一个程序的不同版本；很多程序也会同时有LTS版和develop版，需要的编译环境可能也还不一样。
比较常见的做法是准备一批不同版本的aocc、aocl、cuda、elpa、openmpi、nvhpc等等，基于这些不同版本的库再针对性的构建实际的应用程序，多个应用程序可以根据实际情况共用相关基础库或者换其他指定版本的基础库。
不瞒你说，我一些无需特殊调优的库就是直接用toolchain装完然后手动mv到/opt下专门路径单独写module解耦出来给其他程序编译的时候用的，abacus的编译环境和cp2k还真有不少可以互通。
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2026-3-25 16:29
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2026-3-26 10:26 编辑

https://github.com/cp2k/cp2k/issues/5003是不是楼主发的？
编辑：从http://bbs.keinsci.com/thread-58690-1-1.html来看确实是。CP2K的2026.1版在CMake安装上有所变化，如果不知道py-chemshell有没有同步更新自动安装流程的话应该去问chemshell的开发者，跑去CP2K的仓库提issue就不太合适。
作者
Author: naxiangzi    时间: 2026-3-29 14:01
Stardust0831 发表于 2026-3-24 19:43
slurm只负责任务调度，环境管理需要module environment或者lmod。
不同的量子化学程序需要的openmpi等等依 ...

谢谢大佬指点, 化学软件搞得很头晕，特别chemsh 调用 cp2k ,cp2k 调用 。。。
安装一个 chemsh 按理全部搞定了
作者
Author: naxiangzi    时间: 2026-3-29 14:02
本帖最后由 naxiangzi 于 2026-3-29 14:04 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-25 16:29
https://github.com/cp2k/cp2k/issues/5003是不是楼主发的？
编辑：从http://bbs.keinsci.com/thread-5869 ...

chemshell 开发者库，https://gitlab.com/chemshell/chemsh-py 根本无允许大陆人登入了，怎么提问，上天无门，入地无门，有没有替代品。

没有 chemshell ，有 cp2k,nbo7 ... 就无法工作了嘛
作者
Author: UW_0728.    时间: 2026-3-29 14:24
本帖最后由 UW_0728. 于 2026-3-29 14:31 编辑
naxiangzi 发表于 2026-3-29 14:02
chemshell 开发者库，https://gitlab.com/chemshell/chemsh-py 根本无允许大陆人登入了，怎么提问，上天 ...

我这里登录没问题啊

从仓库来看（https://gitlab.com/chemshell/che ... cp2k/CMakeLists.txt）：
  1. set(CP2K_LATEST_RELEASE_VERSION "2024.2")
复制代码
chemsh-py最新支持到的CP2K版本为2024.2，因此构建系统大换血的2026.1目前肯定没法用。
比较恶心的是，这个仓库貌似没有开放issue入口，因此只能去官网去提（https://discourse.chemshell.org/）
作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2026-3-29 15:36
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2026-3-29 15:39 编辑
UW_0728. 发表于 2026-3-29 14:24
我这里登录没问题啊

从仓库来看（https://gitlab.com/chemshell/che ... cp2k/CMakeLists.txt）：

登录是可以，但是以中国 ip 登录 gitlab.com 会在一定时间内收到封号警告。



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