计算化学公社

标题: 如何利用CP2K输出的cube文件绘制晶体的静电势表面 [打印本页]

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-3-25 04:22
标题: 如何利用CP2K输出的cube文件绘制晶体的静电势表面
各位老师好，最近需要绘制一个有机物晶体的ESP，使用CP2K输出了电子密度和Hartree势的cube文件，使用Multiwfn将Hartree势乘以-1处理为静电势之后利用参考使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图使用ESPiso.vmd尝试绘制静电势表面，但结果比较奇怪
在VMD使用ESPiso.vmd加载显示为

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在Draw Style界面选中ESP1.cub并在Trajectory调整范围为-0.03到0.03是，貌似显示出了表面，但颜色非常奇怪
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请问这种情况应该如何处理？

由于cube文件较大，使用百度网盘上传：
通过网盘分享的文件：ESP
链接: https://pan.baidu.com/s/1E7K59KjP0uyfgPDPhrxeMA?pwd=4w27 提取码: 4w27

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-25 04:59
0.001 a.u.电子密度等值面本来就应该是第一张图的分布，第二张图用的等值面数值不合适，明显太大

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-3-25 05:34
@sobereva 您是指第二张图的Isovalue设置过大了吗，上面是默认值0.001的情况，我改为0.0001依然很奇怪
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作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-25 05:39
看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的，只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-3-25 05:58

sobereva 发表于 2026-3-25 05:39
看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的，只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的

我发现了，我的1L的第一张图是Vol选择density.cub，第二张图是Vol选择ESP.cub
是我误操作了，我明白您的意思了，谢谢老师

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-3-25 06:02
本帖最后由 KazusaT 于 2026-3-25 06:05 编辑

sobereva 发表于 2026-3-25 05:39
看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的，只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的

老师，我还有一个问题，因为这个晶体本身的原因ESP会比较难以看清，这个晶体是由A+和B-两个片段和一部分水分子组成的，是否有办法在ESP中只保留一对A+B-，例如通过Multiwfn编辑cub文件，这样可能更清晰。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-25 08:54

KazusaT 发表于 2026-3-25 06:02
老师，我还有一个问题，因为这个晶体本身的原因ESP会比较难以看清，这个晶体是由A+和B-两个片段和一部分 ...

计算之前可以对体系做恰当的简化，去掉不重要的遮挡关键部分的分子/离子
Multiwfn主功能13也有格点数据屏蔽功能，参考手册3.16.9和3.16.10节的说明以及4.13.4节的例子，可以对电子密度cube文件处理，只保留感兴趣区域附近的电子密度而其它区域清零，然后导出新的cube文件

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-3-25 11:13

sobereva 发表于 2026-3-25 08:54
计算之前可以对体系做恰当的简化，去掉不重要的遮挡关键部分的分子/离子
Multiwfn主功能13也有格点数据 ...

好的，谢谢老师

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