计算化学公社

标题: 求助：蛋白配体复合物做不做nvt [打印本页]

作者
Author: 猫毛过敏 时间: 2026-3-25 20:38
标题: 求助：蛋白配体复合物做不做nvt
各位老师好，我是非科班的初学者，最近在学习使用gromacs做蛋白+小分子的分子动力学模拟，通过某站的相关教学视频和评论区了解到了计算化学公社，特来此进一步学习。整体的模拟流程基本和GROMACS Tutorial过程一致，对同一个复合物（蛋白16074+药物35原子）我尝试了只做NPT预平衡和NVT、NPT预平衡都做的2种情况（如图）。困惑之处在于，为什么会出现这样的结果？哪个结果更稳定？还是都不行呢？
A.只做NPT预平衡的结果
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
B.NVT预平衡-NPT预平衡
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
例如有的教程提到“生物大分子在溶液体系中不用做nvt预平衡，直接做NPT预平衡就够了”（大意如此），有的提到NVT、NPT都要做预平衡，说法不一。官方教程的描述又是：“Once the NVT simulation is complete, proceed to NPT with this .mdp file:...”，给我一种“做完NTP该做NPT”的感觉
拜读sob社长的帖子《谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综》后，我的理解是NVT的预平衡更像是以防体系崩溃的补救手段，特定条件下是需要先NVT再NPT，但不是默认。应用到我的情况就是直接做NPT即可，从结果看体系也没有崩溃，我好奇的是，为什么先做了nvt再做npt后，RMSD会出现这样的变化？甚至70-100ns是很稳定的，难道是NVT补救了我的体系吗？如果是由于理论知识的不足，导致问出了很简单浅显、没有技术含量的问题，很抱歉，请批评指正。如果需要更多补充文件，也请指出，谢谢各位老师。

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-25 21:07
1. 随机性，见简单谈谈GROMACS模拟重复性的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

2. 见谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 RMSD 相关内容
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: 猫毛过敏 时间: 2026-3-25 21:18

student0618 发表于 2026-3-25 21:07
1. 随机性，见简单谈谈GROMACS模拟重复性的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=fin ...

谢谢老师，这就去看

作者
Author: 猫毛过敏 时间: 2026-3-25 22:17

student0618 发表于 2026-3-25 21:07
1. 随机性，见简单谈谈GROMACS模拟重复性的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=fin ...

我的理解是，先尝试以下内容，排除以下因素再讨论是不是nvt影响了我的结果：
1.重复性：考虑蛋白质模拟，mdrun增加-reprod，确保重复性；修改md.mdp中的gen-vel=yes，做到MD重复跑；
2.RMSD不稳定：观察轨迹动画，尤其是突变帧前后，解释突变；或检查代码，是否在计算RMSD前经过叠合来消除蛋白质的整体运动

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-25 22:53
先观察轨迹有什么分别

真要比较重跑几次来比

作者
Author: fhh2626 时间: 2026-3-26 15:08
不做

作者
Author: 牧生 时间: 2026-3-26 18:44
本帖最后由牧生于 2026-3-26 18:46 编辑

纠正一点：gmx官方只有手册，没有出过教程

其次，再多多阅读几遍 http://sobereva.com/761，如果还有问题，就只看最后一行字

作者
Author: 猫毛过敏 时间: 2026-3-26 19:14

牧生发表于 2026-3-26 18:44
纠正一点：gmx官方只有手册，没有出过教程

其次，再多多阅读几遍 http://sobereva.com/761，如果还有问 ...

好的，多谢指正，已经意识到我没有做nvt的必要了

作者
Author: 猫毛过敏 时间: 2026-3-26 19:15

fhh2626 发表于 2026-3-26 15:08
不做

好的，谢谢指导

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)