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标题: amIGM方法分析烟酰胺晶体（C6H6N2O）分子间存在的弱相互作用有关散点图绘制的问题 [打印本页]

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Author: 轻舟~ 时间: 2026-3-26 10:43
标题: amIGM方法分析烟酰胺晶体（C6H6N2O）分子间存在的弱相互作用有关散点图绘制的问题
我想使用amIGM方法分析一下烟酰胺晶体分子间存在的弱相互作用，之所以使用amIGM方法是想学习一下，而不是真正的分析烟酰胺晶体分子间存在的弱相互作用。我先用CP2K对含有4个分子共60个原子的烟酰胺晶体进行分子动力学模拟，模拟了100帧，算完后得到.xyz文件。按照使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元的方法，我利用最新版Multiwfn对该.xyz文件进行amIGM分析，得到了avgdg_inter.cub、avgsl2r.cub文件和用于绘制散点图的output.txt，Multiwfn也清晰绘制出了黑白色的散点图，如图。但是在使用gnuplot绘制更好看的散点图时，我严格遵循了win+R cmd打开命令窗口，并把output.txt文件复制到gnuplot所在的bin路径里，然后使用.\gnuplot.exe IGMscatter.gnu生成PS文件，期间窗口显示"IGMscatter.gnu" line 19: warning: Skipping data file with no valid points，生成的ps文件打开后除了横纵坐标没有其他东西，我又认真读了一边amIGM的相关内容，并在公社里看其他提问者有没有在散点图方面存在问题，也尝试过把IGMsactter.gnu更换成RDGscatter.gnu或IRIscatter.gnu，但执行命令后都有相似报错，而且均画不出散点图，请问该如何解决这个问题。cp2k生成的.xyz文件和用于绘制散点图的output.txt文件（网盘形式）也贴在这里。
通过网盘分享的文件：output.txt
链接: https://pan.baidu.com/s/14UoYObG-FomcDSReODHYMQ?pwd=vuq8 提取码: vuq8

作者
Author: pal 时间: 2026-3-26 15:35
那个warning应该是说你的output.txt文件里绝大部分数据都是0，这个文件应该是有问题的

作者
Author: 轻舟~ 时间: 2026-3-26 16:20
好吧，我再试试重新生成一下

作者
Author: 轻舟~ 时间: 2026-3-26 22:32
还是不行。。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-27 05:45
不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题，注意看群规（http://sobereva.com/QQrule.html），以及论坛置顶的论坛新社员必读贴。你在1号群已经问过了

群里的我的回复：
如果是分子晶体，应当用mIGM而不是amIGM
对于mIGM，绘制散点图用的是Multiwfn自带的IGMscatter.gnu
并且检查Multiwfn导出的output.txt文件内容确保没问题

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