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标题: Hirshfeld surface分析时VMD中分子片段不全求助 [打印本页]

作者
Author: 脆柿 时间: 2026-3-26 21:51
标题: Hirshfeld surface分析时VMD中分子片段不全求助
各位老师们好，严格按照Sob老师的教程来做Hirshfeld surface分析，但是有一个单晶总是出现分子片段不全的问题。请问各位老师们这个问题该如何解决呢?

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-27 05:54
上传结构文件才能判断情况
需要交代体系是哪来的，是自己从晶体里抠了团簇还是怎么怎么构建的、如果是抠了团簇具体是怎么抠的，细节全都得说清楚，直接关乎是否中途出现原子缺失等情况。自行检查每一步操作、每一步的结构变化，总能搞清楚是怎么回事

作者
Author: 脆柿 时间: 2026-3-27 11:21

sobereva 发表于 2026-3-27 05:54
上传结构文件才能判断情况
需要交代体系是哪来的，是自己从晶体里抠了团簇还是怎么怎么构建的、如果是抠了 ...

老师您好，体系是直接用单晶解析后得到的cif文件暂时先没有做优化构建的，后续是用cif文件在Multiwfn里按照您教程的默认操作进行

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-27 12:03
你不精确提供你在Multiwfn输入的命令，我没法重现你的结果
尝试先用下文的功能用Multiwfn把晶胞里的分子补完整后再用自动抠团簇的功能
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

作者
Author: 脆柿 时间: 2026-3-30 22:15

sobereva 发表于 2026-3-27 12:03
你不精确提供你在Multiwfn输入的命令，我没法重现你的结果
尝试先用下文的功能用Multiwfn把晶胞里的分子补 ...

谢谢老师！把晶胞里的分子补充完整后就显示完全啦

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