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标题: 求助需要冻结原子的molclus报错：Cannot find .xtboptok file! [打印本页]

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Author: 啥也不会 时间: 2026-3-28 19:08
标题: 求助需要冻结原子的molclus报错：Cannot find .xtboptok file!
本帖最后由啥也不会于 2026-3-28 19:09 编辑

各位老师好！
   我正在进行手性修饰基的单层COF环与R/S布洛芬的结合能的计算，因为体系比较大所以用molclus+xTB的方法进行构象搜索。
   gentor可以正常工作，但是molclus有如此Cannot find .xtboptok file!的报错：
  *** Configuration    1  ***
Current date: 2026-03-28 Time: 18:45:15
Loading geometry       1 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 2 --chrg -1 --uhf 0 --parallel 2 > xtb.ou
t
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
xtb.out has been backed up to xtb00001.out
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    14 s

   molclus的setting.ini的设置是这样的：
iprog= 4    ngeom= 0    itask= 0    bkout= 1    distmax= 999    ipause= 0    iappend= 0
freeze= 65-227, 229-231, 237-239, 262-342, 345

   但是我单独对COF环（不含手性修饰基）用xTB结构优化时用freeze不易收敛，用constrain并且力常数设为10可以收敛，是不是因为体系太大了的原因？

   单独选取生成的第一个构象进行xTB的结构优化xtb LargCOF1.xyz --opt --input xtbopt.inp --verbose --parallel 4 --alpb water会在 *** convergence criteria satisfied after 23 iterations ***这一步停止（附件是同样条件下xTB的输出文件）
      ...................................................
      :                   SETUP                   :
      :.................................................:
      :  # basis functions             1054       :
      :  # atomic orbitals             1054       :
      :  # shells                         598       :
      :  # electrons                   1154       :
      :  max. iterations                250       :
      :  Hamiltonian                GFN2-xTB       :
      :  restarted?                   false       :
      :  GBSA solvation                true       :
      :  PC potential                   false       :
      :  electronic temp.       300.0000000    K :
      :  accuracy                   1.0000000       :
      :  -> integral cutoff       0.2500000E+02    :
      :  -> integral neglect       0.1000000E-07    :
      :  -> SCF convergence       0.1000000E-05 Eh :
      :  -> wf. convergence       0.1000000E-03 e :
      :  Broyden damping          0.4000000       :
      :  net charge                         0       :
      :  unpaired electrons                0       :
      ...................................................

iter    E          dE       RMSdq    gap    omega  full diag
1 -659.9830689 -0.659983E+03  0.497E+00 0.06    0.0  T
2 -661.7787773 -0.179571E+01  0.273E+00 0.03    1.0  T
3 -661.7864479 -0.767067E-02  0.149E+00 0.06    1.0  T
4 -661.7115992  0.748487E-01  0.887E-01 0.25    1.0  T
5 -661.8090402 -0.974410E-01  0.683E-01 0.39    1.0  T
6 -661.7698235  0.392168E-01  0.727E-01 0.27    1.0  T
7 -661.9666856 -0.196862E+00  0.327E-01 0.03    1.0  T
8 -661.8935621  0.731235E-01  0.474E-01 0.12    1.0  T
9 -661.8641957  0.293664E-01  0.537E-01 0.31    1.0  T
  10 -661.9484762 -0.842805E-01  0.324E-01 0.02    1.0  T
  11 -661.9867898 -0.383136E-01  0.203E-01 0.01    1.0  T
  12 -661.9787192  0.807059E-02  0.226E-01 0.05    1.0  T
  13 -661.9797373 -0.101807E-02  0.220E-01 0.04    1.0  T
  14 -661.9982759 -0.185386E-01  0.116E-01 0.01    1.0  T
  15 -662.0047296 -0.645375E-02  0.473E-02 0.01    1.0  T
  16 -662.0055332 -0.803570E-03  0.255E-02 0.00    1.0  T
  17 -662.0053454  0.187779E-03  0.319E-02 0.01    1.0  T
  18 -662.0058633 -0.517884E-03  0.773E-03 0.00    1.0  T
  19 -662.0058084  0.549181E-04  0.125E-02 0.00    1.0  T
  20 -662.0058917 -0.833139E-04  0.195E-03 0.00    2.7  T
  21 -662.0058933 -0.161126E-05  0.822E-04 0.00    6.3  T
  22 -662.0058936 -0.253238E-06  0.418E-04 0.00    12.4  T
  23 -662.0058932  0.340248E-06  0.882E-04 0.00    5.9  T

*** convergence criteria satisfied after 23 iterations ***

   请问各位老师这是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-29 06:20
如果是自己手动用molclus产生的xtb输入文件时xtb运行也中途突然停止，xtb若用的windows版改用linux版；若linux版也这样，尝试其它版本、其它计算级别（如GFN-FF）、其它溶剂模型、不同并行方式等再试

作者
Author: 啥也不会 时间: 2026-3-29 11:07

sobereva 发表于 2026-3-29 06:20
如果是自己手动用molclus产生的xtb输入文件时xtb运行也中途突然停止，xtb若用的windows版改用linux版；若li ...

感谢老师回复，用linux确实解决了这个问题，但是我还想用constrain来限制原子位置，请问molclus有什么方法可以实现吗，我发现单纯改setting,ini里的 xtb_arg为 "--gfn 2 --chrg -1 --uhf 0 --input xtbopt.inp --parallel 4" 并且把这个.inp放到相应文件夹，molclus开始运行时会把这个.inp删掉

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-1 01:55

啥也不会发表于 2026-3-29 11:07
感谢老师回复，用linux确实解决了这个问题，但是我还想用constrain来限制原子位置，请问molclus有什么方 ...

molclus没有自动删*.inp的步骤
尝试改个名或者放到其它目录再试，--input后面也可以用相对路径或绝对路径

作者
Author: 啥也不会 时间: 2026-4-2 12:26

sobereva 发表于 2026-4-1 01:55
molclus没有自动删*.inp的步骤
尝试改个名或者放到其它目录再试，--input后面也可以用相对路径或绝对路 ...

好的好的，感谢老师回复，已经用设绝对路径解决了

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