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标题: 求助：能量极小化后分子跑到真空层另一侧了 [打印本页]

作者
Author: 陈欣羽 时间: 2026-3-28 23:19
标题: 求助：能量极小化后分子跑到真空层另一侧了
盒子左边有一层薄冰大概1.5nm，右侧有8.5nm左右的水层，再右侧是20nm的真空层，我在GROMACS中能量极小化后，在z=30nm处出现了少量的水分子，不知道是什么原因想求助大家。能量极小化之前已经固定了冰的位置。
大概步骤：先在含有冰的盒子里用solvate命令加水，然后在VMD中把冰缝隙的水分子去除后生成固定冰再跑的能量极小化。

作者
Author: student0618 时间: 2026-3-29 00:42
周期性边界的事，如何处理要先看模拟目的。

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-3-29 04:09
左侧和右侧其实是同一个地方，盒子是周期性的，你要是看着不爽干脆就把冰和水放到盒子中间去，让两边都是真空层。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-3-29 06:00
想挪到中间去，用gmx editconf结合-translate [平移矢量] 就完了

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 2026-3-29 13:51
如果不需要重点研究水分子在液气界面的扩散，可以把冰水上移1-2 A，然后在z=0 z=max加两个墙，防止水分子从盒子上面穿过盒子跑到下面。这样你也不用很大的真空层，可以节省模拟时间
做成二维周期性的
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作者
Author: 陈欣羽 时间: 2026-3-29 15:33

sobereva 发表于 2026-3-29 06:00
想挪到中间去，用gmx editconf结合-translate [平移矢量] 就完了

明白了，感谢sob老师解答

作者
Author: 陈欣羽 时间: 2026-3-29 15:34

SharkYYX2025 发表于 2026-3-29 13:51
如果不需要重点研究水分子在液气界面的扩散，可以把冰水上移1-2 A，然后在z=0 z=max加两个墙，防止水分子 ...

感谢老师的解答

作者
Author: 陈欣羽 时间: 2026-3-29 15:34

KazusaT 发表于 2026-3-29 04:09
左侧和右侧其实是同一个地方，盒子是周期性的，你要是看着不爽干脆就把冰和水放到盒子中间去，让两边都是真 ...

感谢老师的解答

作者
Author: 陈欣羽 时间: 2026-3-29 15:35

student0618 发表于 2026-3-29 00:42
周期性边界的事，如何处理要先看模拟目的。

好的，感谢老师

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