计算化学公社

标题: gmx_MMPBSA 报错 “Not all cmap parameters found exiting” 的解决方法分享 [打印本页]

作者
Author: biu 时间: 2026-3-30 01:23
标题: gmx_MMPBSA 报错 “Not all cmap parameters found exiting” 的解决方法分享
因为我是最近刚开始学GROMACS做分子动力学模拟的新手小白，我安装的是GROMACS 2026.1版本，生成蛋白拓扑文件时用的时AMBER19SB立场，当我跑完模拟后用gmx_MMPBSA去计算结合自由能时报错了Not all cmap parameters found exiting。 (, 下载次数 Times of downloads: 1)

排查后发现是由于gmx_MMPBSA目前不支持最新的GROMACS 2026 amber19sb和amber14sb力场端口中的CMAP修正导致的，gmx_MMPBSA开发者Mario E. Valdés-Tresanco给出的解决方法是注释掉top文件中【 cmap 】部分 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

但是我更习惯于将top文件复制一份，然后删除这一部分内容，这样子就可以跑成功gmx_MMPBSA了。

不过目前我还有一个疑问：将这部分内容删除后，是否会对最终的结合自由能计算结果造成影响，我暂时还不确定。希望有大佬能够不吝赐教，欢迎大家批评指正，非常感谢！

同时原贴中还提到了一些其他的可能出现的小问题，不过由于我在实际使用过程中并没有碰到，所以我就没有详细展开去讲，我将原帖引用在下面，大家感兴趣的话可以去看看原帖。
原帖在这：Running gmx_MMPBSA with the Latest GROMACS 2026 Version (Workaround Guide) · Issue #629 · Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA

作者
Author: Huschein 时间: 2026-3-30 21:29
弄清楚结合自由能的理论 bonded term会在相减中抵消所以有没有cmap都无所谓

作者
Author: biu 时间: 2026-4-2 16:13

Huschein 发表于 2026-3-30 21:29
弄清楚结合自由能的理论 bonded term会在相减中抵消所以有没有cmap都无所谓

好的，感谢大佬！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)