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标题: 求助，sobtop生成S2O3离子错误，产生乱码 [打印本页]

作者
Author: Changtx 时间: 2026-3-31 15:42
标题: 求助，sobtop生成S2O3离子错误，产生乱码
本帖最后由 Changtx 于 2026-4-2 09:28 编辑

各位老师同学好，学生使用sobtop+Gaussian创建S2O3硫代硫酸根的GAFF力场，方法效仿的是sobtop官网的第一个案例，对这个离子计算了RESP2电荷，使用的级别是RESP2.sh中推荐的B3LYP/def2SVP，然后进行了振动分析B3LYP/def2TZVP opt freq，将优化后的结构使用Multiwfn提取出来，使用OpenBabel转换成mol2，进入Sobtop后按照案例后正常生成itp文件，没有报错结束。出现了NUL乱码，同时五个原子的离子出现了六个atoms，整个流程都在linux环境下进行。请各位老师看看是什么原因.

作者
Author: 牧生 时间: 2026-3-31 17:03
本帖最后由牧生于 2026-3-31 17:12 编辑

这个简单的结构，你应该效仿例二
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex2

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-1 05:19
说明具体是什么linux系统、什么程序观看的文件
并且把此文件上传。sobtop的输入文件也上传，sobtop里输入的所有命令都贴出来

作者
Author: Changtx 时间: 2026-4-1 12:36
本帖最后由 Changtx 于 2026-4-1 12:40 编辑

sobereva 发表于 2026-4-1 05:19
说明具体是什么linux系统、什么程序观看的文件
并且把此文件上传。sobtop的输入文件也上传，sobtop里输入 ...

老师，我添加了S2O3.itp文件以及sobtop的输入文件。观看程序是notepad++,linux系统使用的是wsl2 Ubuntu 20.04.6 。sobtop的版本是sobtop_1.0(dev5).
sobtop命令如下：
S2O3.mol2
7
10
S2O3.chg
0
-1
4
1
2
2
S2O3.fchk
回车
回车
整个过程正常结束。

作者
Author: Changtx 时间: 2026-4-1 12:38

牧生发表于 2026-3-31 17:03
这个简单的结构，你应该效仿例二
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex2

因为我看硫代硫酸根也是无机离子吗，所以用的第一个。我去试试第二个。多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-1 22:27

Changtx 发表于 2026-4-1 12:36
老师，我添加了S2O3.itp文件以及sobtop的输入文件。观看程序是notepad++,linux系统使用的是wsl2 Ubuntu 2 ...

没有提供所有用到的文件，我没法测试

建议用正经的linux系统

作者
Author: Changtx 时间: 2026-4-2 09:29

sobereva 发表于 2026-4-1 22:27
没有提供所有用到的文件，我没法测试

建议用正经的linux系统

老师，我提供了相关文件。您可以检查下。使用例二的方法力场文件合理。

作者
Author: 牧生 时间: 2026-4-2 10:15
本帖最后由牧生于 2026-4-2 10:16 编辑

Changtx 发表于 2026-4-2 09:29
老师，我提供了相关文件。您可以检查下。使用例二的方法力场文件合理。

你用Multiwfn载入这个fchk文件看一下，有6个原子。。而S2O3只有5个原子
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