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标题: 使用sobtop产生二氧化硅的拓扑文件出现闪退 [打印本页]

作者
Author:
咚Tong咚咚    时间: 2026-3-31 17:15
标题: 使用sobtop产生二氧化硅的拓扑文件出现闪退
本帖最后由 咚Tong咚咚 于 2026-3-31 17:24 编辑

参照Sobtop例9的步骤,预产生CLAFF力场二氧化硅的拓扑文件,以后续在gromacs中模拟石英壁面,参照J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1255-1266一文中给出的CLAFF力场下的二氧化硅的原子电荷、LJ参数写入到了assign_AT.dat和LJ_param.dat中。
assign_AT.dat添加如下:
$Si_claff 2.1
nbond 4
element Si
$O_claff  -1.05
nbond 2
element O
LJ_param.dat添加如下:
Si_claff   1.853       1.8405E-06;Si in claff st
O_claff   1.777       0.1554 ;O in claff ob
由于CLAFF力场中Si-O-Si 框架结构完全依靠非键相互作用来维持结构,不定义SI-O的键伸缩和角弯曲项。
在启动sobtop后依次输入了sio.pdb;1;5;但是在输入0//进入下一步后按回车sobtop就会闪退,请问各位是因为什么呢?非常感谢。







作者
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sobereva    时间: 2026-4-1 05:33
1.8405E-06后面不能没有空格而紧跟着;,否则sobtop没法读取数据
那叫CLAYFF





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