参照Sobtop例9的步骤,预产生CLAFF力场二氧化硅的拓扑文件,以后续在gromacs中模拟石英壁面,参照J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1255-1266一文中给出的CLAFF力场下的二氧化硅的原子电荷、LJ参数写入到了assign_AT.dat和LJ_param.dat中。
assign_AT.dat添加如下:
$Si_claff 2.1
nbond 4
element Si
$O_claff -1.05
nbond 2
element O
LJ_param.dat添加如下:
Si_claff 1.853 1.8405E-06;Si in claff st
O_claff 1.777 0.1554 ;O in claff ob
由于CLAFF力场中Si-O-Si 框架结构完全依靠非键相互作用来维持结构,不定义SI-O的键伸缩和角弯曲项。
在启动sobtop后依次输入了sio.pdb;1;5;但是在输入0//进入下一步后按回车sobtop就会闪退,请问各位是因为什么呢?非常感谢。