计算化学公社

标题: 关于DCM溶剂中有机阳离子和配合物阴离子在进行npt时碎裂的疑问 [打印本页]

作者
Author: resp 时间: 2026-4-2 09:51
标题: 关于DCM溶剂中有机阳离子和配合物阴离子在进行npt时碎裂的疑问
本帖最后由 resp 于 2026-4-2 14:16 编辑

体系中包括一个有机阳离子（包含一根烷氧基氧上孤对电子对碳正离子的配位键，在通过sobtop生成拓扑文件时已经当作键连上了，原子间距离较大）、一个Ga中心配合物阴离子、1100个DCM分子
我在完成em能量最小化之后获得了em.gro（附件中），此时体系的键连是相对合理的。之后我以此结构为基础进行npt模拟，但是在第一步升温npt时发现阳离子结构碎裂，如示意图所示

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

图：碎裂的体系

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

图：阳离子原本结构

以下为我的mpt-heat.mdp文件的内容

integrator             = md
dt                   = 0.002
nsteps                = 100000

nstxout-compressed    = 5000
nstenergy             = 500
nstlog                = 5000

cutoff-scheme          = Verlet
nstlist                = 20
pbc                   = xyz
coulombtype          = PME
rcoulomb             = 1.2
rvdw                   = 1.2
DispCorr             = EnerPres

constraints          = h-bonds
constraint-algorithm = LINCS

tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = System
tau-t                = 1.0
ref-t                = 193
annealing             = single
annealing_npoints    = 3

annealing_time       = 0 100  200
annealing_temp       = 0 193  193

pcoupl                = C-rescale
pcoupltype             = isotropic
tau-p                = 5.0
ref-p                = 1.0
compressibility       = 4.5e-5

gen-vel                = yes
gen-temp             = 5
continuation          = no

(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

图：左侧为体系始态右侧为跑了若干步之后的状态，阳离子中的键被不适当地连续拉长，最终分子碎裂

应该并不是周期性设置不恰当，而是出现了一些其他问题
请问这里为什么会碎的这么剧烈，以及有没有什么解决办法（体系可能不能通过坐标冻结或者设置极高力常数的形式限制），谢谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-4-2 11:50
确定不是周期性没处理好吗

作者
Author: student0618 时间: 2026-4-2 12:41
先用trjconv -pbc mol处理好再说。

作者
Author: resp 时间: 2026-4-2 13:39

KazusaT 发表于 2026-4-2 11:50
确定不是周期性没处理好吗

我重新看了一下轨迹文件，阳离子确实是被连续拉碎的，请问这是为什么@student0618

作者
Author: student0618 时间: 2026-4-2 13:48

resp 发表于 2026-4-2 13:39
我重新看了一下轨迹文件，阳离子确实是被连续拉碎的，请问这是为什么@student0618

有没有先用我3楼提到的trjconv处理？

作者
Author: resp 时间: 2026-4-2 13:56

student0618 发表于 2026-4-2 13:48
有没有先用我3楼提到的trjconv处理？

gmx trjconv -s npt-heat.tpr -f npt-heat.xtc -o centered.xtc -pbc mol -center这样处理过了，将阳离子放在中间，最后输出整个系统。整个nptheat没跑完就报错停了，这是在中断前记录的轨迹变化

作者
Author: student0618 时间: 2026-4-2 14:07

resp 发表于 2026-4-2 13:56
gmx trjconv -s npt-heat.tpr -f npt-heat.xtc -o centered.xtc -pbc mol -center这样处理过了，将阳离子 ...

先跑单个分子/配合物试试，很可能是参数不对。
可以看看sobtop的FAQ

作者
Author: resp 时间: 2026-4-2 14:42

student0618 发表于 2026-4-2 14:07
先跑单个分子/配合物试试，很可能是参数不对。
可以看看sobtop的FAQ

我尝试对阳离子在真空里跑了一次模拟，没几步就崩溃了，应该是用sobtop生成拓扑文件的时候哪里操作有问题，我之后重新做一次。谢谢指导！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)