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标题: 请教用GROMACS做蛋白拉伸和用NAMD的区别 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2026-4-3 10:56
标题: 请教用GROMACS做蛋白拉伸和用NAMD的区别
我之前一直在使用gromacs进行模拟，老师让我接触做蛋白拉伸。
我去查文献，很多都是使用NAMD做的。老师说gromacs做不好，得用NAMD。
我想请问做拉伸蛋白就是得用NAMD还是两个没有区别呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-3 11:23
蛋白质拉伸用GROMACS非常好，非常适合，恰当做pull设置就能实现。没有额外前提的情况下，没有任何理由为了干这个而刻意改用NAMD。你的老师有严重偏见，或者话没说全、语境没交代完整

作者
Author: 王涛 时间: 2026-4-3 15:21

sobereva 发表于 2026-4-3 11:23
蛋白质拉伸用GROMACS非常好，非常适合，恰当做pull设置就能实现。没有额外前提的情况下，没有任何理由为了 ...

他后续可能想做金属表面的蛋白拉伸，不知道gromacs能否实现？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-4 11:51

王涛发表于 2026-4-3 15:21
他后续可能想做金属表面的蛋白拉伸，不知道gromacs能否实现？

非常可以

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