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标题: 求助CP2K做周期性MD过程中团簇成键诡异、团簇解体 [打印本页]

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Author: cheng1 时间: 2026-4-3 11:47
标题: 求助CP2K做周期性MD过程中团簇成键诡异、团簇解体
请教老师，我做团簇-气体吸附体系，想通过CP2K跑MD获得气体在团簇中的吸附位点初猜，图1是优化后的原胞，图2是在X方向扩胞后并放如单个气体分子（黑色虚线）的初始结构，但是其在CP2K中设置YZ周期性边界条件运行后如图3所示，成键诡异，团簇解离，请问是原胞在YZ方向扩胞后团簇分子不合理导致的吗？或者是其它什么原因？如何解决？

PS：使用相同的计算级别和设置计算该体系下XY、XZ周期性边界条件下的MD均符合预期，下附原胞文件：opt_1.gjf 和CP2K分子动力学输入文件：r211_as.inp

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Author: maoxinxina 时间: 2026-4-3 11:53
你这里面没有图。

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Author: cheng1 时间: 2026-4-3 12:04

maoxinxina 发表于 2026-4-3 11:53
你这里面没有图。

不好意思老师，我刚把图传上

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Author: sobereva 时间: 2026-4-5 03:27
设定严重不当，最显而易见的硬伤是不满足PSOLVER MT做二维周期性计算的要求，即必须非周期性方向上盒子尺寸是有电子密度分布跨度的至少两倍
如果参加过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP），记得复习“能量的计算及相关问题”里面"低维体系的计算"一节，对这些关键知识介绍得没法更详细和清楚

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Author: cheng1 时间: 3 day ago
本帖最后由 cheng1 于 2026-4-10 11:08 编辑

sobereva 发表于 2026-4-5 03:27
设定严重不当，最显而易见的硬伤是不满足PSOLVER MT做二维周期性计算的要求，即必须非周期性方向上盒子尺寸 ...

感谢老师，重新设置盒子后解决了该问题，结果合理。
另外还想请教一下老师，我使用的纯泛函+DZVP-MOLOPT-SR-GTH（加D3校正）做AIMD，目的是获得吸附位点，设置的步长1fs，步数7000步。
Q1：我这体系大概需要跑多少步？或者说怎么估算跑多少步合理？
Q2: 选择初猜结构后计算相互作用能，担心基组TZV2P-MOLOPT-GTH考虑counterpoise时计算耗时太高，使用TZV2P-GTH是否可行?

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Author: sobereva 时间: 3 day ago

cheng1 发表于 2026-4-10 10:53
感谢老师，重新设置盒子后解决了该问题，结果合理。
另外还想请教一下老师，我使用的纯泛函+DZVP-MOL ...

1 这事取决于体系、模拟温度、初始结构等，没法简单估计。比如可能存在的吸附位点越多，为了让吸附物有机会充分遍历各个可能位点，就需要越长的模拟时间

2 TZV2P-MOLOPT-GTH的BSSE问题很小，都可以不用counterpoise，结果比TZV2P-GTH强多了

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Author: cheng1 时间: 3 day ago

sobereva 发表于 2026-4-10 12:39
1 这事取决于体系、模拟温度、初始结构等，没法简单估计。比如可能存在的吸附位点越多，为了让吸附物有机 ...

十分感谢卢老师

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