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标题: 计算镧系离子与蛋白结合能结果异常 [打印本页]

作者
Author: huchen 时间: 2026-4-6 00:06
标题: 计算镧系离子与蛋白结合能结果异常

各位老师、同行好，

最近在计算镧系离子（Lu³⁺）与蛋白（Lanmodulin EF-hand位点）的结合能时遇到了严重的数值异常问题，希望能得到指点。

优化： Gaussian，水平：pbe0-d3 / [金属用 SDD, 其他原子用 6-31G*]。

单点：将 Gaussian 产生的结构使用Multiwfn转化为inp文件，在 ORCA 中计算单点能，水平：pbeo-d3/def2-TZVP

体系：我采用了如下的配体交换模型

[M(Protein)(H2O)n] + (n-k)H2O ⇌ [M(H2O)nq+ + Apo-Protein

结合能=-19386.44846+8×(−76.443816556685) − 14550.1737939413−4759.6618661997=−688.1633323125Hartree

附件附上所有体系的输入文件，

恳请各位老师帮助。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-6 03:04
那叫PBE0-D3(BJ)不叫pbeo-d3
结合能能达到这种数量级，要么原子数没配平，仔细检查结构；要么用的赝势不一致，仔细检查相关设置

作者
Author: huchen 时间: 7 day ago

sobereva 发表于 2026-4-6 03:04
那叫PBE0-D3(BJ)不叫pbeo-d3
结合能能达到这种数量级，要么原子数没配平，仔细检查结构；要么用的赝势不一 ...

感谢卢天老师的回复

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