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标题: 构建蛋白和配体时使用VMD程序移动配体会出现键连 [打印本页]

作者
Author: aeroblues 时间: 2026-4-6 02:19
标题: 构建蛋白和配体时使用VMD程序移动配体会出现键连
我在构建蛋白质和配体体系。我先用pdb2gmx 生成了蛋白质的gro文件（Amber力场），然后基于Sobtop生成了配体的gro文件和top文件。我想让配体和蛋白在盒子里直接模拟，所以直接将配体gro文件内容粘贴到了蛋白质gro文件最后，另存为复合体系gro文件。我把这个复合体系gro文件用VMD程序打开，发现配体和蛋白混在一起（位置交错），所以选中配体，使用mouse-move，试图将配体拉出来提到蛋白边上，但是移动的时候会出现配体和蛋白链接的情况，请问各位老师这个是为什么呢？这个键链接代表什么呢？如何解决这个问题呢，谢谢各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-6 03:02
VMD根据载入的结构判断成键关系，由于配体和蛋白质有显著重合，所以一开始判断出了键，拉远后成键关系依然维持。
移动配体后重新判断成键关系就完了，参考下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: aeroblues 时间: 2026-4-6 03:14

sobereva 发表于 2026-4-6 03:02
VMD根据载入的结构判断成键关系，由于配体和蛋白质有显著重合，所以一开始判断出了键，拉远后成键关系依然 ...

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