计算化学公社

标题: gromacs GPU加速和CUDA版本有关么？ [打印本页]

作者
Author: aeroblues 时间: 7 day ago
标题: gromacs GPU加速和CUDA版本有关么？
如题，我在跑一个蛋白-配体体系，之前实验室的服务器有RTX3090，但是一直用的都是CPU跑，没有安装GPU加速版本GROMACS，我昨天重新编译了一下，速度提升非常显著。十几万原子的体系，步长设置为0.01，跑100ns，原本可能要7-10天，现在只需要30多小时。目前GPU实时监控图如下，请问还有提升空间么？是否需要升级CUDA版本呢？服务器CPU是志强8225C，md命令是-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu

作者
Author: sobereva 时间: 6 day ago
性能关键是GROMACS的版本以及GPU利用率，驱动能兼容就行了

步长设置为0.01指代不明，如果是ps，全原子模拟不可能10fs步长

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)