标题: MS/COMPASS力场模拟液氨气液界面:气相密度误差高达50%,必须换力场吗 [打印本页] 作者Author: 周宇 时间: 5 day ago 标题: MS/COMPASS力场模拟液氨气液界面:气相密度误差高达50%,必须换力场吗 请教一下各位老师:
1、我目前用MS的forcite模块进行氨的气液界面模拟,模型中间是液相氨,两侧是真空层,稳定后发现两侧的气相密度和nist的密度数据误差能达到50%,液相密度误差达到10%。在开展液氨模拟之前,我曾用 COMPASS 力场复现了一篇关于液氩的文献,结果与文献吻合得很好。液氨模拟出现的较大偏差,是compass力场预测液氨相变结果准确度不行,必须要换一个力场嘛?
2、我查阅文献发现,大多数涉及氨分子的研究几乎都没使用 COMPASS 力场,他们使用到的有OPLSAA,OPLSUA,Reax-FF这些;这些力场好像很难用在ms里面,所以我现在转去使用lammps嘛(其实已经在下载和安装了,只是 LAMMPS 确实比 MS 难上手很多。)
作者Author: sobereva 时间: 4 day ago
模拟这个第一个应该想的必然应该是GROMACS而非Lammps。用GROMACS是最好的选择,模拟液氨非常适用(支持且不限于OPLS-AA/UA。而reaxFF跟你完全没关系,你又不模拟反应过程),开源免费,速度远快于lammps(和M$相比更是飞机和拖拉机的差别,毫不夸张),用户数远多于lammps(参看http://sobereva.com/706的统计)。GROMACS通过“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”(http://www.keinsci.com/KGMX)系统学一遍后就可以顺利上手开展这种模拟。