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标题: 求助实例Au（111）吸附鸟嘌呤怎么把Au换成其它原子 [打印本页]

作者
Author: 风里禾 时间: 4 day ago
标题: 求助实例Au（111）吸附鸟嘌呤怎么把Au换成其它原子
在IC-QMMM模块中有个Au（111）吸附鸟嘌呤的例子，相关有篇文献，做了一下被吸附的分子改成胸腺嘧啶（附上了inp文件），还有铂吸附水的结果讨论，我基底不会换，请问一下怎么把Au换成pt?inp文件的MM区应该怎么改呢？
&MM
   &SPLINE
   EPS_SPLINE 1.E-5
   #EMAX_SPLINE 2.0
   &END

   &NONBONDED
      &EAM
      atoms Au Au
      PARM_FILE_NAME Au.pot                                                                      这个pot文件怎么找？
      &END EAM

   &GENPOT
      atoms Au N_sp2
      FUNCTION A*exp(-r/rho)-C/r^6/(1+exp(-20*(r/6.068 -1)))                         这个函数怎么找？
      VARIABLES r
      PARAMETERS A rho C
      VALUES 24.22274 .55936  63.138198
      RCUT  15
   &END GENPOT

   &GENPOT
      atoms Au C
      FUNCTION A*exp(-r/rho)-C/r^6/(1+exp(-20*(r/6.35 -1)))
      VARIABLES r
      PARAMETERS A rho C
      VALUES 24.22274 .55936  54.429481
      RCUT  15
   &END GENPOT

   &GENPOT
      atoms Au O
      FUNCTION A*exp(-r/rho)-C/r^6/(1+exp(-20*(r/6.011 -1)))
      VARIABLES r
      PARAMETERS A rho C
      VALUES 23.14458 .55936 38.826363
      RCUT  15
   &END GENPOT

   &GENPOT
      atoms Au H
      FUNCTION A*exp(-r/rho)-C/r^6/(1+exp(-20*(r/5.19 -1)))
      VARIABLES r
      PARAMETERS A rho C
      VALUES .48071 .55936 0.0
      RCUT  15
   &END GENPOT

   &LENNARD-JONES
      atoms C C
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms C O
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms C N_sp2
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms C H
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms O O
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms O N_sp2
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms O H
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms N_sp2 N_sp2
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms N_sp2 H
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &LENNARD-JONES
      atoms H H
      EPSILON 0.0
      SIGMA 3.166
      RCUT 15
   &END LENNARD-JONES

   &END

&END FORCEFIELD

&POISSON
   &EWALD
      EWALD_TYPE ewald
      ALPHA .44
      GMAX 21
   &END EWALD
&END POISSON
  &END MM

谢谢

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 4 day ago
有什么非常刚性的理由必须做QM/MM计算（而不是如用稍小的体系做全原子QM计算，或者换个专门做经典力场MD的软件做更大体系的全原子MM计算）呢？

作者
Author: 风里禾 时间: 3 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-4-9 23:15
有什么非常刚性的理由必须做QM/MM计算（而不是如用稍小的体系做全原子QM计算，或者换个专门做经典力场MD的 ...

刚开始摸索学习中，复刻实例后，看着相关文献的结果就想试试能不能做出来，但是每一步改变实例我都是问题

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 3 day ago

风里禾发表于 2026-4-10 09:53
刚开始摸索学习中，复刻实例后，看着相关文献的结果就想试试能不能做出来，但是每一步改变实例我都是问题

不是所有既往文献报道/软件支持实现的小众方法都有必要在“刚开始摸索学习”时花时间钻研的，毕竟遇到问题了可能只有少数联系得上的原文作者有经验提供帮助，而且没有大规模推广验证迁移性的话，实际应用所得数据是否被认可是有很大不确定性的。以当前阶段我只能劝退，建议先把纯QM计算和纯MM计算的基础打好、练习熟透了（不一定只限定于你看到的资料以及CP2K这个软件），再考虑要不要投入经历试图理解CP2K的复杂势函数的QM/MM方法。

作者
Author: 风里禾 时间: 3 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-4-10 10:42
不是所有既往文献报道/软件支持实现的小众方法都有必要在“刚开始摸索学习”时花时间钻研的，毕竟遇到问 ...

好的，谢谢建议，那我先学习QM模块，这个先搁置在这，以后有想法了再说

作者
Author: Loading0760 时间: 3 day ago
Q1: 这个pot文件怎么找？
这里有，https://github.com/cp2k/cp2k/tree/master/tests/Fist/EAM_LIB
如果再进一步找出处的话，你就可以找到EAM势的lammps格式文件。
https://www.ctcms.nist.gov/poten ... -Ag-Au-Cu-Ni-Pd-Pt/
cp2k的话就用上述链接github的即可。
Q2: 这个函数怎么找？
这个函数是描述原子间相互作用的，形式看着像Buckingham potentia，但是右边分母又除以了一个东西，我才疏学浅没认出来，但是，你可以自己写，如果改成pt的话，用其它形式的函数的没准也可以。好麻烦啊

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 3 day ago

Loading0760 发表于 2026-4-10 11:45
Q1: 这个pot文件怎么找？
这里有，https://github.com/cp2k/cp2k/tree/master/tests/Fist/EAM_LIB
如果再 ...

CP2K的EAM势文件是用的自定义格式，和LAMMPS的不同，目前暂时还没见官方提供转换脚本，我不清楚开发者有没有意愿补上。目前材料领域用EAM势做模拟的主流分子动力学软件恐怕还是LAMMPS本身，从势函数数据库、前后处理脚本到开发者支持、用户讨论、参考文献的生态都完善得多，所以我觉得知道CP2K能跑EAM势这点之后没有必要深究，尤其是楼主这样看起来还没完全掌握经典分子力场和分子动力学模拟的基础知识的情形。

根据J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 11, 5086–5097, DOI: 10.1021/ct400698y，那个函数对应于modified Born−Mayer potential，参数是在Langmuir 2005, 21, 6, 2512–2518, DOI: 10.1021/la047091o对金表面和DNA碱基拟合的。我上面之所以说“大规模推广验证迁移性”的问题就是因为这是非常专一的体系，不像http://bbs.keinsci.com/thread-54285-1-1.html提到的文献里简单L-J势那样在多种体系上测试过了。

作者
Author: Loading0760 时间: 3 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-4-10 12:12
CP2K的EAM势文件是用的自定义格式，和LAMMPS的不同，目前暂时还没见官方提供转换脚本，我不清楚开发者有 ...

那确实了，这玩意不是简单的替换，楼主还是用纯QM或纯MM实现。谢谢关于势函数部分的分享

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