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标题: 用哪些工具计算charmm力场的小分子参数以替换cgenff生成的penalty过高的参数 [打印本页]

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Author: linda091021 时间: 前天 18:10
标题: 用哪些工具计算charmm力场的小分子参数以替换cgenff生成的penalty过高的参数
本帖最后由 linda091021 于 2026-4-11 18:38 编辑

为了生成charmm力场的小分子参数，使用CGENFF，但有一些键长、键角、二面角参数的penalty很高，所以想要自己生成参数替换它们。目前通过读帖子，知道sobtop、ztop、Gaussian、vmd的FFTK这几个软件似乎都可以重新生成小分子参数，但不清楚具体怎么做，使用其中1个或多个，在哪一步怎样用。有以下几点疑问

补充：
刚又看到这个帖子：是否有可以推荐的优化分子力场参数的好用工具 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 75&fromuid=7451(出处: 计算化学公社)
社长提到了这些软件
MCPY.py
parfit
ffTK
QuickFF
QUBEKit
VFFDT
GAAMP
还有人回复FFParam，似乎是专门针对CGENFF的优化软件，有人用过吗，是否适用我的问题。

1.sobtop是否适用？根据sobtop的介绍，“虽然主要产生GAFF、AMBER力场的拓扑文件，但由于其力场库可以自行非常方便地修改和扩充，因此Sobtop本质上是完全普适、通用的“，是否适合用sobtop生成适用于charmm的小分子参数吗，但这里不仅仅是生成，而是要产生优于CGENFF的参数? 这里“优于”的原理我还没搞懂，所以第2个问题

2. 为了生成优于CGENFF的参数，肯定需要有一个比CGENFF生成参数更可靠的原理。我读到有关sobtop的介绍里，"对于GAFF/AMBER力场里缺失的成键相关参数，可以直接让Sobtop基于量子化学程序产生的Hessian矩阵通过不同方法自动算出来，也可以自己把其它方式得到的（如自己单独拟合、文献中找的）添到力场库文件里让Sobtop直接用"。所以，是否通过（1）让Sobtop基于量子化学程序产生的Hessian矩阵通过不同方法自动算出来或（2）自己把其它方式得到的（如自己单独拟合）这两种方式可以实现？那什么情况下应该使用哪一种呢，有什么区别，我应该用哪一种

3. 如果用2中的（2）方法，自己单独拟合，怎么拟合。看了一些帖子，懵懂理解是需要量化计算过渡态？不知道具体流程是什么，有什么参考资料可以看。

4. 我还看到ztop可以拟合二面角，但介绍里又写它是生成gaff力场参数的，是否不适用于来替换CGENFF参数？

5. 还看到一些有关CGENFF的帖子下面，都提到了vmd FFTK，有人说很麻烦，这个方法和上面几个比，应该优先选择吗。

6. Gaussian在生成键长、键角、二面角参数中，起到什么作用，应该在哪一步用它。

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 01:06
sobtop跟CHARMM力场完全没联系
我强烈推荐用AMBER系力场

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