计算化学公社

标题: 如何计算轨道贡献 [打印本页]
作者
Author: dcckin    时间: 2017-5-17 21:14
标题: 如何计算轨道贡献
各位老师，我想用orca和Multiwfn解决这么一个问题：Composition (as a Percentage), in Terms of V-d Orbitals of SOMO in V4+ complex，该如何处理呢。谢谢
作者
Author: sobereva    时间: 2017-5-17 22:42
用ORCA产生.molden文件，具体做法在Multiwfn手册第四章开头就有。然后将之载入到Multiwfn里，按照Multiwfn手册4.8.1节的例子计算SOMO轨道的成份，一般用SCPA方法即可，把基函数的贡献当中的D型基函数的贡献加和即可。
作者
Author: dcckin    时间: 2017-5-18 16:11
sobereva 发表于 2017-5-17 22:42
用ORCA产生.molden文件，具体做法在Multiwfn手册第四章开头就有。然后将之载入到Multiwfn里，按照Multiwfn ...

so老师，按照您的说的，我multwfn得到了结果，但我不知道哪个是您说的基函数的贡献，我把文件上传了，帮我看一下可以吗
作者
Author: sobereva    时间: 2017-5-18 19:53
你这是非限制性计算，没法说哪个是SOMO。SOMO是对于RO波函数而言的
你这体系也没有V啊

载入文件后，选择8然后选3，然后输入轨道编号，然后就从输出中找类似这段
Composition of each shell, threshold of absolute value:  >    0.500000%
Shell     4 Type: P    in atom    1(O ) :       3.81850%
Shell     5 Type: P    in atom    1(O ) :       2.03063%
Shell    10 Type: P    in atom    2(O ) :       3.81954%
Shell    11 Type: P    in atom    2(O ) :       2.03164%
Shell    16 Type: P    in atom    3(O ) :       5.73096%
Shell    17 Type: P    in atom    3(O ) :       3.11217%
Shell    22 Type: P    in atom    4(O ) :       5.73319%
Shell    23 Type: P    in atom    4(O ) :       3.11213%
Shell    34 Type: D    in atom    5(Cu) :       7.25406%
Shell    35 Type: D    in atom    5(Cu) :       2.05588%
Shell    47 Type: D    in atom    6(Cu) :       7.25375%
Shell    48 Type: D    in atom    6(Cu) :       2.05578%
Shell    54 Type: P    in atom    7(O ) :       5.02777%
...

从中可知Cu5的d轨道贡献是7.25406%+2.05588%
作者
Author: dcckin    时间: 2017-5-22 10:30
sobereva 发表于 2017-5-18 19:53
你这是非限制性计算，没法说哪个是SOMO。SOMO是对于RO波函数而言的
你这体系也没有V啊


谢谢，sob老师，我现在已用开壳重新算了。另外，我用orca计算UV吸收谱，用TDDFT后的gbw文件转化为Molden文件，再用Multiwfn打开后后闪退，不知为何，请您帮我看一下。
作者
Author: sobereva    时间: 2017-5-22 14:41
dcckin 发表于 2017-5-22 10:30
谢谢，sob老师，我现在已用开壳重新算了。另外，我用orca计算UV吸收谱，用TDDFT后的gbw文件转化为Molden ...

molden不含有绘制光谱所需的信息，没法用来绘制光谱
绘制光谱支持的文件类型在手册3.13.2节说明了
作者
Author: plus    时间: 2017-5-23 09:02
本帖最后由 plus 于 2017-5-23 09:12 编辑

!largeprint
可以看到MO的成分，类似gaussian的pop=full
                    18   
                 -0.34422
                  2.00000
                 --------
0C   1s        -0.001227
0C   2s        -0.002777
0C   3s         0.004583
0C   4s         0.008890
0C   5s        -0.008973
0C   1pz       -0.000020
0C   1px       -0.086096
0C   1py        0.166723
0C   2pz       -0.000002
0C   2px       -0.055692
0C   2py        0.109158
0C   3pz       -0.000006
0C   3px       -0.023643
0C   3py        0.059698
0C   1dz2      -0.000348
0C   1dxz       0.000010
0C   1dyz      -0.000002
0C   1dx2y2    -0.003171
0C   1dxy      -0.012968




作者
Author: sobereva    时间: 2017-5-23 13:41
plus 发表于 2017-5-23 09:02
!largeprint
可以看到MO的成分，类似gaussian的pop=full
                    18   

这个是展开系数不是成份
作者
Author: dcckin    时间: 2017-5-24 17:11
plus 发表于 2017-5-23 09:02
!largeprint
可以看到MO的成分，类似gaussian的pop=full
                    18   

我加入largeprint后出错：
显示如下

10O   1s              0.8       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
10O   2s              0.9       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
11O   1s              0.8       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
11O   2s              0.9       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0


SPIN DOWN
                      0         1         2         3         4         5   
               
An error has occured in the SCF module
CALLING COMMAND: mpirun -np 3  c:\orca\orca_scf_mpi.exe c114.gbw b
RETURN CODE    : -1073741819
ABORTING THE RUN


这是我的输入文件

! ROKS B3P86 6-311G TightSCF SOMF(1X) Pal3 largeprint
%geom

optimizeHydrogens true # do not constrain any hydrogen position

end

%scf   
         
maxiter 500   
           
   
end



* xyz -1 2
  


O                  6.92972986    6.84678195    1.65175366
O                  4.88170357    6.84678195    4.71093379
O                  7.04699273    9.60656770    1.87572026
O                  4.76444071    9.60656770    4.48696719
Cu                 4.60156038    8.12024666    3.21506597
Cu                 7.20987305    8.12024666    3.14762148
O                  4.82061231    9.40453785    1.71283546
O                  6.99082112    9.40453785    4.64985199
O                  4.71223656    6.63508560    1.94189221
O                  7.09919687    6.63508560    4.42079524
O                  2.47811710    8.31415665    3.28950941
O                  9.33331633    8.31415665    3.07317804
C                  5.80675640    6.34315730    1.36925034
C                  6.00467703    6.34315730    4.99343712
N                  1.76057094    6.47752165    2.22312300
N                 10.05086249    6.47752165    4.13956446
H                  2.57806538    6.22619265    2.01697192
H                  9.23336805    6.22619265    4.34571553
H                  1.07403237    5.98743010    1.97243311
H                 10.73740106    5.98743010    4.39025434
C                  1.56446028    7.58240260    2.90647563
C                 10.24697315    7.58240260    3.45621183
C                  5.75049041    5.29820865    0.28250332
C                  6.06094302    5.29820865    6.08018413
H                  5.17309009    4.46308566    0.62025836
H                  6.13791387    4.40985730    5.67424467
H                  6.83784548    5.46447245    6.65282600
H                  5.24363101    5.34267455    6.61719495
C                  0.13372473    7.97486250    3.20552194
C                 11.67770870    7.97486250    3.15716552
H                 -0.08120291    8.81101475    2.74231829
H                 11.89263634    8.81101475    3.62036916
H                 -0.47115885    7.26630805    2.89884040
H                 12.28259228    7.26630805    3.46384705
H                  0.02434543    8.10052700    4.17137790
H                 11.78708800    8.10052700    2.19130956
C                  5.91867537    9.91106245    1.36288765
C                  5.89275806    9.91106245    4.99979980
C                  5.91181686   10.93861140    0.27359556
C                  5.89961657   10.93861140    6.08909189
H                  4.97709986   11.45933993    0.28037232
H                  6.75546457   11.41516985    6.08272921
H                  6.70878995   11.63421571    0.43443255
H                  5.17015113   11.57563375    5.94275008
H                  5.77920147   10.49685235    6.95568993
H                  5.29567042    5.71632105   -0.59112176
H                  6.74280514    4.97410901    0.04761844
H                  6.04466014   10.45649454   -0.67235158
*
%eprnmr gTensor 1 # do the g-tensor
Ori -3 # choice of origin
Nuclei = all Cu { aiso, adip }
end
作者
Author: dcckin    时间: 2017-5-24 17:11
plus 发表于 2017-5-23 09:02
!largeprint
可以看到MO的成分，类似gaussian的pop=full
                    18   

我加入largeprint后出错：
显示如下

10O   1s              0.8       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
10O   2s              0.9       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
11O   1s              0.8       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
11O   2s              0.9       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0


SPIN DOWN
                      0         1         2         3         4         5   
               
An error has occured in the SCF module
CALLING COMMAND: mpirun -np 3  c:\orca\orca_scf_mpi.exe c114.gbw b
RETURN CODE    : -1073741819
ABORTING THE RUN


这是我的输入文件

! ROKS B3P86 6-311G TightSCF SOMF(1X) Pal3 largeprint
%geom

optimizeHydrogens true # do not constrain any hydrogen position

end

%scf   
         
maxiter 500   
           
   
end



* xyz -1 2
  


O                  6.92972986    6.84678195    1.65175366
O                  4.88170357    6.84678195    4.71093379
O                  7.04699273    9.60656770    1.87572026
O                  4.76444071    9.60656770    4.48696719
Cu                 4.60156038    8.12024666    3.21506597
Cu                 7.20987305    8.12024666    3.14762148
O                  4.82061231    9.40453785    1.71283546
O                  6.99082112    9.40453785    4.64985199
O                  4.71223656    6.63508560    1.94189221
O                  7.09919687    6.63508560    4.42079524
O                  2.47811710    8.31415665    3.28950941
O                  9.33331633    8.31415665    3.07317804
C                  5.80675640    6.34315730    1.36925034
C                  6.00467703    6.34315730    4.99343712
N                  1.76057094    6.47752165    2.22312300
N                 10.05086249    6.47752165    4.13956446
H                  2.57806538    6.22619265    2.01697192
H                  9.23336805    6.22619265    4.34571553
H                  1.07403237    5.98743010    1.97243311
H                 10.73740106    5.98743010    4.39025434
C                  1.56446028    7.58240260    2.90647563
C                 10.24697315    7.58240260    3.45621183
C                  5.75049041    5.29820865    0.28250332
C                  6.06094302    5.29820865    6.08018413
H                  5.17309009    4.46308566    0.62025836
H                  6.13791387    4.40985730    5.67424467
H                  6.83784548    5.46447245    6.65282600
H                  5.24363101    5.34267455    6.61719495
C                  0.13372473    7.97486250    3.20552194
C                 11.67770870    7.97486250    3.15716552
H                 -0.08120291    8.81101475    2.74231829
H                 11.89263634    8.81101475    3.62036916
H                 -0.47115885    7.26630805    2.89884040
H                 12.28259228    7.26630805    3.46384705
H                  0.02434543    8.10052700    4.17137790
H                 11.78708800    8.10052700    2.19130956
C                  5.91867537    9.91106245    1.36288765
C                  5.89275806    9.91106245    4.99979980
C                  5.91181686   10.93861140    0.27359556
C                  5.89961657   10.93861140    6.08909189
H                  4.97709986   11.45933993    0.28037232
H                  6.75546457   11.41516985    6.08272921
H                  6.70878995   11.63421571    0.43443255
H                  5.17015113   11.57563375    5.94275008
H                  5.77920147   10.49685235    6.95568993
H                  5.29567042    5.71632105   -0.59112176
H                  6.74280514    4.97410901    0.04761844
H                  6.04466014   10.45649454   -0.67235158
*
%eprnmr gTensor 1 # do the g-tensor
Ori -3 # choice of origin
Nuclei = all Cu { aiso, adip }
end
作者
Author: dcckin    时间: 2017-5-24 17:12
plus 发表于 2017-5-23 09:02
!largeprint
可以看到MO的成分，类似gaussian的pop=full
                    18   

我加入largeprint出错，不加没问题，如下
10O   1s              0.8       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
10O   2s              0.9       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
11O   1s              0.8       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0
11O   2s              0.9       0.2       0.0       0.0       0.0       0.0


SPIN DOWN
                      0         1         2         3         4         5   
               
An error has occured in the SCF module
CALLING COMMAND: mpirun -np 3  c:\orca\orca_scf_mpi.exe c114.gbw b
RETURN CODE    : -1073741819
ABORTING THE RUN

输入文件如下
! ROKS B3P86 6-311G TightSCF SOMF(1X) Pal3 largeprint
%geom

optimizeHydrogens true # do not constrain any hydrogen position

end

%scf   
         
maxiter 500   
           
   
end



* xyz -1 2
  


O                  6.92972986    6.84678195    1.65175366
O                  4.88170357    6.84678195    4.71093379
O                  7.04699273    9.60656770    1.87572026
O                  4.76444071    9.60656770    4.48696719
Cu                 4.60156038    8.12024666    3.21506597
Cu                 7.20987305    8.12024666    3.14762148
O                  4.82061231    9.40453785    1.71283546
O                  6.99082112    9.40453785    4.64985199
O                  4.71223656    6.63508560    1.94189221
O                  7.09919687    6.63508560    4.42079524
O                  2.47811710    8.31415665    3.28950941
O                  9.33331633    8.31415665    3.07317804
C                  5.80675640    6.34315730    1.36925034
C                  6.00467703    6.34315730    4.99343712
N                  1.76057094    6.47752165    2.22312300
N                 10.05086249    6.47752165    4.13956446
H                  2.57806538    6.22619265    2.01697192
H                  9.23336805    6.22619265    4.34571553
H                  1.07403237    5.98743010    1.97243311
H                 10.73740106    5.98743010    4.39025434
C                  1.56446028    7.58240260    2.90647563
C                 10.24697315    7.58240260    3.45621183
C                  5.75049041    5.29820865    0.28250332
C                  6.06094302    5.29820865    6.08018413
H                  5.17309009    4.46308566    0.62025836
H                  6.13791387    4.40985730    5.67424467
H                  6.83784548    5.46447245    6.65282600
H                  5.24363101    5.34267455    6.61719495
C                  0.13372473    7.97486250    3.20552194
C                 11.67770870    7.97486250    3.15716552
H                 -0.08120291    8.81101475    2.74231829
H                 11.89263634    8.81101475    3.62036916
H                 -0.47115885    7.26630805    2.89884040
H                 12.28259228    7.26630805    3.46384705
H                  0.02434543    8.10052700    4.17137790
H                 11.78708800    8.10052700    2.19130956
C                  5.91867537    9.91106245    1.36288765
C                  5.89275806    9.91106245    4.99979980
C                  5.91181686   10.93861140    0.27359556
C                  5.89961657   10.93861140    6.08909189
H                  4.97709986   11.45933993    0.28037232
H                  6.75546457   11.41516985    6.08272921
H                  6.70878995   11.63421571    0.43443255
H                  5.17015113   11.57563375    5.94275008
H                  5.77920147   10.49685235    6.95568993
H                  5.29567042    5.71632105   -0.59112176
H                  6.74280514    4.97410901    0.04761844
H                  6.04466014   10.45649454   -0.67235158
*
%eprnmr gTensor 1 # do the g-tensor
Ori -3 # choice of origin
Nuclei = all Cu { aiso, adip }
end
作者
Author: plus    时间: 2017-5-24 21:11
dcckin 发表于 2017-5-24 17:12
我加入largeprint出错，不加没问题，如下
10O   1s              0.8       0.2       0.0       0.0    ...

我跑了一下你的作业，也有问题，应该是bug，roks没有beta轨道，打印的时候出错了
这个体系的somo是123，看alpha的轨道系数就好了。



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3