计算化学公社

标题: 关于optDFTw的pbs执行文件 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-5-17 23:56
标题: 关于optDFTw的pbs执行文件
集群上装了g09，也能用optDFTw（sober老师提供的优化w）的程序，但是每次只能在一个节点下使用，而且使用optDFTw的时候，不能通过pbs投递其他任务，否则出现segmentation violation 报错。
论坛好像以前做个一个optDFw的集群任务投递的脚本，由于不是很懂这方面，所以想请教一下大神，特别是用过optDFTw的。
谢谢！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-18 08:33
这个还需要看你们机器的环境变量吧。
你的高斯任务是不是通过脚本提交？把g高斯基本中的g09 XXX.gjf 换位你这里的./optDFTw
比如下面是我提交的脚本：
#!/bin/sh
#PBS -N CBP-sunhaitao-test
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=158:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe

# Envrionment setting for Gaussian09
#
export g09root=/home/software/g09D01
PATH=$g09root/g09:$PATH
export PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
#
# End of envrionment setting for Gaussian09

mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID

cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID

cd /tmp/$PBS_JOBID

./optDFTw

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-5-19 16:45

小范范1989 发表于 2017-5-18 08:33
这个还需要看你们机器的环境变量吧。
你的高斯任务是不是通过脚本提交？把g高斯基本中的g09 XXX.gjf 换位 ...

非常感谢，我试试！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-5-19 17:02

yezhonghua 发表于 2017-5-19 16:45
非常感谢，我试试！

您好，我只要把optDFTW和templet.gjf、pbs脚本放在一个目录下面.pbs设置好g09的环境变量，这样提交pbs就可以进行计算了。请问计算的结果会以log文件进行记录么？
谢谢！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-5-19 17:40

yezhonghua 发表于 2017-5-19 17:02
您好，我只要把optDFTW和templet.gjf、pbs脚本放在一个目录下面.pbs设置好g09的环境变量，这样提交pbs就 ...

红色为输出，蓝色为输入

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-5-22 21:26

小范范1989 发表于 2017-5-19 17:40
红色为输出，蓝色为输入

谢谢，我根据您提供的脚本，替换了我的g09变量，调试一下可以计算了。
再请教一下optDFTw.f90需要放在一起么，不将这个放入也可以吧。
另外请教一下，我计算时N+1.gjf不收敛，而N和N-1.gjf收敛没有问题，请问你是将N+1.gjf结构进行调整么？
或者用sober老师的帖子中处理scf不收敛的方法进行的。我的好多结构都是在计算N+1.gjf不收敛，谢谢！

作者
Author: 510522199508287 时间: 2019-2-28 16:29

yezhonghua 发表于 2017-5-22 21:26
谢谢，我根据您提供的脚本，替换了我的g09变量，调试一下可以计算了。
再请教一下optDFTw.f90需要放在一 ...

你好，我没有用脚本，直接用sob老师用的文件和程序，会报错， Error in finding Alpha virt. eigenvalues。这个有什么方法解决吗？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-2-28 16:59

510522199508287 发表于 2019-2-28 16:29
你好，我没有用脚本，直接用sob老师用的文件和程序，会报错， Error in finding Alpha virt. eigenvalues ...

提示已经很清楚了“Error in finding Alpha virt. eigenvalues”。这说明高斯计算并没有正常结束，所以程序在高斯的输出文件中定位不到相应的关键词。

作者
Author: 510522199508287 时间: 2019-2-28 18:45

让你变成回忆发表于 2019-2-28 16:59
提示已经很清楚了“Error in finding Alpha virt. eigenvalues”。这说明高斯计算并没有正常结束，所以程 ...

谢谢你

作者
Author: bryan-chen 时间: 2019-4-14 12:16

yezhonghua 发表于 2017-5-19 17:02
您好，我只要把optDFTW和templet.gjf、pbs脚本放在一个目录下面.pbs设置好g09的环境变量，这样提交pbs就 ...

请问提交.pbs的命令怎么写啊？

作者
Author: 13104468322 时间: 2019-12-13 11:39

小范范1989 发表于 2017-5-18 08:33
这个还需要看你们机器的环境变量吧。
你的高斯任务是不是通过脚本提交？把g高斯基本中的g09 XXX.gjf 换位 ...

用optDFTw命令提交作业，最后的w结果是输出在屏幕上。
改用pbs脚本提交作业，在哪里查看输出结果

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-12-13 12:24

13104468322 发表于 2019-12-13 11:39
用optDFTw命令提交作业，最后的w结果是输出在屏幕上。
改用pbs脚本提交作业，在哪里查看输出结果

我记得sob老师帖子中有说明，有个文件时记录输出的。你看一下帖子

作者
Author: 13104468322 时间: 2019-12-13 14:55

小范范1989 发表于 2019-12-13 12:24
我记得sob老师帖子中有说明，有个文件时记录输出的。你看一下帖子

计算过程中会产生gjf和out文件，计算完成后没有任何输出文件

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-12-13 15:23

13104468322 发表于 2019-12-13 14:55
计算过程中会产生gjf和out文件，计算完成后没有任何输出文件

你把optDFTw的输出重定向到某个文件就可以了。
比如在pbs脚本中加上：./optDFTw > result
然后再去result中查看结果。
计算过程中产生的out文件的最后均会删掉的，因为脚本里面就是这样写的。

作者
Author: 13104468322 时间: 2019-12-13 17:59

让你变成回忆发表于 2019-12-13 15:23
你把optDFTw的输出重定向到某个文件就可以了。
比如在pbs脚本中加上：./optDFTw > result
然后再去resu ...

试了下，可行，太谢谢了

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