计算化学公社

标题: QM/MM研究酶催化反应机理，频率计算时水分子上很多虚频 [打印本页]

作者
Author: Chenxi 时间: yesterday 19:02
标题: QM/MM研究酶催化反应机理，频率计算时水分子上很多虚频
在用ORCA QM/MM研究酶催化反应机理，由于加水后体系很难收敛，所以我起初只考虑了两个靠近底物的水分子，并将它们与底物7 Å范围内的氨基酸残基一起放入MM活性区，几何优化正常结束后进行数值频率计算，发现所有结构均在这两个水分子上有虚频，数值在-30到-300左右，而后通过将这两个水分子加入QM区可以有效消除虚频。
现在在上述基础上将底物7 Å范围内的水分子加入MM活性区，以模拟更加真实的反应条件，优化好的中间体出现了一堆虚频，在不同的水分子上分布。

因为现在的体系是800个原子左右，所以对整体算数值频率是可以算得动的（12核，四天出结果），但是因为水在我的体系中只是作为溶剂环境，在消水的虚频上花太多的功夫感觉费力不讨好，而且虚频出在水上是否由算法本身无法很好地描述水导致的呢，所以想请问一下能只对反应区和氨基酸残基进行频率计算说明结构的合理性吗？

作者
Author: Huschein 时间: 3 hour ago
我没搞明白首先你QMMM了还能扩到800原子体系呢？那为什么不只做QM cluster呢？其次加入水不加水都没什么错但是QMMM算振动分析的意义是什么呢？你的TS又不是真正TS搜索算法算出来的你的freq算出来水是大虚频也理所应当

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)