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标题: 多晶型-晶型Y-升温熔融冷却结晶-无法结晶成无定形 [打印本页]

作者
Author: lixinn 时间: yesterday 11:56
标题: 多晶型-晶型Y-升温熔融冷却结晶-无法结晶成无定形
本帖最后由 lixinn 于 2026-4-16 15:46 编辑

各位老师好
我是模拟多晶型-晶型Y-升温熔融冷却结晶-无法结晶成无定形
我从ACPYPY得到Y晶型单个晶胞的拓扑文件，利用高斯+multiwfn 计算出电荷，替换，用高斯进行刚性扫描，拟合二面角。
扩胞3*10*10 一共1200个分子。
实验测得晶体是在93K,所以能力最小化之后，我在93K下进行NPT，提取晶胞参数和我实验值基本一致。
此后93K-300K-400K-500K-600K,100K/1NS，进行升温。
MDP文件以300为例：
title                = NPT Heating from 93K to 300K
integrator             = md
dt                   = 0.002
nsteps                = 500000

nstenergy             = 2500
nstlog                = 2500
nstxout-compressed    = 5000

cutoff-scheme          = Verlet
coulombtype          = PME
rcoulomb             = 1.2
vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.2
DispCorr             = EnerPres

tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = System
tau_t                = 0.1
ref_t                = 300

annealing             = single
annealing_npoints    = 2
annealing_time       = 0 500
annealing_temp       = 93  300

pcoupl                = Berendsen
pcoupltype             = anisotropic ;
tau_p                = 2.0
ref_p                = 1.0 1.0 1.0 0 0 0
compressibility       =4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5

constraints          = h-bonds
constraint_algorithm = LINCS

剩余文件在附件。
这一过程是因为实验观察晶型Y在升温过程中会转成O，但是在此模拟中没有观察到。
500K即将融化，550K融化，600K确保融化。通过MSD和VMD确认此过程
600K逐步降温。600-550-500-450-400-350，5K/NS
MDP文件以550c.mdp为例:

integrator             = md
dt                   = 0.002
nsteps                = 5000000

nstenergy             = 2500
nstlog                = 2500
nstxout-compressed    = 5000

cutoff-scheme          = Verlet
coulombtype          = PME
rcoulomb             = 1.2
vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.2

tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = System
tau_t                = 0.1
ref_t                = 550

annealing             = single
annealing-npoints    = 2
annealing-time       = 0 10000
annealing-temp       = 600 550

pcoupl    = Berendsen
pcoupltype  = anisotropic
tau_p    = 2.0
ref_p                = 1.0 1.0 1.0 0 0 0
compressibility       = 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5  0 0 0
gen_vel                = no

constraints          = h-bonds
constraint_algorithm = LINCS

剩余文件在附件。
目前降温到了400K，正在进行350，但是每个温度，晶体结构都一样杂乱，400k在实验过程中属于结晶温度，依旧杂乱，处于无定形。
考虑到结晶成核问题，400K-350K，我用了20NS.
现在的问题就是，无论升温过程还是熔融冷却过程都无法模拟到实验观察现象。
全部过程文件在附录，超晶胞结构文件太大无法上传。只有数字的是升温过程，数字＋c的是降温过程，请问是我哪里出现的问题？
真的非常感谢！！！

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 14:55

ACPYPY得到Y晶型单个晶胞的拓扑文件

应当得到的是单个分子的拓扑文件

用高斯进行刚性扫描，拟合二面角

不知道当前是什么体系，也没有扫描和拟合细节，没法判断此步的合理性。通常应当做柔性扫描

没有晶核的情况下，20ns很难观察到晶体的形成；即便有晶核，这么短时间模拟来观察晶体生长也有点短。并且注意由于力场精度原因，模拟对应的熔点很可能明显低于实验值

作者
Author: lixinn 时间: yesterday 15:45

sobereva 发表于 2026-4-16 14:55
应当得到的是单个分子的拓扑文件

不知道当前是什么体系，也没有扫描和拟合细节，没法判断此步的合理性。 ...

谢谢老师，是我表述错误，得到的是分子的ITP文件，是一类席夫碱，我试过只拟合电荷和拟合电荷和二面角两种，这两种在93K下得到的晶体参数都和我的实验参数差不多，前者更符合。我是分步降温的，全部下来的时间也达不到成核的要求吗

，如果我让他一次均匀退火，从600-350.花的时间更长2-300NS是不是更合适，模拟的的熔点是远高于我的实验值。我添加了拟合电荷和二面角扫面的附件

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