计算化学公社

标题: 求助：带有非标准氨基酸残基的肽应该如何建模 [打印本页]

作者
Author: 2329568177 时间: 2026-4-16 15:09
标题: 求助：带有非标准氨基酸残基的肽应该如何建模
求助：我的肽有非标准氨基酸残基，应该如何建模用于MD

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-16 15:29
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：基于sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/thread-57309-1-1.html

作者
Author: 2329568177 时间: 2026-4-16 16:09
本帖最后由 2329568177 于 2026-5-10 18:20 编辑

sobereva 发表于 2026-4-16 15:29
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：基于sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/thread-57309-1-1. ...

老师

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-4-16 17:12

2329568177 发表于 2026-4-16 16:09
老师，请问如何先生成肽的三维初始结构啊，带非标准氨基酸残基只能自己手画吗

先用结构接近的标准氨基酸得到初始结构，这种工具很多
随后可以在pymol中修改为对应的非标准氨基酸

作者
Author: 2329568177 时间: 2026-4-16 17:42

KazusaT 发表于 2026-4-16 17:12
先用结构接近的标准氨基酸得到初始结构，这种工具很多
随后可以在pymol中修改为对应的非标准氨基酸

谢谢老师

作者
Author: Huschein 时间: 2026-4-17 01:46
基于AMBER的非标准氨基酸建模工具
https://github.com/Hsuchein/AutoNACC

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-17 13:01

2329568177 发表于 2026-4-16 16:09
老师，请问如何先生成肽的三维初始结构啊，带非标准氨基酸残基只能自己手画吗

用gview自行把近似的标准残基手动修成非标准残基即可

作者
Author: 2329568177 时间: 2026-4-17 17:08

sobereva 发表于 2026-4-17 13:01
用gview自行把近似的标准残基手动修成非标准残基即可

谢谢老师，我还想请教一下，我要做肽-膜的MD体系，肽和膜您推荐用CHARRM36m和AMBER哪个力场啊

作者
Author: 2329568177 时间: 2026-4-17 17:10

Huschein 发表于 2026-4-17 01:46
基于AMBER的非标准氨基酸建模工具
https://github.com/Hsuchein/AutoNACC

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-18 10:07

2329568177 发表于 2026-4-17 17:08
谢谢老师，我还想请教一下，我要做肽-膜的MD体系，肽和膜您推荐用CHARRM36m和AMBER哪个力场啊

AMBER14SB或19SB描述肽，结合与AMBER力场兼容的Slipids、LIPID等磷脂力场

作者
Author: 2329568177 时间: 2026-4-18 13:17

sobereva 发表于 2026-4-18 10:07
AMBER14SB或19SB描述肽，结合与AMBER力场兼容的Slipids、LIPID等磷脂力场

谢谢老师，一般模拟微生物膜用氯化钠还是氯化钾来平衡电荷啊，用CHARRM-GUI还需要开启氢质量平衡吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-19 06:33

2329568177 发表于 2026-4-18 13:17
谢谢老师，一般模拟微生物膜用氯化钠还是氯化钾来平衡电荷啊，用CHARRM-GUI还需要开启氢质量平衡吗？

氯化钠
不存在CHARRM-GUI。如果是指CHARMM-GUI，我非常讨厌那东西，且无法使用、拒绝使用，因此不做评论

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