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标题: 求助：带有非标准氨基酸残基的肽应该如何建模 [打印本页]

作者
Author: 2329568177 时间: yesterday 15:09
标题: 求助：带有非标准氨基酸残基的肽应该如何建模
求助：我的肽有非标准氨基酸残基，应该如何建模用于MD

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 15:29
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：基于sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/thread-57309-1-1.html

作者
Author: 2329568177 时间: yesterday 16:09

sobereva 发表于 2026-4-16 15:29
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：基于sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/thread-57309-1-1. ...

老师，请问如何先生成肽的三维初始结构啊，带非标准氨基酸残基只能自己手画吗

作者
Author: KazusaT 时间: yesterday 17:12

2329568177 发表于 2026-4-16 16:09
老师，请问如何先生成肽的三维初始结构啊，带非标准氨基酸残基只能自己手画吗

先用结构接近的标准氨基酸得到初始结构，这种工具很多
随后可以在pymol中修改为对应的非标准氨基酸

作者
Author: 2329568177 时间: yesterday 17:42

KazusaT 发表于 2026-4-16 17:12
先用结构接近的标准氨基酸得到初始结构，这种工具很多
随后可以在pymol中修改为对应的非标准氨基酸

谢谢老师

作者
Author: Huschein 时间: 6 hour ago
基于AMBER的非标准氨基酸建模工具
https://github.com/Hsuchein/AutoNACC

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