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标题: 求助：阴离子寡聚物结构限制性优化问题 [打印本页]

作者
Author: 陈欣羽 时间: yesterday 21:24
标题: 求助：阴离子寡聚物结构限制性优化问题
本帖最后由陈欣羽于 2026-4-16 21:45 编辑

我的阴离子聚合物结构为AM-AM-AA-AM-AM-AM-AM-AM-AA-AA-AM-AM-AA-AM-AM-AA-AM-AM-AM-AM，带有5个负电荷的20聚物，想计算它的RESP2(0.5)电荷。AM为丙烯酰胺，AA为丙烯酸。
具体分为三部分：
1、AM-AM-AM    2、AM-AM-AA-AM-AM    3、AM-AM-AA-AA-AM-AM 分别取中间部分电荷应用在上方聚合物。
为防止长链弯曲，对2进行限制性优化：opt=modredundant 2  41  F  成功
对3进行限制性优化：opt=modredundant 2  49  F 失败原因如下图，主链虽然因为距离限制基本是直的，但侧链AM上的氨基一直往中间带负电荷的羧基上靠，因为我需要取AM-AM-AA-AA-AM-AM上的AM-AA-AA-AM的电荷，所以我总觉得中间羧基的电荷被污染了。

所以我尝试了直接冻结左右两侧的单体AM,成功了，但后面sob老师说建议我用更优雅的方式：限制两端原子的距离的方式，我不知道是不是我理解有误我认为的距离限制就是opt=modredundant * * F的方式，因此一直没成功。所以这两天我陷入了计算RESP2(0.5)电荷的焦虑，冻结的方式可能比较生硬，我后续还需要将该结构放入溶液中进行结冰的模拟，需要使用长程的PME进行nvt平衡之类的，又特别害怕强硬的冻结方式会导致后续在GROMACS上的模拟没法进行下去。
因此希望大家可以给我一些建议。
另外，如果使用直接冻结或者限制距离的方式对待3，那是不是也需要用同样的限制方式对待1和2，尤其是如果对3采用了冻结的方式。
真的非常感谢各位！

作者
Author: KazusaT 时间: yesterday 21:49
你限制的是哪些原子？如果你构建了一个直链然后限制两端原子的距离，中间不可能有机会碰到一起去，链是弯不掉的。

作者
Author: 陈欣羽 时间: yesterday 23:13
我是做的主链首尾原子的距离限制,直接opt=modredundant 2 49 F(主链首尾的C原子)，左端AM单体的氨基一直往中间的羧基基团上靠。我冻结的是两端AM单体，冻结的确实成功了，但我在文中提到担心冻结会对后续模拟产生影响。我发的图片中，红色的球就是O，蓝色的球是N.

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